摘要
探讨了大白菜EST-SSR反应体系的优化,利用优化的体系筛选部分引物。采用L16(44)正交设计,研究各主要参数的适宜浓度,建立适合大白菜EST-SSR反应的最佳体系。结果表明,各因素不同水平浓度对扩增结果均有一定影响,其中以引物浓度影响最大,其次是dNTP和Taq DNA聚合酶,最小是模板DNA用量。优化后的最佳体系(20μL)为:引物浓度1.0μmol/L,dNTPs0.25mmol/L,Taq酶0.5U,模板DNA70ng。利用优化的体系,根据大白菜EST序列设计引物126对,分别以2对抗、感病毒病的大白菜材料的基因组DNA为模板进行扩增,筛选出至少在一份材料中扩出多态性的引物19对。该优化体系可用于大白菜EST-SSR扩增,初步筛选的引物可用于大白菜病毒病分子标记的进一步研究。
The aim of this paper is to optimize the EST-SSR system on heading Chinese cabbage, and select a certain amount of primer pairs using the optimized system. L16（4^4） orthogonal design is used in the system optimization, and the concentrations of the main factors are studied to build the best system. The results show that the different levels of each factor have some effects on the results of EST-SSR, with the effect of the primer concentration being the greatest, those of dNTP and Taq DNA polymerase the next, and that of the concentration of DNA template the minimal. The optimized system （20μL） is： 2.0μL 10×PCR Buffer with Mg^2＋, 70ng DNA template, 250μmol/L dNTP, 1.0txmol/L primer, and 0.5U Taq DNA polymerase. One hundred and twenty-six primer pairs are designed according to the EST sequences of heading Chinese cabbage, and EST-SSR PCR is amplified by using the above primer pairs and optimized system, with nineteen primer pairs being selected based on their reproducible and polymorphism, which could be used for further research.
出处
《科技导报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第3期76-81,共6页
Science & Technology Review
基金
山东省农业科学院创新基金项目(2006YCX014)
山东省农业科学院博士科研启动基金项目(2006YBS007)
关键词
大白菜
EST—SSR
正交设计
体系优化
引物筛选
heading Chinese cabbage
EST-SSR
orthogonal designs
system optimization
primer screening
作者简介
佟海申,硕士研究生，研究方向为作物分子生物学，电子信箱：haishen1020@sina．com；
宋希云（通信作者），教授，研究方向为作物分子育种，电子信箱：songxy@qau．edu．cn；
李巧云（通信作者），博士，研究方向为大白菜抗病分子标记，电子信箱：liqiaoyun0606@126．com
