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金定鸭(Anas platyrhynchos domesticus)ACSL4基因克隆、组织表达及生物信息学分析研究
1
作者 权金强 张越 +5 位作者 高彩霞 袁浩楠 夏长友 赵生国 李昌文 于海波 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第5期1315-1323,共9页
【目的】为揭示ACSL4基因在脂肪酸合成代谢中的作用机制。【方法】以金定鸭为研究对象,克隆金定鸭ACSL4基因cDNA全长,并通过生物信息学方法分析基因序列结构特征;同时,qRT-PCR检测该基因在金定鸭不同组织中的表达情况。【结果】金定鸭AC... 【目的】为揭示ACSL4基因在脂肪酸合成代谢中的作用机制。【方法】以金定鸭为研究对象,克隆金定鸭ACSL4基因cDNA全长,并通过生物信息学方法分析基因序列结构特征;同时,qRT-PCR检测该基因在金定鸭不同组织中的表达情况。【结果】金定鸭ACSL4基因CDS序列全长2136 bp,编码711个氨基酸,存在多个开放阅读框(ORF)。ACSL4蛋白分子量为79178.18 kD,分子式为C3539H5666N932O1031S44;丙氨酸(Ala)含量最高,占比为6.2%,其亲水性为-0.197,脂肪系数为89.97。通过预测发现ACSL4蛋白在205氨基酸序列处存在5个糖基化位点,并且该蛋白包含4种二级结构,在整个蛋白质中占比分别为α螺旋(39.38%)、延伸链(17.30%)和无规卷曲(43.32%)。基于ACSL4序列的系统进化分析,金定鸭与原鸡、鹅等禽类动物的遗传距离近,与大鼠和小鼠的遗传距离最远。qRT-PCR结果显示,ACSL4基因在脑组织中的表达量高于肝脏、心脏、脾脏、肾脏、胸肌、腹脂、腹肌和卵巢,在肝脏中的表达量最低。【结论】通过解析ACSL4基因的功能,为金定鸭的遗传育种及肉品质改良提供了关键基础数据。 展开更多
关键词 金定鸭 脂肪酸代谢 ACSL4基因 克隆 表达分析
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鹅源星状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用 被引量：8
2
作者 苏世博 蒲路莎 +2 位作者 陈肖韩 赵丽丽 陈洪岩 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2021年第3期43-48,共6页
目的建立一种可快速诊断鹅源星状病毒的荧光定量PCR方法。方法分析比对NCBI下载的鹅源星状病毒全基因组序列,在其ORF1a保守区设计一对特异性引物及Taq Man探针,优化反应条件,建立标准曲线,并验证其特异性,敏感性和稳定性。结果该方法最... 目的建立一种可快速诊断鹅源星状病毒的荧光定量PCR方法。方法分析比对NCBI下载的鹅源星状病毒全基因组序列,在其ORF1a保守区设计一对特异性引物及Taq Man探针,优化反应条件,建立标准曲线,并验证其特异性,敏感性和稳定性。结果该方法最低检测线限为1.50×10^(2)copies/μL,批内和批间检测变异系数分别小于0.5%和4%,且对其他常见水禽病毒无特异性扩增。临床应用结果显示检出率明显高于常规RT-PCR方法。结论建立了一种鹅源星状病毒的Taq Man荧光定量PCR方法,该方法特异性强,灵敏度高且重复性良好,适用于鹅源星状病毒的早期检测和定量分析。 展开更多
关键词 鹅源星状病毒 荧光定量PCR 雏鹅痛风 检测方法
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猪内源性逆转录病毒在3种不同品系猪中的分布及序列特征研究 被引量：1
3
作者 冯天悦 Kamal Shah +4 位作者 张文立 付利芝 李昌文 王玉娥 陈洪岩 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1141-1148,1168,共9页
为研究猪内源性逆转录病毒(PERV)在不同猪种中的分布情况、序列结构、遗传变异、表达特性等特征,本研究选取大白猪、荣昌猪、五指山小型猪3种常见猪种为研究对象,分别设计特异性引物,检测各猪种肺组织中PERV 3种亚型(PERV-A、PERV-B、PE... 为研究猪内源性逆转录病毒(PERV)在不同猪种中的分布情况、序列结构、遗传变异、表达特性等特征,本研究选取大白猪、荣昌猪、五指山小型猪3种常见猪种为研究对象,分别设计特异性引物,检测各猪种肺组织中PERV 3种亚型(PERV-A、PERV-B、PERV-C)的分布情况。结果显示,PERV在3种猪种中均有分布,其中PERV-A分布最广泛。进一步分段扩增3种猪的PERV-A全基因组序列并测序分析。全基因组序列进化树与囊膜(env)基因进化树分析均显示,东北地区的大白猪与荣昌猪PERV-A归为同一分支,亲缘关系较近;对测序结果进行生物信息学分析和蛋白二级结构预测,结果显示,PERV-A Gag蛋白和Pol蛋白的变异程度较大,有多种结构,但Env蛋白保守性较高,结构较为单一。采用荧光定量PCR法检测SPF大白猪不同组织中的PERV-A,结果显示从SPF大白猪心、肝、脾、肺、肾、扁桃体、淋巴结等7种组织中均检测出PERV-A,且在扁桃体等免疫器官组织中的转录水平最高。本研究共获得了5条不同猪种的PERV-A全基因组序列,首次鉴定了荣昌猪PERV全基因组序列,提示东北地区大白猪的引种来源可能与韩国猪种存在一定同源性,且五指山小型猪与荣昌猪、大白猪亲缘关系较远,有助于PERV分子特性的研究,并为评估不同猪种PERV在异种移植中的安全性并筛选合适猪种提供参考。 展开更多
关键词 猪内源性逆转录病毒 序列分析 囊膜基因 遗传进化分析
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