摘要
目的 建立扩增幽门螺杆菌（Hp）cagA基因的高特异性方法,结合生物信息学方法分析并阐明cagA基因结构特点及地域起源特征。方法 在GenBank检索并下载cagA目标基因序列,设计引物。从消化性溃疡患者胃黏膜组织中提取总RNA,逆转录为cDNA,分段、多轮PCR扩增目的基因,ABI3500xl测序仪测定PCR产物核酸序列,ATCG基因分析软件拼接基因序列,ClustalX1.8序列分析软件比对参考序列和患者PCR扩增产物序列,Bioedit及Megalign基因软件分析核苷酸序列同源性,Mega4.1基因软件对分析序列构建进化树。结果 24例胃溃疡患者中有4例胃黏膜扩增出cagA基因片段。20例十二指肠溃疡患者中有2例胃黏膜扩增出cagA基因,均成功测序,命名为XA-cagA2-2。与本研究中目的基因同源性较高（同源性91.8%~97.0%）的菌株来源于泰国-菲律宾岛、日本冲绳岛人群菌株,进化关系较近的为泰国-菲律宾岛菌株、秘鲁亚马逊河的美国印第安人菌株以及日本冲绳岛菌株。结论 本研究建立的方法成功扩增出cagA目的基因全长序列,成功进行测序、同源性分析和进化树分析,为陕西省Hp cagA基因多态性及地域性特征研究提供理论基础。
出处
《临床检验杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第10期750-752,共3页
Chinese Journal of Clinical Laboratory Science
基金
陕西省科技厅自然科学基金(2009JM4037)
陕西省教育厅科研资助项目(2013JK0788)
作者简介
作者简介：牛春燕，1969年生，女，主任医师，教授，博士，主要从事消化内科专业。
