通过转录组测序获得了一个广叶绣球菌(Sparassis latifolia)编码的溶血素基因(latifolysin),进行生物信息学分析,并利用实时定量PCR分析溶血素基因表达水平,采用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quan...通过转录组测序获得了一个广叶绣球菌(Sparassis latifolia)编码的溶血素基因(latifolysin),进行生物信息学分析,并利用实时定量PCR分析溶血素基因表达水平,采用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱串联质谱鉴定分析溶血素表达差异。结果表明latifolysin基因全长为399bp,编码133个氨基酸。保守功能域搜索显示latifolysin具有与杨树菇溶血素(aegerolysins)蛋白家族相同的结构域和功能位点,两者序列相似性40%。杨树菇溶血素家族蛋白在真菌中呈不连续性分布。系统进化树结果显示绣球菌溶血素隶属于担子菌类群,与草菇(Volvariella volvacea)遗传关系较近。实时定量PCR和蛋白定量结果表明,latifolysin和绣球菌溶血素在广叶绣球菌幼菇期表达量最高,且显著高于菌丝体中表达水平。展开更多
利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱串联质谱(two-dimensional liquid chromatography tandem mass spectrometry,2D LC-MS/MS)技术,研究广叶绣球菌(Spa...利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱串联质谱(two-dimensional liquid chromatography tandem mass spectrometry,2D LC-MS/MS)技术,研究广叶绣球菌(Sparassis latifolia)原基期、幼菇期和成熟子实体阶段的差异表达蛋白质组。采用Q-Exactive质谱鉴定并经ProteinPilot软件搜库,对所获得的差异蛋白进行GO(gene ontology)、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)和转录因子注释分析。结果共鉴定到可信蛋白2305个,其中2219个蛋白具有相对定量信息。与原基期相比,幼菇期显著上调蛋白104个,下调蛋白142个,子实体阶段显著上调蛋白155个,下调蛋白460个。GO分子功能提示这些差异性蛋白主要参与催化活性、蛋白结合和水解酶活性。KEGG代谢通路分析结果显示,差异蛋白主要涉及碳代谢、氨基酸合成、核糖体、糖酵解/糖衍生等代谢过程。差异蛋白中与信号传导和转录因子相关的蛋白数量分别为27个和7个。展开更多
文摘通过转录组测序获得了一个广叶绣球菌(Sparassis latifolia)编码的溶血素基因(latifolysin),进行生物信息学分析,并利用实时定量PCR分析溶血素基因表达水平,采用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱串联质谱鉴定分析溶血素表达差异。结果表明latifolysin基因全长为399bp,编码133个氨基酸。保守功能域搜索显示latifolysin具有与杨树菇溶血素(aegerolysins)蛋白家族相同的结构域和功能位点,两者序列相似性40%。杨树菇溶血素家族蛋白在真菌中呈不连续性分布。系统进化树结果显示绣球菌溶血素隶属于担子菌类群,与草菇(Volvariella volvacea)遗传关系较近。实时定量PCR和蛋白定量结果表明,latifolysin和绣球菌溶血素在广叶绣球菌幼菇期表达量最高,且显著高于菌丝体中表达水平。
文摘利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)标记结合二维液相色谱串联质谱(two-dimensional liquid chromatography tandem mass spectrometry,2D LC-MS/MS)技术,研究广叶绣球菌(Sparassis latifolia)原基期、幼菇期和成熟子实体阶段的差异表达蛋白质组。采用Q-Exactive质谱鉴定并经ProteinPilot软件搜库,对所获得的差异蛋白进行GO(gene ontology)、KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)和转录因子注释分析。结果共鉴定到可信蛋白2305个,其中2219个蛋白具有相对定量信息。与原基期相比,幼菇期显著上调蛋白104个,下调蛋白142个,子实体阶段显著上调蛋白155个,下调蛋白460个。GO分子功能提示这些差异性蛋白主要参与催化活性、蛋白结合和水解酶活性。KEGG代谢通路分析结果显示,差异蛋白主要涉及碳代谢、氨基酸合成、核糖体、糖酵解/糖衍生等代谢过程。差异蛋白中与信号传导和转录因子相关的蛋白数量分别为27个和7个。
