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10828条籼稻全长cDNA的分离和注释 被引量：11

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摘要 全长cDNA对基因组学和蛋白质组学研究有着非常重要的价值.以分离籼稻基因组全长cDNA为目标,从优良的籼稻恢复系明恢63中分离到10828条非冗余的全长cDNA,其中780条是新的水稻表达序列.所得到的全长cDNA至少满足以下两个条件之一:(i)5’端序列包含粳稻日本晴的全长cDNA所预测的完整的ORF(9078条);(ii)包含同源蛋白质对应的完整N末端编码序列(6543条).在分离到的全长cDNA中,53%的序列比报道的粳稻全长cDNA有更长的5’端非翻译区(5’UTR);90.28%(9776条)的序列能定位到粳稻基因组序列上,92.78%(10046条)的序列可以定位到籼稻基因组序列上;8216条序列能与日本晴的全长cDNA序列定位到粳稻基因组序列的同一位置上,籼粳间cDNA序列的平均相似性为99.2%;90%以上的全长cDNA能进行GO (gene ontology)分类.在780条新的cDNA中,60%以上的找不到任何同源蛋白序列.
作者 谢卡斌 张建伟 向勇 冯旗 韩斌 储昭晖 王石平 张启发 熊立仲
机构地区 华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室 国家植物基因研究中心 中国科学院国家基因研究中心
出处 《中国科学（C辑）》 CSCD 北大核心 2005年第1期6-12,共7页 Science in China(Series C)
基金 国家重大科技专项"功能基因组和生物芯片"(批准号:2002AA2Z1002)项目国家自然科学基金(批准号:30321005)项目资助
关键词 籼稻 全长CDNA 粳稻 同源蛋白 明恢63 籼粳 水稻 基因组序列 分离 白质
分类号 S511.21 [农业科学—作物学]
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参考文献26

  • 1Yu J, Hu S, Wang J, et al. A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. indica). Science, 2002, 296:79～92
  • 2Goff S A, Ricke D, Lan T H, et al. A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa L. ssp. japonica). Science, 2002, 296:92～100
  • 3Sasaki T, Matsumoto T, Yamamoto K, et al. The genome sequence and structure of rice chromosome 1. Nature, 2002, 420:312～316
  • 4Feng Q, Zhang Y, Hao P, et al. Sequence and analysis of rice chromosome 4. Nature, 2002, 420:316～320
  • 5Rice Chromosome 10 Sequencing Consortium. In-depth view of structure, activity, and evolution of rice chromosome 10. Science,2003, 300:1566～1569
  • 6Okazaki Y, Furuno M, Kasukawa T, et al. Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs. Nature, 2002, 420:563～573
  • 7Kawai J, Shinagawa A, Shibata K, et al. Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection. Nature, 2001, 409:685～690
  • 8Seki M, Narusaka M, Kamiya A, et al. Functional annotation of a full-length Arabidopsis cDNA collection. Science, 2002, 296: 141～145
  • 9Strausberg R L, Feingold E A, Grouse L H, et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences. Proc Natl Acad Sci USA, 2002, 99: 16899～16903
  • 10Stapleton M, Carlson J, Brokstein P, et al. The Drosophila fulllength cDNA resource. Genome Biol, 2002, 3:RESEARCH0080

二级参考文献20

  • 1[1]Arumuganathan K, Earle E D. Nuclear DNA content of some important plant species. Plant Mol Biol Rep, 1991, 9: 208 ～ 219
  • 2[2]Yu J, Hu S N, Wang J, et al. A draft sequence of the rice genome (Oryzae sativa L ssp Indica). Science, 2002, 296: 79 ～ 92
  • 3[3]Bishop J O, Morton J G, Rosbash M, et al. Three aboundance classes in Hela cell messenger RNA. Nature, 1974, 25: 199 ～ 204
  • 4[4]Sasaki T. The rice genome project in Japan. Proc Natl Acad Sci USA, 1998, 95: 2027 ～ 2028
  • 5[5]Yamamoto K, Sasaki T. Large-scale EST sequencing in rice. Plant Mol Biol, 1997, 35: 135 ～ 144
  • 6[6]Weissman S M. Molecular genetic techniques for mapping the human genome. Mol Biol Med, 1987, 4: 133 ～ 143
  • 7[7]Bonaldo M F, Lennon G, Soares M B. Normalization and subtraction: Two approaches to facilitate gene discovery. Genome Res, 1996, 6: 791 ～ 806
  • 8[8]Minoru S H K. An 'equalized cDNA library' by the reassociation of short double-stranded cDNAs. Nucleic Acids Res, 1990, 18: 5705 ～ 5711
  • 9[9]Patanjali S R, Parimoo S, Weissman S M. Construction of a uniform-abundance (normalized) cDNA library. Proc Natl Acad Sci USA, 1991, 88: 1943 ～ 1947
  • 10[10]Soares M B, Bonaldo M F, Su L, et al. Construction and characterization of a normalized cDNA library. Proc Natl Acad Sci USA, 1994, 91: 9228 ～ 9232

共引文献21

同被引文献215

引证文献11

二级引证文献151

中国科学（C辑）
2005年 第1期

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