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基于流式细胞术和全基因组Survey的盐爪爪基因组大小测定
1
作者
刘鹏辉
袁庆
+3 位作者
宋晓硕
任飞
秦乐乐
刘海瑞
《种子》
北大核心
2025年第8期94-100,135,共8页
为制定盐爪爪全基因组测序以及染色体水平基因组组装策略方案,以二倍体盐生植物盐爪爪为研究对象,采用流式细胞术和基因组Survey对盐爪爪基因组大小以及杂合率等相关特征进行评估。流式细胞术结果表明,盐爪爪的基因组大小在0.93~1.01 G...
为制定盐爪爪全基因组测序以及染色体水平基因组组装策略方案,以二倍体盐生植物盐爪爪为研究对象,采用流式细胞术和基因组Survey对盐爪爪基因组大小以及杂合率等相关特征进行评估。流式细胞术结果表明,盐爪爪的基因组大小在0.93~1.01 Gb之间,通过基因组Survey测定盐爪爪基因组大小为987.17 Mb,杂合率为1.01%,重复序列比例为63.72%,表明盐爪爪基因组属于一般复杂基因组。采用K-mer=41进行初步组装,得到Contig N50为765 bp,总长为814715464 bp,Scaffold N50为1170 bp,总长为848776486 bp。
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关键词
盐爪爪
基因组Survey
流式细胞术
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题名
基于流式细胞术和全基因组Survey的盐爪爪基因组大小测定
1
作者
刘鹏辉
袁庆
宋晓硕
任飞
秦乐乐
刘海瑞
机构
青海大学生态环境工程学院
中国科学院昆明植物研究所
青海大学三江源生态与高原农牧业国家重点实验室
出处
《种子》
北大核心
2025年第8期94-100,135,共8页
基金
中科院西部之光青年学者项目(xbzglzb2022043)
西宁市重大科技专项(2023-Z-13)。
文摘
为制定盐爪爪全基因组测序以及染色体水平基因组组装策略方案,以二倍体盐生植物盐爪爪为研究对象,采用流式细胞术和基因组Survey对盐爪爪基因组大小以及杂合率等相关特征进行评估。流式细胞术结果表明,盐爪爪的基因组大小在0.93~1.01 Gb之间,通过基因组Survey测定盐爪爪基因组大小为987.17 Mb,杂合率为1.01%,重复序列比例为63.72%,表明盐爪爪基因组属于一般复杂基因组。采用K-mer=41进行初步组装,得到Contig N50为765 bp,总长为814715464 bp,Scaffold N50为1170 bp,总长为848776486 bp。
关键词
盐爪爪
基因组Survey
流式细胞术
Keywords
Kalidium foliatum
genome Survey
flow cytometry
分类号
S793.9 [农业科学—林木遗传育种]
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作者
出处
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被引量
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1
基于流式细胞术和全基因组Survey的盐爪爪基因组大小测定
刘鹏辉
袁庆
宋晓硕
任飞
秦乐乐
刘海瑞
《种子》
北大核心
2025
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