食用百合是原产于我国的具有重要经济、药用和观赏价值的多年生宿根草本植物,本文采用CodonW和SPSS等软件对不同食用百合品种的叶绿体基因组进行密码子使用偏性分析,并基于叶绿体基因组序列构建了系统发育树。结果表明,食用百合的叶绿...食用百合是原产于我国的具有重要经济、药用和观赏价值的多年生宿根草本植物,本文采用CodonW和SPSS等软件对不同食用百合品种的叶绿体基因组进行密码子使用偏性分析,并基于叶绿体基因组序列构建了系统发育树。结果表明,食用百合的叶绿体基因组密码子适应指数(codon adaptation index, CAI)为0.642~0.644,有效密码子数(effective number of codon, ENC)为55.185~55.529,叶绿体基因组密码子使用偏性较弱。密码子不同位置的GC含量分别为37.19%(第1位)、37.29%(第2位)和36.56%(第3位)。利用ENC-plot、PR2-plot和中性绘图分析表明,选择压力是影响食用百合叶绿体基因组密码子使用偏性的重要因素。比较不同密码子碱基位置的影响,第3位碱基组成对密码子使用偏性存在显著(p<0.05)影响。通过最优密码子分析获得12个最优密码子。系统发育分析显示,百合属近缘种之间密码子使用特征相似,龙牙百合与兰州百合亲缘关系较近。而在叶绿体基因组假基因化方面,龙牙百合与卷丹更为相似,该研究为百合属植物系统进化、物种分类及叶绿体基因工程的相关研究提供了理论依据。展开更多
文摘食用百合是原产于我国的具有重要经济、药用和观赏价值的多年生宿根草本植物,本文采用CodonW和SPSS等软件对不同食用百合品种的叶绿体基因组进行密码子使用偏性分析,并基于叶绿体基因组序列构建了系统发育树。结果表明,食用百合的叶绿体基因组密码子适应指数(codon adaptation index, CAI)为0.642~0.644,有效密码子数(effective number of codon, ENC)为55.185~55.529,叶绿体基因组密码子使用偏性较弱。密码子不同位置的GC含量分别为37.19%(第1位)、37.29%(第2位)和36.56%(第3位)。利用ENC-plot、PR2-plot和中性绘图分析表明,选择压力是影响食用百合叶绿体基因组密码子使用偏性的重要因素。比较不同密码子碱基位置的影响,第3位碱基组成对密码子使用偏性存在显著(p<0.05)影响。通过最优密码子分析获得12个最优密码子。系统发育分析显示,百合属近缘种之间密码子使用特征相似,龙牙百合与兰州百合亲缘关系较近。而在叶绿体基因组假基因化方面,龙牙百合与卷丹更为相似,该研究为百合属植物系统进化、物种分类及叶绿体基因工程的相关研究提供了理论依据。
