基因芯片表达数据的标准化策略研究 被引量：17

1

作者 伍亚舟 张彦琦 +3 位作者 黄明辉 杨梦苏 曾志雄 易东 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第7期594-597,共4页

目的　从统计学、数学和生物信息学相结合的角度 ,探讨针对不同密度基因芯片 (microarray ,genechip)如何进行数据标准化处理与分析 ,寻找表达上有显著性差别的基因。方法　在Excel和Spss软件中 ,采用总强度标准化法 (totalintensitynor... 目的　从统计学、数学和生物信息学相结合的角度 ,探讨针对不同密度基因芯片 (microarray ,genechip)如何进行数据标准化处理与分析 ,寻找表达上有显著性差别的基因。方法　在Excel和Spss软件中 ,采用总强度标准化法 (totalintensitynormalization ,TIN )和局部加权线性回归标准化法 (locallyweightedlinearregressionnormalization ,LWLRN)对高低密度芯片数据进行分析处理。结果　这些方法能有效地减少系统误差产生的影响 ,使处理后的数据更加具有可比性和可靠性。结论　本研究提供的分析方法在减少系统误差基础上能较好地找出芯片上有显著性差异表达的基因 ,不过标准化方法还处于起步和发展的阶段 ,需进一步完善 ;但随着非线性技术的不断完善 ,计算机软硬件的快速发展 。 展开更多

关键词 基因芯片(微阵列) 标准化因子 表达比 显著性差异

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四环素致BALB/c小鼠肝脏毒性的基因表达谱研究 被引量：5

2

作者 高利宏 敖林 +4 位作者 胡冉 刘晋祎 黄明辉 杨梦苏 曹佳 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期494-498,共5页

目的利用毒理基因芯片技术研究四环素肝脏毒性效应的分子机制。方法利用本室构建的小鼠毒理基因芯片和四环素致BALB/c小鼠肝毒性动物模型,观察不同剂量和时相点小鼠肝脏基因表达谱变化,利用Gene OntologyConsortium分析系统并结合层次... 目的利用毒理基因芯片技术研究四环素肝脏毒性效应的分子机制。方法利用本室构建的小鼠毒理基因芯片和四环素致BALB/c小鼠肝毒性动物模型,观察不同剂量和时相点小鼠肝脏基因表达谱变化,利用Gene OntologyConsortium分析系统并结合层次聚类对差异表达基因进行初步功能分析。结果四环素作用后引发肝脏多种基因表达改变,聚类分析发现高、低剂量四环素作用的表达谱明显差异,高剂量各时相点差异基因聚类分为4类,涉及的分子机制包括能量代谢抑制,蛋白质合成和降解增加,抗氧化体系受损,信号转导基因表达改变促进凋亡发生,以及药物代谢相关酶系基因抑制等。结论毒理基因芯片技术能够为我们在分子水平上提供四环素对小鼠肝脏毒性损伤机制的众多线索,为进一步生物学效应研究奠定基础。 展开更多

关键词 四环素 基因表达谱 肝脏 小鼠 基因芯片

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相关分析在建立基因调控网络中的应用 被引量：8

3

作者 易东 杨梦苏 +2 位作者 李辉智 黄明辉 王文昌 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2003年第3期144-146,共3页

目的　讨论利用模糊相关系数建立基因调控网络。并从理论和实际应用的角度和其他相关系数方法进行相互比较。方法　以基因表达数据矩阵为出发点 ,用相关系数描述基因之间的相互关系 ,并在某一阈值下 ,建立起基因调控网络图。结果　用模... 目的　讨论利用模糊相关系数建立基因调控网络。并从理论和实际应用的角度和其他相关系数方法进行相互比较。方法　以基因表达数据矩阵为出发点 ,用相关系数描述基因之间的相互关系 ,并在某一阈值下 ,建立起基因调控网络图。结果　用模糊相关系数对RatCNS数据集建立起调控网络图。结论　通过分析发现相关系数是构建基因调控网络的一个有效的工具。但不同的方法有其各自的特点 ,应根据不同情况采用不同的方法。 展开更多

