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糯玉米自交系SSR标记遗传多样性及群体遗传结构分析
被引量：
22
1
作者
卢媛
艾为大
+5 位作者
韩晴
王义发
李宏杨
瞿玉玑
施标
沈雪芳
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期214-224,共11页
为了解糯玉米种质的遗传基础,利用29对SSR标记对87份糯玉米自交系进行遗传多样性分析,共检测出180个等位变异,平均每个位点6个等位变异,多态性信息含量变幅为0.308～0.915,平均为0.572。材料间遗传相似系数为0.49～0.93,平均为0.66。通...
为了解糯玉米种质的遗传基础,利用29对SSR标记对87份糯玉米自交系进行遗传多样性分析,共检测出180个等位变异,平均每个位点6个等位变异,多态性信息含量变幅为0.308～0.915,平均为0.572。材料间遗传相似系数为0.49～0.93,平均为0.66。通过聚类分析UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic means)方法在遗传相似系数0.64处将87份糯玉米自交系划分为4个类群,分别包含9、66、10和2份材料。此外,利用Structure群体遗传结构分析也将87份糯玉米自交系分为4个类群,分别包含24、25、19和19份材料;进一步分析表明,供试群体中大部分糯玉米自交系的遗传变异较单一。本研究为糯玉米新品种选育和遗传进化分析提供了种质基础和理论依据。
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关键词
糯玉米
遗传多样性
群体遗传结构
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职称材料
利用SNP分子标记构建50份糯玉米自交系DNA指纹库
被引量：
4
2
作者
韩晴
孙小淋
+3 位作者
卢媛
田东
施标
沈雪芳
《上海农业学报》
2020年第3期15-19,共5页
为构建糯玉米品种DNA指纹库,保护品种资源,利用Illumina公司研发的包含56110个SNP标记的芯片,对50份糯玉米自交系进行基因分型。结果表明:按照SNP标记选用标准,共得到42406个SNP标记。这些标记的杂合率均值为0.04,SNP缺失率均值为0.01,...
为构建糯玉米品种DNA指纹库,保护品种资源,利用Illumina公司研发的包含56110个SNP标记的芯片,对50份糯玉米自交系进行基因分型。结果表明:按照SNP标记选用标准,共得到42406个SNP标记。这些标记的杂合率均值为0.04,SNP缺失率均值为0.01,最小等位基因频率(MAF)均值为0.4,多态性信息含量(PIC)均值为0.38,基因多样性指数均值为0.44。对上述获得的SNP标记设置不同数量位点进行筛选,确定25000位点为核心标记位点,可用于构建糯玉米自交系DNA指纹库。在25000位点时,对50份糯玉米自交系进行SNP聚类分析,共将其划分为四大类群,聚类结果与品种系谱来源一致。该研究可为糯玉米品种特异性和一致性的鉴定分析及品种保护工作提供理论指导。
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关键词
糯玉米
自交系
DNA指纹库
SNP标记
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职称材料
题名
糯玉米自交系SSR标记遗传多样性及群体遗传结构分析
被引量：
22
1
作者
卢媛
艾为大
韩晴
王义发
李宏杨
瞿玉玑
施标
沈雪芳
机构
上海市农业科学院作物育种栽培
研究
所
cimmyt
:
中国
特
用玉米
研究
中心
安顺学院农学院
三亚市南繁科学技术
研究
院
上海市青浦区朱家角镇农业综合服务
中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期214-224,共11页
基金
上海市种业发展项目[沪农科种字(2016)第1-3号]
上海市科学技术委员会科研计划项目(153919N1300
+5 种基金
17391900100
17391902702)
上海市农业科学院卓越团队项目(农科创2017B-08)资助
上海市市级农口系统青年人才成长计划项目[沪农青字(2015)第1-4号]
上海市市级农口系统青年人才成长计划项目[沪农青字(2018)第1-6号]
2019上海市农业科学院青年科技人员"助跑"计划项目资助~~
文摘
为了解糯玉米种质的遗传基础,利用29对SSR标记对87份糯玉米自交系进行遗传多样性分析,共检测出180个等位变异,平均每个位点6个等位变异,多态性信息含量变幅为0.308～0.915,平均为0.572。材料间遗传相似系数为0.49～0.93,平均为0.66。通过聚类分析UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetic means)方法在遗传相似系数0.64处将87份糯玉米自交系划分为4个类群,分别包含9、66、10和2份材料。此外,利用Structure群体遗传结构分析也将87份糯玉米自交系分为4个类群,分别包含24、25、19和19份材料;进一步分析表明,供试群体中大部分糯玉米自交系的遗传变异较单一。本研究为糯玉米新品种选育和遗传进化分析提供了种质基础和理论依据。
关键词
糯玉米
遗传多样性
群体遗传结构
Keywords
waxy maize
genetic diversity
population structure
分类号
S513 [农业科学—作物学]
在线阅读
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职称材料
题名
利用SNP分子标记构建50份糯玉米自交系DNA指纹库
被引量：
4
2
作者
韩晴
孙小淋
卢媛
田东
施标
沈雪芳
机构
上海市农业科学院作物育种栽培
研究
所
上海市农业科学院生态环境保护
研究
所
出处
《上海农业学报》
2020年第3期15-19,共5页
基金
上海市市级农口系统青年人才成长计划[沪农青字(2018)第1-6号]
上海市鲜食玉米产业技术体系[沪农科产字(2019)第10号]
+4 种基金
上海市科学技术委员会科研计划项目(17391902702、153919N1300)
上海市农业科学院卓越团队项目(农科创2017B-08)
2019上海市农业科学院青年科技人员“助跑”计划
上海市科技支撑项目(17391900100)
科技部重点研发项目(2018YFD0100106)。
文摘
为构建糯玉米品种DNA指纹库,保护品种资源,利用Illumina公司研发的包含56110个SNP标记的芯片,对50份糯玉米自交系进行基因分型。结果表明:按照SNP标记选用标准,共得到42406个SNP标记。这些标记的杂合率均值为0.04,SNP缺失率均值为0.01,最小等位基因频率(MAF)均值为0.4,多态性信息含量(PIC)均值为0.38,基因多样性指数均值为0.44。对上述获得的SNP标记设置不同数量位点进行筛选,确定25000位点为核心标记位点,可用于构建糯玉米自交系DNA指纹库。在25000位点时,对50份糯玉米自交系进行SNP聚类分析,共将其划分为四大类群,聚类结果与品种系谱来源一致。该研究可为糯玉米品种特异性和一致性的鉴定分析及品种保护工作提供理论指导。
关键词
糯玉米
自交系
DNA指纹库
SNP标记
Keywords
Waxy corn
Inbred line
DNA Fingerprint database
SNP marker
分类号
S513 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
糯玉米自交系SSR标记遗传多样性及群体遗传结构分析
卢媛
艾为大
韩晴
王义发
李宏杨
瞿玉玑
施标
沈雪芳
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
22
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
利用SNP分子标记构建50份糯玉米自交系DNA指纹库
韩晴
孙小淋
卢媛
田东
施标
沈雪芳
《上海农业学报》
2020
4
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职称材料
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