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鲤鱼体长性状的QTL定位及其遗传效应分析 被引量:63
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作者 张研 梁利群 +3 位作者 常玉梅 侯宁 鲁翠云 孙效文 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1243-1248,共6页
以大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的重组自交系群体及其遗传连锁图谱,利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法进行QTL单标记定位分析和复合区间作图法进行QTL区间检测,通过置换实验(1 000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在体长性状的标... 以大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的重组自交系群体及其遗传连锁图谱,利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法进行QTL单标记定位分析和复合区间作图法进行QTL区间检测,通过置换实验(1 000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。在体长性状的标记回归研究中,共7个标记达到显著水平(P<0.01),对性状的贡献率为14.00%~27.00%,其中3个标记达到极显著水平(P<0.001)。HLJ534,HLJ319,HLJ370座位可能与影响鲤鱼体长性状的主效基因连锁。在体长性状的QTL区间定位研究中,共6个QTL达到连锁群显著水平(P=0.05),对性状的贡献率为11.33.%~23.12%,其中2个达到连锁群极显著性水平(P=0.01),它们的加性效应方向并不一致。HLJ190-HLJ497区间和HLJ479-HLJ483区间是影响鲤鱼体长性状的主效QTL区间。 展开更多
关键词 鲤鱼 微卫星 体长 数量性状定位(QTL)
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鲤鱼(Cyprinus carpioL.)头长、眼径、眼间距QTL的定位 被引量:20
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作者 刘继红 张研 +5 位作者 常玉梅 梁利群 鲁翠云 张晓峰 徐美佳 孙效文 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期508-514,共7页
用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼遗传连锁图谱。利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对头长、眼径、眼间距3个... 用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼遗传连锁图谱。利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对头长、眼径、眼间距3个性状进行了QTL分析。结果显示,共检测到5个与头长性状相关的QTL,分别定位于鲤鱼连锁图谱的LG2(qHS-2-1)、LG3(qHS-3-1)、LG40(qHS-40-1)和LG4(qHS-4-2和qHS-4-3)上。其中qHS-40-1拥有最大的LOD值,为7.94,可解释的表型变异为34.29%。qHS-4-2的LOD值最小,为5.03,可解释的表型变异为11.52%。5个与头长性状相关的QTL加性效应值均为负值。检测到两个与眼径性状相关的QTL,分别定位于鲤鱼连锁图谱的LG39连锁群(qED-39-1)和LG40连锁群(qED-40-1)上,其中qED-40-1的LOD值比较大,为2.76,其加性效应值为负值,可以解释5.62%的表型变异;qED-39-1的LOD值为2.72,加性效应值为正值,可以解释9.77%的表型变异。检测到两个与眼间距性状相关的QTL,分别定位到鲤鱼连锁图谱的LG20连锁群(qEC-20-1)和LG28连锁群(qEC-28-1)上。其中qEC-20-1的LOD值比较大,为3.77,加性效应值为正值,可以解释8.29%的表型变异;qEC-28-1的LOD值为2.79,对应的加性效应值为负值,可以解释8.88%的表型变异。 展开更多
关键词 鲤鱼 头长 眼径 眼间距 QTL
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微卫星DNA标记探讨镜鲤的种群结构与遗传变异 被引量:35
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作者 全迎春 李大宇 +2 位作者 曹鼎辰 孙效文 梁利群 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1541-1548,共8页
采用30个微卫星分子标记,对5个镜鲤群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,以X^2检验估计Hardy—Weinberg平衡... 采用30个微卫星分子标记,对5个镜鲤群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和有效等位基因数(Ae)等进行了遗传检测,根据基因频率计算遗传相似系数和Nei氏标准遗传距离,以X^2检验估计Hardy—Weinberg平衡,以近交系数(FST)和基因流(Nm)分析群体的遗传分化。同时,使用PHYLIP3.63软件绘制基于Nei氏标准遗传距离的UPGMA聚类图,并进行bootstrap自举检验验证进化树的可靠性。在德国镜鲤选育系(Scattered Cyprinus carpio L.)和来自4个不同养殖场(松浦、东岗、奉城和辽中)的德国镜鲤群体中共检测到7083个扩增片段,长度在102~446bp之间,在群体内扩增出等位基因1~16个不等,共计356个等位基因。结果表明:(1)5个群体检测的有效等位基因数在1.07~12.30个不等,平均多态信息含量为0.74、0.74、0.69、0.75和0.75,无偏期望杂合度的平均值为0.74、0.78、0.70、0.76和0.78,说明这几个群体属于高度多态,遗传多样性水平较高。(2)群体间相似系数在0.52以上,相似性较高。聚类分析显示,东岗、奉城和辽中3个养殖场的德国镜鲤群体聚类成一个分支,而德国镜鲤选育系与松浦群体聚类成另一分支。聚类的先后与它们在地理分布上距离远近有一定的相关性。(3)在与功能基因相关的多个微卫星基因座位上,扩增产物呈现不同程度的缺失现象,这些无效等位基因的产生可能与结构基因在育种中受到人工选择的影响较大有关。 展开更多