关键词 基因调控网络 相关分析 RatCNS数据集 基因表达

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基于伪F统计量的模糊聚类方法在基因表达数据分析中的应用 被引量：7

4

作者 易东 张彦琦 +4 位作者 王文昌 张蔚 杨梦苏 黄明辉 方志俊 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2002年第3期146-150,共5页

目的　通过对基因芯片数据的分析 ,提出一种基因表达的分类方法。方法　首先 ,应用FCM模糊聚类法(FuzzyClusteringMethod)进行聚类 ,然后我们应用PFS(PseudoF statistics)统计量作为一个判别函数来确定最佳类数目。结果　将本方法应用... 目的　通过对基因芯片数据的分析 ,提出一种基因表达的分类方法。方法　首先 ,应用FCM模糊聚类法(FuzzyClusteringMethod)进行聚类 ,然后我们应用PFS(PseudoF statistics)统计量作为一个判别函数来确定最佳类数目。结果　将本方法应用于模拟数据、人类纤维原细胞血清基因表达数据上 ,其结果明显好于K 均值法。结论　本方法基于没有聚类数据的任何先验知识和组成成分信息的前提下 ,考虑如何确定数据的分类结构。根据实际结果发现 。 展开更多

关键词 基因 模糊聚类法 伪F-统计 数据分析

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基因表达数据聚类分析结果的评价方法研究 被引量：7

5

作者 易东 杨梦苏 +2 位作者 李辉智 黄明辉 王文昌 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2002年第6期332-335,共4页

目的　本文探讨基因表达数据聚类分析结果的评价方法 ,提供一种最佳聚类结果的判别准则。方法　从数据结构 (内部信息 )和功能分类 (外部信息 )两个方面对聚类结果进行评判。即一方面 ,采用Entropy(信息熵 )评判法 ,考察聚类结果与部分... 目的　本文探讨基因表达数据聚类分析结果的评价方法 ,提供一种最佳聚类结果的判别准则。方法　从数据结构 (内部信息 )和功能分类 (外部信息 )两个方面对聚类结果进行评判。即一方面 ,采用Entropy(信息熵 )评判法 ,考察聚类结果与部分已知功能基因分类的符合程度 ;另一方面 ,采用adjust- FOM评价法 ,从数据结构的本身进行评价。我们综合两种方法得到一种新的评价方法 ,并称此方法为Entropy- FOM评价方法。结果　将该方法应用于Lyer的血清数据集和Ferea的酵母数据集对聚类分析结果进行了评价 ,给出了六种聚类方法的adjust- FOM图和Entropy- FOM图。结论　通过大量计算结果提示 。 展开更多

关键词 基因表达 聚类分析 Entropy-FOM评价 Entropy评价

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基因表达聚类结果的信息熵评价方法 被引量：4

6

作者 易东 杨梦苏 +2 位作者 李辉智 黄明辉 王文昌 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期317-319,共3页

目的　探讨基因表达数据聚类结果信息熵评价方法 ,为合理地选择聚类方法提供一种定量评价依据。方法　采用entropy信息熵方法 ,考察常用的六种聚类方法所得到的分类结果与部分已知功能基因分类之间的符合程度 ,并将该指标作为一种评价... 目的　探讨基因表达数据聚类结果信息熵评价方法 ,为合理地选择聚类方法提供一种定量评价依据。方法　采用entropy信息熵方法 ,考察常用的六种聚类方法所得到的分类结果与部分已知功能基因分类之间的符合程度 ,并将该指标作为一种评价依据。结果　将该方法应用于Lyer的血清刺激表达数据集聚类结果的评价 ,给出了六种聚类方法的entropy图。结论　本研究首次提出用熵理论评价聚类结果 ,并观察到同一数据集由于功能聚类信息的不同而引起的评价结果的差异。 展开更多

关键词 基因表达 聚类分析 评价 entropy信息熵

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环磷酰胺和异环磷酰胺Balb/c小鼠肝脏毒性的基因表达谱 被引量：3

