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猪嵴病毒VP0基因的克隆与序列分析
被引量:
1
1
作者
陈如敬
修金生
+6 位作者
陈晓珞
吴学敏
车勇良
王晨燕
严山
王隆柏
周伦江
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2015年第9期2303-2307,共5页
本研究根据猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)VP0基因序列特征设计特异性扩增引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒VP0基因全长编码区。将特异性扩增目的片段克隆后进行序列测定,将结果进行拼接后获得猪嵴病毒VP0基因全长并进行相关生物信息...
本研究根据猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)VP0基因序列特征设计特异性扩增引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒VP0基因全长编码区。将特异性扩增目的片段克隆后进行序列测定,将结果进行拼接后获得猪嵴病毒VP0基因全长并进行相关生物信息学分析。所扩增的目的片段编码有完整的VP0基因开放阅读框,全长为1 098bp,编码有366个氨基酸,理论等电点为6.71,理论分子质量为38.489ku,不稳定系数为34.65,最大疏水指数为2.622,最小疏水指数为-2.122。将获得的VP0基因和GenBank中的猪嵴病毒代表株VP0基因序列进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析,其与HNXX-4核苷酸同源性最高,为89.1%,与S-1-HUN核苷酸同源性最低,为81.1%。从遗传进化上看,猪嵴病毒VP0基因在遗传进化上呈两个独立的基因亚群,猪嵴病毒中国分离株在两个遗传基因亚群上均有分布。
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关键词
猪嵴病毒
VP0基因
克隆
序列分析
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职称材料
猪嵴病毒非结构蛋白2C的生物信息学分析
被引量:
1
2
作者
陈秋勇
胡崇伟
+4 位作者
陈如敬
陈晓珞
林群群
陈鹏强
修金生
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2014年第11期50-54,共5页
本研究运用RT-PCR方法从猪嵴病毒感染阳性样品中扩增出其非结构蛋白2C全基因,并将其克隆到T载体后进行序列测定。研究结果表明,猪嵴病毒非结构蛋白2C全长为1005bp,编码335个氨基酸。所编的非结构蛋白2C大小为36.9297ku,理论等电点为7.18...
本研究运用RT-PCR方法从猪嵴病毒感染阳性样品中扩增出其非结构蛋白2C全基因,并将其克隆到T载体后进行序列测定。研究结果表明,猪嵴病毒非结构蛋白2C全长为1005bp,编码335个氨基酸。所编的非结构蛋白2C大小为36.9297ku,理论等电点为7.18;不稳定系数为39.41,属于稳定蛋白质类;脂肪族氨基酸指数为87.10,平均亲水性为-0.242。与其核苷酸同源性最高的是CH/HZ/2011株(GenBank登录号:JX827598),同源性为91.6%;同源性最低的是XX株(GenBank登录号:KC204684),同源性为88.8%。遗传进化分析结果显示,猪嵴病毒非结构蛋白2C在遗传进化树呈3个明显的结构分支,猪源嵴病毒匈牙利株和泰国株处于第Ⅲ遗传进化分支,猪嵴病毒中国分离株分处于第Ⅰ和第Ⅱ遗传进化分支,呈一定的区域流行性。
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关键词
猪嵴病毒
非结构蛋白2C
生物信息学分析
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职称材料
题名
猪嵴病毒VP0基因的克隆与序列分析
被引量:
1
1
作者
陈如敬
修金生
陈晓珞
吴学敏
车勇良
王晨燕
严山
王隆柏
周伦江
机构
福建省农业科学院畜牧兽医研究所
福建农林大学动物科学学院
龙岩市康顺养殖有限公司
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2015年第9期2303-2307,共5页
基金
福建省属公益类科研专项(2014R1102
2013R1025-8)
文摘
本研究根据猪嵴病毒(porcine kobuvirus,PKV)VP0基因序列特征设计特异性扩增引物,采用RT-PCR方法扩增猪嵴病毒VP0基因全长编码区。将特异性扩增目的片段克隆后进行序列测定,将结果进行拼接后获得猪嵴病毒VP0基因全长并进行相关生物信息学分析。所扩增的目的片段编码有完整的VP0基因开放阅读框,全长为1 098bp,编码有366个氨基酸,理论等电点为6.71,理论分子质量为38.489ku,不稳定系数为34.65,最大疏水指数为2.622,最小疏水指数为-2.122。将获得的VP0基因和GenBank中的猪嵴病毒代表株VP0基因序列进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析,其与HNXX-4核苷酸同源性最高,为89.1%,与S-1-HUN核苷酸同源性最低,为81.1%。从遗传进化上看,猪嵴病毒VP0基因在遗传进化上呈两个独立的基因亚群,猪嵴病毒中国分离株在两个遗传基因亚群上均有分布。
关键词
猪嵴病毒
VP0基因
克隆
序列分析
Keywords
porcine kobuvirus VP0gene clone sequence analysis
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
猪嵴病毒非结构蛋白2C的生物信息学分析
被引量:
1
2
作者
陈秋勇
胡崇伟
陈如敬
陈晓珞
林群群
陈鹏强
修金生
机构
福建农林大学动物科学学院
福建省农业科学院畜牧兽医研究所
龙岩市康顺养殖有限公司
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2014年第11期50-54,共5页
基金
福建省农业科学技术项目(2011-02)
文摘
本研究运用RT-PCR方法从猪嵴病毒感染阳性样品中扩增出其非结构蛋白2C全基因,并将其克隆到T载体后进行序列测定。研究结果表明,猪嵴病毒非结构蛋白2C全长为1005bp,编码335个氨基酸。所编的非结构蛋白2C大小为36.9297ku,理论等电点为7.18;不稳定系数为39.41,属于稳定蛋白质类;脂肪族氨基酸指数为87.10,平均亲水性为-0.242。与其核苷酸同源性最高的是CH/HZ/2011株(GenBank登录号:JX827598),同源性为91.6%;同源性最低的是XX株(GenBank登录号:KC204684),同源性为88.8%。遗传进化分析结果显示,猪嵴病毒非结构蛋白2C在遗传进化树呈3个明显的结构分支,猪源嵴病毒匈牙利株和泰国株处于第Ⅲ遗传进化分支,猪嵴病毒中国分离株分处于第Ⅰ和第Ⅱ遗传进化分支,呈一定的区域流行性。
关键词
猪嵴病毒
非结构蛋白2C
生物信息学分析
Keywords
porcine kobuvirus , nonstructural protein 2C
bioinformatics analysis
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
猪嵴病毒VP0基因的克隆与序列分析
陈如敬
修金生
陈晓珞
吴学敏
车勇良
王晨燕
严山
王隆柏
周伦江
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2015
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
猪嵴病毒非结构蛋白2C的生物信息学分析
陈秋勇
胡崇伟
陈如敬
陈晓珞
林群群
陈鹏强
修金生
《中国畜牧兽医》
CAS
北大核心
2014
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
已选择
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引证文献
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