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2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析
被引量：
26
1
作者
李雨琪
许静茹
+12 位作者
郑欣
黄林洁
周娴静
朱智豪
陈芳婷
邓莹滋
蔡思思
靳雨欣
刘璐
董波
戴爱玲
李晓冰
范克伟
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期84-91,共8页
为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用Meg...
为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算。结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51%(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00%~63.16%。从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp~4161 bp,共编码1382 aa~1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4%~100%和93.8%~100%。19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV属于GIIb亚型,1株属于GIb亚型。S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典疫苗株CV777相比,18株GIIb亚型PEDV S蛋白的氨基酸序列在aa55~aa56、aa135~aa136和aa155~aa156处存在插入与缺失,具有典型的PEDV变异株的分子特征;其中14株还出现了独特的aa1193缺失。与GII型疫苗株AJ1102相比,19株PEDV S1区氨基酸突变率为60.00%~83.82%,其中18株GIIb亚型PEDV S1区氨基酸突变位点中有10个位于S蛋白重要结构域;基因重组分析结果显示,有3株PEDV S基因存在重组事件,其中FJLY01-2018株由GD-B株和CH-S株重组而来,FJLY02-2018株由CH/HNPJ/2017株和PEDV4-S-3株重组而来,FJLY03-2022株由PEDV-1931-1-Valladolid-Molpeceres株和HUA-M17株重组而来;S基因分歧时间估算结果显示,福建地区GIIa亚型、GIIb亚型、GIa亚型及GIb亚型PEDV的最早分歧时间约为1995年、2009年、2010年和2011年。上述结果表明福建地区PEDV流行率较高,田间流行株基因型具有多样性,且存在重组现象,临床上应予以高度重视。本研究为福建地区PED的流行病学调查及免疫防控提供了参考。
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关键词
猪流行性腹泻病毒
S基因
遗传变异
基因重组
分歧时间
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职称材料
题名
2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析
被引量：
26
1
作者
李雨琪
许静茹
郑欣
黄林洁
周娴静
朱智豪
陈芳婷
邓莹滋
蔡思思
靳雨欣
刘璐
董波
戴爱玲
李晓冰
范克伟
机构
龙岩学院生命科学学院福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室动物源性人兽共患病防控福建省高校工程研究中心
福建
农林大学
动物
科学
学院
出处
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期84-91,共8页
基金
福建省农业科技重大专项项目(2019NZ09005)
福建省高校产学合作项目(2020N5012)
+3 种基金
福建省高校新世纪优秀人才支持计划项目(闽教科[2018]47号)
中央引导地方科技发展专项项目(2021L3028)
国家级大学生创新创业训练计划项目(202011312012、202111312006、202311312009)
新罗区产学研科技联合创新项目(2022XLXYZ009)。
文摘
为了解2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行现状及遗传变异情况,本研究对从福建地区采集的231份疑似猪流行性腹泻(PED)发病仔猪病料样品经RT-PCR进行PEDV的检测,选取不同地区22份PEDV阳性样品经PCR扩增S基因并测序,采用MegAlign分析PEDV S基因及其编码氨基酸序列的相似性,采用MEGA7.0软件构建其系统发育树,采用MegAlign分析S基因编码氨基酸序列的分子特征,分别利用RDP4、SimPlot、MEGA7.0软件进行S基因的重组分析,并利用BEAST软件进行该基因分歧时间估算。结果显示,福建地区PEDV总阳性率为51.51%(119/231),福建5个不同地区PEDV阳性率为40.00%~63.16%。从22份PEDV阳性样品中获得19条PEDV S基因序列,全长4149 bp~4161 bp,共编码1382 aa~1386 aa,19株PEDV S基因序列及其编码氨基酸序列之间相似性分别为94.4%~100%和93.8%~100%。19株PEDV S基因系统发育分析结果显示,其中18株PEDV属于GIIb亚型,1株属于GIb亚型。S蛋白氨基酸序列分析结果显示,与经典疫苗株CV777相比,18株GIIb亚型PEDV S蛋白的氨基酸序列在aa55~aa56、aa135~aa136和aa155~aa156处存在插入与缺失,具有典型的PEDV变异株的分子特征;其中14株还出现了独特的aa1193缺失。与GII型疫苗株AJ1102相比,19株PEDV S1区氨基酸突变率为60.00%~83.82%,其中18株GIIb亚型PEDV S1区氨基酸突变位点中有10个位于S蛋白重要结构域;基因重组分析结果显示,有3株PEDV S基因存在重组事件,其中FJLY01-2018株由GD-B株和CH-S株重组而来,FJLY02-2018株由CH/HNPJ/2017株和PEDV4-S-3株重组而来,FJLY03-2022株由PEDV-1931-1-Valladolid-Molpeceres株和HUA-M17株重组而来;S基因分歧时间估算结果显示,福建地区GIIa亚型、GIIb亚型、GIa亚型及GIb亚型PEDV的最早分歧时间约为1995年、2009年、2010年和2011年。上述结果表明福建地区PEDV流行率较高,田间流行株基因型具有多样性,且存在重组现象,临床上应予以高度重视。本研究为福建地区PED的流行病学调查及免疫防控提供了参考。
关键词
猪流行性腹泻病毒
S基因
遗传变异
基因重组
分歧时间
Keywords
porcine epidemic diarrhea virus
S gene
genetic variation
gene recombination
divergence times
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
2016年~2022年福建地区猪流行性腹泻病毒S基因的遗传变异分析
李雨琪
许静茹
郑欣
黄林洁
周娴静
朱智豪
陈芳婷
邓莹滋
蔡思思
靳雨欣
刘璐
董波
戴爱玲
李晓冰
范克伟
《中国预防兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
26
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