7

作者 高利宏 敖林 +4 位作者 胡冉 刘晋祎 黄明辉 杨梦苏 曹佳 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期138-143,共6页

目的利用毒理基因芯片技术研究环磷酰胺和异环磷酰胺肝脏毒性效应的分子机制。方法利用构建的小鼠毒理基因芯片和环磷酰胺及异环磷酰胺致Balb/c小鼠肝毒性动物模型,观察不同时相点小鼠肝脏基因表达谱变化,结合层次聚类和生物信息数据库... 目的利用毒理基因芯片技术研究环磷酰胺和异环磷酰胺肝脏毒性效应的分子机制。方法利用构建的小鼠毒理基因芯片和环磷酰胺及异环磷酰胺致Balb/c小鼠肝毒性动物模型,观察不同时相点小鼠肝脏基因表达谱变化,结合层次聚类和生物信息数据库检索对差异表达基因进行初步功能分析。结果两种药物作用后引发小鼠肝脏多种基因表达改变,分析发现类似的表达谱变化趋势如蛋白质生物合成相关基因上调,抗氧化相关基因失衡,免疫调节、细胞增殖及凋亡相关基因异常改变等均存在于两种药物组,提示两种药物存在多种共同的肝毒性效应机制。结论环磷酰胺和异环磷酰胺有共同的肝脏毒性分子机制。 展开更多

关键词 环磷酰胺 异环磷酰胺 基因表达谱 肝脏

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一种基因芯片数据的标准化处理策略及软件实现 被引量：2

8

作者 易东 杨梦苏 +2 位作者 李辉智 黄明辉 王文昌 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期224-226,共3页

目的　建立基因芯片数据处理的标准化方法 ,研制一套实用、可操作性强的软件Gene_Norm。方法　采用cri teria将杂交点分为good和bad两类。同时 ,在bad杂交点中寻找turn on off点。最后 ,用平均ratio进行标准化处理。结果　将软件Gene_N... 目的　建立基因芯片数据处理的标准化方法 ,研制一套实用、可操作性强的软件Gene_Norm。方法　采用cri teria将杂交点分为good和bad两类。同时 ,在bad杂交点中寻找turn on off点。最后 ,用平均ratio进行标准化处理。结果　将软件Gene_Norm应用于高密度芯片数据的处理 ,该芯片有 10 0 80个杂交点 ,每个杂交点有 42个记录进行处理 ,得到了较好的处理结果。讨论　本软件适用于大型数据文件的处理 ,且提供了许多参数以供选择 。 展开更多

关键词 芯片 标准化 软件

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佛波酯等3种促癌物诱导BALB/c3T3细胞骨桥素基因表达升高

9

作者 敖琳 刘晋祎 +5 位作者 高利宏 刘胜学 杨梦苏 曾志雄 方志俊 曹佳 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第9期876-879,共4页

目的探讨促癌物佛波酯(12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetate,TPA),岗田酸(okadaic ac id,OA)和氯化镉(cadm ium chloride,CdC l2)在促进BALB/c 3T3细胞转化过程中对骨桥素基因(OPN)转录表达的影响。方法以N-甲基-N′-硝基-N-亚硝基胍(... 目的探讨促癌物佛波酯(12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetate,TPA),岗田酸(okadaic ac id,OA)和氯化镉(cadm ium chloride,CdC l2)在促进BALB/c 3T3细胞转化过程中对骨桥素基因(OPN)转录表达的影响。方法以N-甲基-N′-硝基-N-亚硝基胍(MNNG)为启动剂,TPA,OA和CdC l2分别为促癌剂,建立BALB/c 3T3细胞转化模型。采用小鼠毒理基因芯片分别检测促癌物处理过程中和转化细胞集落中的基因表达变化,同时采用实时RT-PCR验证部分细胞样本的OPN基因表达。结果基因芯片检测结果显示,3种促癌物在作用过程中均能诱导OPN基因表达升高,其中TPA处理后4 h,7 d和17 d,OA处理后3,7 d和24 d,CdC l2处理后3 d和7 d,OPN基因的表达较对照组增强;同时在促癌物诱导形成的9个转化细胞集落中,有8个转化集落检测到OPN基因表达升高。此外,实时RT-PCR检测也验证了OPN基因的表达升高。结论OPN基因与TPA,OA和CdC l2的促癌作用存在密切联系。 展开更多