关键词 微卫星 群体多样性 镜鲤 分子标记
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鲤鱼(Cyprinus carpio L.)体重和体长QTL的定位 被引量:9
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作者 刘继红 张研 +5 位作者 常玉梅 梁利群 张晓峰 鲁翠云 徐美佳 孙效文 《广东海洋大学学报》 CAS 2009年第4期19-25,共7页
利用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记(共445个标记)对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2代雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱;利用软件WinQTLCart2.5采用复... 利用265个AFLP标记、127个微卫星分子标记、37个EST-SSR标记和16个RAPD标记(共445个标记)对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的F2代雌核发育群体44个个体进行基因型检测,构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱;利用软件WinQTLCart2.5采用复合区间作图法对体重和体长两个性状进行了QTL定位分析。结果共检测到与两个与体重性状相关的QTL,分别定位到LG24连锁群(qBWh-24-1)和LG20连锁群(qBWh-20-1)上,可解释的表型变异分别为7.98%和20.05%;检测到两个与体长性状相关的QTL,分别位于LG2连锁群(qFS-2-1)和LG20连锁群(qFS-20-1),可解释的表型变异分别为5.69%和12.69%,4个QTL的加性效应均为负值。 展开更多
关键词 鲤鱼 体长 体重 QTL
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虾夷扇贝遗传结构及微卫星标记与经济性状相关分析 被引量:6
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作者 张立冬 王蕾 高悦勉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期115-122,共8页
选用30个多态性微卫星分子标记对大连大长山(96个)、大连獐子岛(96个)及日本青森县陆奥湾(96个)3个地区虾夷扇贝养殖群体(Patinopecten yessoensis)进行遗传多样性分析。结果显示,30个基因座共检测到198个等位基因(Na),平均等位基因数为... 选用30个多态性微卫星分子标记对大连大长山(96个)、大连獐子岛(96个)及日本青森县陆奥湾(96个)3个地区虾夷扇贝养殖群体(Patinopecten yessoensis)进行遗传多样性分析。结果显示,30个基因座共检测到198个等位基因(Na),平均等位基因数为6.63个,每个座位检测到的等位基因数为3-12,有效等位基因数(Ne)每个位点平均为4.70个,观测杂合度(Ho)平均值0.58,期望杂合度(He)的平均值为0.75,30个位点的平均多态信息含量为0.703,说明3个地区虾夷扇贝群体遗传多样性水平较高。运用统计软件SPSS11.5对30个微卫星标记与大长山群体生长性状相关性进行了分析。结果表明,位点DQ221714和FJ262378与壳长、壳高、壳宽和鲜重显著相关(P<0.05)位点;位点FJ262372与壳宽、软体部重和闭壳肌重显著相关;位点FJ262369与软体部重及闭壳肌重显著相关。对差异显著的位点进行不同基因型间的多重比较,找到了与虾夷扇贝生长性状相关的基因型,进一步将所得显著性标记对大长山虾夷扇贝个体最大的17个和个体最小的13个基因组DNA进行检测,验证其准确性。结果表明,位点DQ221714在两组虾夷扇贝中存在特异性条带,可作为QTL定位候选标记。 展开更多
关键词 虾夷扇贝 微卫星 分子标记 遗传多样性 相关分析
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雌核发育银鲫微卫星突变速率和突变模式 被引量:3
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作者 刘晓锋 鲁翠云 +2 位作者 曹顶臣 孙效文 梁利群 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期483-490,共8页
银鲫是天然雌核发育的三倍体两性型种群,因其遗传背景和生殖方式的特殊性,已经成为研究单性和多倍体脊椎动物进化遗传学的理想模式鱼类。利用33个微卫星序列对雌核发育银鲫的突变速率和突变模式进行研究,结果表明:(1)22个子代个体中,检... 银鲫是天然雌核发育的三倍体两性型种群,因其遗传背景和生殖方式的特殊性,已经成为研究单性和多倍体脊椎动物进化遗传学的理想模式鱼类。利用33个微卫星序列对雌核发育银鲫的突变速率和突变模式进行研究,结果表明:(1)22个子代个体中,检测到1尾个体在15个微卫星位点具有18个突变等位基因;(2)每个微卫星位点每代总体平均突变率是1.16×10-2,95%置信区间是6.87×10-3~1.83×10-2,与其他鱼类相比,雌核发育银鲫的突变率明显偏高,这与天然雌核发育鱼类处在单性生殖和两性生殖的过度阶段有密切关系;(3)具有突变等位基因的13个位点的重复单元数目都在10次以上,11个复合型微卫星位点的突变率(1.31×10-2)与21个完美型位点(1.00×10-2)的突变率没有明显差异(P=0.67),微卫星突变率受到重复单元数目的影响,然而与重复结构类型和侧翼序列GC碱基含量无相关性;(4)序列分析表明,雌核发育银鲫的微卫星突变模式并不严格遵守逐步突变模型。 展开更多
关键词 银鲫 微卫星 突变
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