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基于ISSR和ITS分子标记的海南砂仁种质资源遗传多样性评价
1
作者
罗凡
瞿云苹
+3 位作者
陈振夏
杨涛
范宇光
潘坤
《核农学报》
北大核心
2025年第5期886-896,I0001,共12页
为了对海南砂仁资源进行保护和管理,利用简单序列重复区间(ISSR)和核糖体RNA基因转录间隔区(ITS)技术,使用NTSYS、POPGENE、BioEdit和Clustalx等软件,分析了12个海南砂仁地理居群,共118份种质材料的遗传多样性和遗传分化程度。结果发现,...
为了对海南砂仁资源进行保护和管理,利用简单序列重复区间(ISSR)和核糖体RNA基因转录间隔区(ITS)技术,使用NTSYS、POPGENE、BioEdit和Clustalx等软件,分析了12个海南砂仁地理居群,共118份种质材料的遗传多样性和遗传分化程度。结果发现,ISSR引物筛选共获得25条多态性较高的引物,扩增获得132个位点,其中多态性位点93个,多态性比率达70.45%。通过对观测到的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、居群内Nei’s基因多样性(H)、Shannon多样性信息指数(I)和基因流(Nm)统计,其平均值分别为1.164、1.103、0.059、0.087和0.271。基于海南砂ITS序列比对信息,检测出了11个单倍型,但在不同的居群中这些单倍型的分布不均匀,多个居群中仅检测出一种单倍型。上述结果表明,居群内的遗传多样性较低,不同地理居群的海南砂基因交流较少、遗传分化明显,居群间的遗传变异是其总遗传多样性的来源,由于居群间基因交流匮乏,已经导致海南砂居群内出现近交衰退。本研究可为海南砂种质资源的保护、利用和可持续开发提供科学依据。
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关键词
海南砂仁
遗传多样性
遗传分化
ISSR
ITS
单倍型
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职称材料
不同地域益智品质差异化相关基因相对表达量分析
2
作者
刘嘉褀
贾玉平
+2 位作者
瞿云苹
罗凡
潘坤
《热带农业科学》
2025年第5期1-8,共8页
萜类和黄酮类是药用植物益智果实中的主要药效成分,本课题组前期研究筛选出了其代表性成分圆柚酮和山奈酚生物合成相关的一些基因。为了进一步明确造成地域间这2种物质含量差异显著的相关候选基因,本研究通过实时荧光定量PCR法,对上述...
萜类和黄酮类是药用植物益智果实中的主要药效成分,本课题组前期研究筛选出了其代表性成分圆柚酮和山奈酚生物合成相关的一些基因。为了进一步明确造成地域间这2种物质含量差异显著的相关候选基因,本研究通过实时荧光定量PCR法,对上述相关基因进行定量分析,比较不同地域益智样本中的相对含量差异,筛选出表达量变化与圆柚酮和山奈酚含量相一致的基因作为关键候选基因。结果表明,涉及益智圆柚酮和山奈酚生物合成的相关基因分别为Cluster-27812.24310和Cluster-27812.43619,其表达量在不同地域间存在显著差异,尤其是Cluster-27812.24310的表达量与圆柚酮的含量相一致,因此认为其是圆柚酮生物合成的正向调控基因。本研究结果可为后续研究造成益智品质差异的相关基因功能及其分子机制提供参考。
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关键词
益智
圆柚酮
山奈酚
候选基因
荧光实时定量法
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职称材料
题名
基于ISSR和ITS分子标记的海南砂仁种质资源遗传多样性评价
1
作者
罗凡
瞿云苹
陈振夏
杨涛
范宇光
潘坤
机构
海南医科大学药学院
海南省中药原料监测与技术服务中心
中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所
出处
《核农学报》
北大核心
2025年第5期886-896,I0001,共12页
基金
海南省自然科学基金(821RC576)
海南医学院大学生创新创业训练计划项目(S202211810001)
2019校级引进人才经费(XRC190003)。
文摘
为了对海南砂仁资源进行保护和管理,利用简单序列重复区间(ISSR)和核糖体RNA基因转录间隔区(ITS)技术,使用NTSYS、POPGENE、BioEdit和Clustalx等软件,分析了12个海南砂仁地理居群,共118份种质材料的遗传多样性和遗传分化程度。结果发现,ISSR引物筛选共获得25条多态性较高的引物,扩增获得132个位点,其中多态性位点93个,多态性比率达70.45%。通过对观测到的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、居群内Nei’s基因多样性(H)、Shannon多样性信息指数(I)和基因流(Nm)统计,其平均值分别为1.164、1.103、0.059、0.087和0.271。基于海南砂ITS序列比对信息,检测出了11个单倍型,但在不同的居群中这些单倍型的分布不均匀,多个居群中仅检测出一种单倍型。上述结果表明,居群内的遗传多样性较低,不同地理居群的海南砂基因交流较少、遗传分化明显,居群间的遗传变异是其总遗传多样性的来源,由于居群间基因交流匮乏,已经导致海南砂居群内出现近交衰退。本研究可为海南砂种质资源的保护、利用和可持续开发提供科学依据。
关键词
海南砂仁
遗传多样性
遗传分化
ISSR
ITS
单倍型
Keywords
Amomum longiligulare T.L.Wu
genetic diversity
genetic differentiation
ISSR
ITS
haplotype
分类号
S565.9 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
不同地域益智品质差异化相关基因相对表达量分析
2
作者
刘嘉褀
贾玉平
瞿云苹
罗凡
潘坤
机构
海南医科大学药学院
海南省中药原料监测与技术服务中心
出处
《热带农业科学》
2025年第5期1-8,共8页
基金
国家自然科学基金(No.81660629)
海南省科技专项资助重点研发计划项目(No.ZDYF2022XDNY170)
海南医学院大学生创新创业训练计划项目(No.X202111810038)。
文摘
萜类和黄酮类是药用植物益智果实中的主要药效成分,本课题组前期研究筛选出了其代表性成分圆柚酮和山奈酚生物合成相关的一些基因。为了进一步明确造成地域间这2种物质含量差异显著的相关候选基因,本研究通过实时荧光定量PCR法,对上述相关基因进行定量分析,比较不同地域益智样本中的相对含量差异,筛选出表达量变化与圆柚酮和山奈酚含量相一致的基因作为关键候选基因。结果表明,涉及益智圆柚酮和山奈酚生物合成的相关基因分别为Cluster-27812.24310和Cluster-27812.43619,其表达量在不同地域间存在显著差异,尤其是Cluster-27812.24310的表达量与圆柚酮的含量相一致,因此认为其是圆柚酮生物合成的正向调控基因。本研究结果可为后续研究造成益智品质差异的相关基因功能及其分子机制提供参考。
关键词
益智
圆柚酮
山奈酚
候选基因
荧光实时定量法
Keywords
Alpinia oxyphylla(Miq.)
nootkatone
kaempferol
candidate gene
real-time quantitative PCR
分类号
S567.239 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于ISSR和ITS分子标记的海南砂仁种质资源遗传多样性评价
罗凡
瞿云苹
陈振夏
杨涛
范宇光
潘坤
《核农学报》
北大核心
2025
0
在线阅读
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职称材料
2
不同地域益智品质差异化相关基因相对表达量分析
刘嘉褀
贾玉平
瞿云苹
罗凡
潘坤
《热带农业科学》
2025
0
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职称材料
已选择
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