关键词 骨桥素基因 促癌物 佛波酯 岗田酸 氯化镉

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岗田酸促癌作用过程中对Balb/c 3T3细胞凋亡的影响 被引量：2

10

作者 敖琳 高利宏 +4 位作者 胡冉 杨梦苏 曾志雄 方志俊 曹佳 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期414-420,共7页

目的初步探讨促癌物岗田酸(OA)在促进Balb/c 3T3细胞转化过程中对细胞凋亡的影响及其分子机制。方法以N-甲基-N′-硝基-N-亚硝基胍(MNNG)为启动剂,OA为促癌剂,建立Balb/c 3T3细胞转化模型。台盼蓝染色法检测OA的细胞毒性,AnnexinⅤ-FITC... 目的初步探讨促癌物岗田酸(OA)在促进Balb/c 3T3细胞转化过程中对细胞凋亡的影响及其分子机制。方法以N-甲基-N′-硝基-N-亚硝基胍(MNNG)为启动剂,OA为促癌剂,建立Balb/c 3T3细胞转化模型。台盼蓝染色法检测OA的细胞毒性,AnnexinⅤ-FITC/PI双染色流式细胞术检测细胞凋亡率,小鼠毒理基因芯片分析OA促癌作用过程中的基因表达变化,同时采用荧光定量RT-PCR方法验证部分基因的表达情况。结果MNNG 1 mg.L-1启动后,7.8μg.L-1OA持续处理能促进Balb/c3T3细胞的转化。OA处理3,5和7 d后细胞存活率降低,同时细胞凋亡率显著升高;基因表达谱分析显示,Bnip3,Cycs和caspase3等细胞凋亡相关基因以及Gstp2,Txn1和Prdx1等抗氧化基因的表达发生明显改变。RT-PCR检测显示OA处理3,7 d时,SPP1和Txn1基因的表达变化与芯片检测结果相似。结论OA在促癌过程能诱导Balb/c 3T3细胞凋亡,影响线粒体凋亡通路相关基因和抗氧化基因的表达。 展开更多

关键词 细胞凋亡 促癌过程 岗田酸 基因芯片

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补充和替代医学的发展现状 被引量：10

11

作者 张雅鸥 杨梦 肖培根 《世界科学技术-中药现代化》 2002年第4期24-31,共8页

近年来由于人类疾病谱的变化和医学模式的转变,增经受到主流西医学长期排斥的补充和替代医学(CAM)受到西方国家民众的广泛欢迎,而且被主流医学界逐步接受。在美国NIH成立了国家替代医学中心(NCCAM),西方国家的许多医学院校纷纷开设补充... 近年来由于人类疾病谱的变化和医学模式的转变,增经受到主流西医学长期排斥的补充和替代医学(CAM)受到西方国家民众的广泛欢迎,而且被主流医学界逐步接受。在美国NIH成立了国家替代医学中心(NCCAM),西方国家的许多医学院校纷纷开设补充和替代医学课程,对补充和替代医学进行科学研究的报告开始出现在著名的主流医学杂志上,最新生物科技在CAM天然产品开发中得到广泛地应用。NCCAM顺应上述变化,发展了开发CAM天然产品的NCCAM模式。美国药品和食品管理委员会(FDA)根据这一模式对食物和药品管理法作出了一些修改,使得CAM的天然产品比合成产物或高纯度单体,更容易进入美国市场[3]。CAM在西方国家广泛的民众基础为补充和替代医学在西方国家的进一步发展营造了一个良好的环境,也为中医药学进一步走向世界尊定了良好的基础。 展开更多

关键词 补充医学 替代医学 美国国家替代医学中心 中医药学 蛋白组学 天然产品

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