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肝癌预后miRNA风险评分模型的鉴定和分析
被引量：
6
1
作者
门婧睿
谭建军
孙洪亮
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期344-360,共17页
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是世界上高发病率和高死亡率的恶性肿瘤之一.研究目的是寻找HCC相关的mi RNA预后生物学标志物,预测HCC患者的风险程度和生存时间,为他们提供有效的预后信息.使用4种方法从TCGA中识别差异表达的mi...
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是世界上高发病率和高死亡率的恶性肿瘤之一.研究目的是寻找HCC相关的mi RNA预后生物学标志物,预测HCC患者的风险程度和生存时间,为他们提供有效的预后信息.使用4种方法从TCGA中识别差异表达的mi RNAs(DEMs).并用Kaplan-Meier生存曲线、单因素和多因素Cox回归分析从DEMs中筛选肝癌预后相关的mi RNA.最终4个HCC的预后mi RNA生物学标志物(hsa-mi R-132-3p、hsa-mi R-139-5p、hsa-mi R-3677-3p、hsa-mi R-500a-3p)被筛选出来组合成一个风险评分模型.目前还没有实验证据表明组合中的hsa-mir-3677-3p与HCC相关,是本研究新发现的mi RNA.生存曲线、ROC曲线、卡方检验等多种生物信息学方法的评价结果均表明,该模型计算出的风险分值能有效预测患者的风险程度(P<0.000,风险比=2.551,95%置信区间=1.751-3.717).低风险组HCC患者1-5年生存率比高风险组高20%-30%.通过与临床数据分析发现,组合的生物学标志物较其他临床指标相比具有更好的预后效果,也可以作为独立的预后因子.最后,预测了4种mi RNA的靶基因,包括AGO2、FOXO1、ROCK2、RAP1B、CYLD等,并在细胞增殖、迁移、凋亡、免疫应答等生物学过程中富集.
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关键词
MIRNA
肝细胞癌
预后
生物学标志物
TCGA
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职称材料
探索提高三维定量构效关系模型预测能力的方法
被引量：
1
2
作者
谭建军
门婧睿
+2 位作者
孙洪亮
贺丽群
张一平
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期151-160,共10页
为了解决使用三维定量构效关系(three-dimensional quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR)模型预测新化合物生物活性效果不理想的问题,建立了2种新的一致性模型.模型一是由多元线性回归(multiple linear regression,M...
为了解决使用三维定量构效关系(three-dimensional quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR)模型预测新化合物生物活性效果不理想的问题,建立了2种新的一致性模型.模型一是由多元线性回归(multiple linear regression,MLR)方法构建的加权一致性模型(weighted consensus modeling,WCM),该模型为每个子模型添加了各自的权重系数.模型二通过计算多个子模型预测值的平均值来构建平均一致性模型(average consensus modeling,ACM).研究结果表明,当交叉验证相关系数0.5<q^2≤0.8时,一致性模型可以提高预测能力,而在q^2>0.8时不能提高3D-QSAR模型的预测能力.该方法可为提高模型预测能力和设计新型高活性抑制剂提供帮助.
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关键词
三维定量构效关系
一致性模型
加权一致性模型
平均一致性模型
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职称材料
题名
肝癌预后miRNA风险评分模型的鉴定和分析
被引量：
6
1
作者
门婧睿
谭建军
孙洪亮
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020年第4期344-360,共17页
基金
北京市自然科学基金(2202002)
国家自然科学基金(21173014)资助项目.
文摘
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是世界上高发病率和高死亡率的恶性肿瘤之一.研究目的是寻找HCC相关的mi RNA预后生物学标志物,预测HCC患者的风险程度和生存时间,为他们提供有效的预后信息.使用4种方法从TCGA中识别差异表达的mi RNAs(DEMs).并用Kaplan-Meier生存曲线、单因素和多因素Cox回归分析从DEMs中筛选肝癌预后相关的mi RNA.最终4个HCC的预后mi RNA生物学标志物(hsa-mi R-132-3p、hsa-mi R-139-5p、hsa-mi R-3677-3p、hsa-mi R-500a-3p)被筛选出来组合成一个风险评分模型.目前还没有实验证据表明组合中的hsa-mir-3677-3p与HCC相关,是本研究新发现的mi RNA.生存曲线、ROC曲线、卡方检验等多种生物信息学方法的评价结果均表明,该模型计算出的风险分值能有效预测患者的风险程度(P<0.000,风险比=2.551,95%置信区间=1.751-3.717).低风险组HCC患者1-5年生存率比高风险组高20%-30%.通过与临床数据分析发现,组合的生物学标志物较其他临床指标相比具有更好的预后效果,也可以作为独立的预后因子.最后,预测了4种mi RNA的靶基因,包括AGO2、FOXO1、ROCK2、RAP1B、CYLD等,并在细胞增殖、迁移、凋亡、免疫应答等生物学过程中富集.
关键词
MIRNA
肝细胞癌
预后
生物学标志物
TCGA
Keywords
miRNA
hepatocellular carcinoma
prognosis
biomarker
TCGA
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
R318.04 [医药卫生—生物医学工程]
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职称材料
题名
探索提高三维定量构效关系模型预测能力的方法
被引量：
1
2
作者
谭建军
门婧睿
孙洪亮
贺丽群
张一平
机构
北京工业大学生命科学与生物工程学院
出处
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期151-160,共10页
基金
国家自然科学基金资助项目(21173014)
北京高等学校高水平人才交叉培养"实培计划"项目
文摘
为了解决使用三维定量构效关系(three-dimensional quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR)模型预测新化合物生物活性效果不理想的问题,建立了2种新的一致性模型.模型一是由多元线性回归(multiple linear regression,MLR)方法构建的加权一致性模型(weighted consensus modeling,WCM),该模型为每个子模型添加了各自的权重系数.模型二通过计算多个子模型预测值的平均值来构建平均一致性模型(average consensus modeling,ACM).研究结果表明,当交叉验证相关系数0.5<q^2≤0.8时,一致性模型可以提高预测能力,而在q^2>0.8时不能提高3D-QSAR模型的预测能力.该方法可为提高模型预测能力和设计新型高活性抑制剂提供帮助.
关键词
三维定量构效关系
一致性模型
加权一致性模型
平均一致性模型
Keywords
3-QSAR
consensus model
weighted consensus modeling
average consensus modeling
分类号
R914.2 [医药卫生—药物化学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
肝癌预后miRNA风险评分模型的鉴定和分析
门婧睿
谭建军
孙洪亮
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2020
6
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
探索提高三维定量构效关系模型预测能力的方法
谭建军
门婧睿
孙洪亮
贺丽群
张一平
《北京工业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2018
1
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职称材料
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