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基于高密度遗传图谱的粳稻苗期耐冷QTL分析 被引量：1
1
作者 杨传铭 王立志 +11 位作者 张喜娟 杨贤莉 王洋洋 侯本福 崔士泽 李青超 刘凯 马瑞 冯延江 来永才 李红宇 姜树坤 《中国水稻科学》 北大核心 2025年第1期82-91,共10页
【目的】低温冷害是影响水稻生长发育,进而造成不同程度减产的主要气象灾害之一。挖掘鉴定耐冷基因,选育耐冷品种,是解决水稻低温冷害最简单、直接和有效的手段之一。【方法】利用丽江新团黑谷/沈农265衍生的包含144个株系的重组自交系... 【目的】低温冷害是影响水稻生长发育,进而造成不同程度减产的主要气象灾害之一。挖掘鉴定耐冷基因,选育耐冷品种,是解决水稻低温冷害最简单、直接和有效的手段之一。【方法】利用丽江新团黑谷/沈农265衍生的包含144个株系的重组自交系群体,通过人工气候室进行苗期耐冷性鉴定。结合全基因组重测序构建的包含2828个bin标记的高密度遗传图谱,进行苗期耐冷性QTL定位和互作分析。【结果】利用完备区间作图法共检测到4个苗期耐冷QTL,分别定位于水稻的1、8、10和12号染色体上,单个QTL的表型贡献率为5.33%~19.86%。其中,qCTS1、qCTS10和qCTS12的增效等位基因来源于强耐冷亲本丽江新团黑谷,qCTS8的增效等位基因来源于沈农265。主效QTL qCTS12定位在12号染色体的15.98 Mb-16.37 Mb之间,物理图谱区间为396.67 Kb。qCTS1定位在1号染色体的9.20 Mb-9.50 Mb间,物理图谱区间为299.85 kb。qCTS8定位在8号染色体的26.09 Mb-26.15 Mb之间,物理图谱区间为55.05 Kb。qCTS10定位在10号染色体的11.13 Mb-11.21 Mb间,物理图谱区间为85.82 kb。进一步分析发现,除qCTS1-qCTS8之间存在负向互作外,其余QTL间的互作表现为加性效应。【结论】利用丽江新团黑谷和沈农265的重组自交系群体,结合包含2818个bin标记的遗传图谱,共检测到4个苗期耐冷QTL,其中3个QTL的增效等位基因来自强耐冷地方品种丽江新团黑谷。可为耐冷分子设计育种提供有用的基因资源,同时为阐明水稻苗期耐冷的遗传和分子机制提供参考。 展开更多
关键词 粳稻 高密度连锁图谱 苗期 耐冷 数量性状位点
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基于高密度SNP遗传图谱的粳稻芽期耐低温QTL鉴定 被引量：12
2
作者 姜树坤 王立志 +12 位作者 杨贤莉 李波 母伟杰 董世晨 车韦才 李忠杰 迟力勇 李明贤 张喜娟 姜辉 李锐 赵茜 李文华 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1174-1184,共11页
水稻直播由于省时、省工和节约成本而备受农户关注。然而,芽期耐冷性不强致使现行推广的许多优良水稻品种不适于直播生产。因此,挖掘鉴定芽期耐冷位点,为后续的辅助育种提供基因资源就日益受到重视。本研究利用丽江新团黑谷和沈农265构... 水稻直播由于省时、省工和节约成本而备受农户关注。然而,芽期耐冷性不强致使现行推广的许多优良水稻品种不适于直播生产。因此,挖掘鉴定芽期耐冷位点,为后续的辅助育种提供基因资源就日益受到重视。本研究利用丽江新团黑谷和沈农265构建的重组自交系群体及其重测序构建的包含2818个bin标记的遗传图谱对水稻芽期的耐冷性进行QTL定位分析。共检测到5个芽期耐冷QTL,分布在水稻的1号、3号、9号和11号染色体上,增效等位基因均来自耐冷亲本丽江新团黑谷。这些QTL的LOD值的范围从3.05到24.01,表型贡献率为8.0%~53.5%。其中,表型贡献率最大的主效QTL是qCTB11b,位于11号染色体长臂端的21.24 Mb^22.03 Mb之间,物理图谱区间为790 kb。随后利用"选择作图"的策略进行了QTL验证和累加效应分析,明确了可以通过QTL的累加聚合实现芽期耐冷能力的遗传改良,聚合的增效QTL越多,耐冷能力提升越明显。上述研究结果不仅可以增强人们对芽期水稻耐冷能力遗传基础的认识和理解,也可以为后续直播品种的遗传改良提供理论依据和技术指导。 展开更多
关键词 粳稻 芽期耐冷性 重测序 遗传图谱 数量性状基因座
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利用龙稻5号/中优早8号RIL群体定位粒形QTL
3
作者 侯本福 杨传铭 +5 位作者 张喜娟 杨贤莉 王立志 王嘉宇 李红宇 姜树坤 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期13-24,共12页
【目的】粒形是决定稻米产量、品质和商品价值的重要数量性状之一。本研究旨在利用水稻重组自交系群体鉴定控制粒形的QTL,为水稻粒形基因的挖掘和长粒形粳稻育种应用奠定基础。【方法】以短圆粒形的粳型超级稻品种龙稻5号(LD5)为母本和... 【目的】粒形是决定稻米产量、品质和商品价值的重要数量性状之一。本研究旨在利用水稻重组自交系群体鉴定控制粒形的QTL,为水稻粒形基因的挖掘和长粒形粳稻育种应用奠定基础。【方法】以短圆粒形的粳型超级稻品种龙稻5号(LD5)为母本和细长粒形的早熟籼稻品种中优早8号(ZYZ8)为父本构建包含176个家系的重组自交系群体测定粒长、粒宽、长宽比和粒厚等粒形性状,分析粒形性状间的关系并进行QTL定位和比较分析。【结果】利用区间作图法共检测到8个粒形QTL,分布在3、5、6、7和11号染色体上,表型贡献率范围为4.69%~18.89%,LOD值范围为2.52~8.74。这8个QTL包括3个粒长QTL qGL3、qGL7和qGL11,2个粒宽QTL qGW3和qGW5,2个粒厚QTL qGT3和qGT6,1个长宽比QTL qLWR3。其中,qGL3、qGL7、qGW3、qGW5和qLWR3可以在3个年份稳定检测到。利用多环境联合分析共检测到14个粒形QTL,包括qGL2、qGL3、qGL7和qGL11共4个粒长QTL;qGW3和qGW5共2个粒宽QTL;qGT3、qGT5和qGT6共3个粒厚QTL;qLWR3a、qLWR3b、qLWR5、qLWR7和qLWR11共5个长宽比QTL,分布在2、3、5、6、7和11号染色体上,表型贡献率范围为2.28%~15.78%,LOD值范围为4.20~20.90。与已克隆的粒形基因进行染色体位置比较发现,qGL3/qLWR3区间包含已克隆的GL3.1;qGW5区间包含已克隆的GW5;qLWR3b/qGT3区间包含已克隆的TGW3。【结论】利用区间作图法和多环境联合分析的方法从龙稻5号和中优早8号的重组自交系群体中共鉴定了14个粒形QTL,其中8个QTL是两种方法重复检测到的。这些QTL定位区间内包含已克隆的GL3.1、TGW3和GW5等粒形基因。 展开更多
关键词 水稻 粒形 QTL定位 分子辅助育种
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