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染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析
1
作者
王琪
丁砚书
+1 位作者
耿宝宝
聂玉敏
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期406-414,共9页
染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有...
染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.
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关键词
染色质互作
转录因子
FP-GROWTH
Hi-C
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职称材料
题名
染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析
1
作者
王琪
丁砚书
耿宝宝
聂玉敏
机构
南京医科大学生物医学工程与信息学院生物信息学系
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期406-414,共9页
基金
江苏省自然科学基金青年基金项目(BK20161026)
江苏省高校自然科学研究面上项目(16KJB180022)
南京医科大学科技发展基金重点项目(2015NJMUZD003)资助~~
文摘
染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.
关键词
染色质互作
转录因子
FP-GROWTH
Hi-C
Keywords
chromatin interaction
transcription factors
FP-growth
Hi-C
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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作者
出处
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1
染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析
王琪
丁砚书
耿宝宝
聂玉敏
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019
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