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结核分枝杆菌潜伏感染者外周血单个核细胞转录组学研究
被引量：
1
1
作者
尚雪恬
董静
+10 位作者
黄麦玲
孙琦
贾红彦
张蓝月
刘秋月
姚明旭
王颖超
姬秀秀
杜博平
邢爱英
潘丽萍
《中国防痨杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期449-460,共12页
目的:通过对比分析结核分枝杆菌潜伏感染(latent tuberculosis infection,LTBI)者和健康人的外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMC)经结核特异性抗原刺激后的转录组,寻找LTBI人群中结核抗原特异的免疫应答重要基...
目的:通过对比分析结核分枝杆菌潜伏感染(latent tuberculosis infection,LTBI)者和健康人的外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMC)经结核特异性抗原刺激后的转录组,寻找LTBI人群中结核抗原特异的免疫应答重要基因及可能发挥功能的信号通路,绘制LTBI基因表达谱。方法:应用微阵列芯片检测2009年12月在首都医科大学附属北京胸科医院招募的4例LTBI者(LTBI组)和4名健康人(健康对照组)经结核抗原刺激后的PBMC转录组,并对部分差异基因进行qPCR检测以验证芯片数据。应用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选与LTBI最相关模块,并对模块中的基因分别进行基因本体论(geneontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encylopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)从全转录组水平筛选信号通路。通过免疫浸润分析寻找与LTBI相关的免疫细胞。通过STRING数据库蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析绘制两模块中差异基因相互作用网络图。结果:LTBI组与健康对照组间共发现393个差异表达基因(差异倍数>2或<0.5,P<0.05),LTBI中112个表达下调,281个表达上调。针对10个差异基因的实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测证实基因表达趋势与芯片数据一致,即CAMK1G、IL2、SPINK1、SUCNR1、HCAR3、IL18BP、CHI3L1、TNF均上调;RASGRP2、TPM2均下调。通过WGCNA分析确定与LTBI最相关的正相关蓝色模块(cor=0.88,P=0.004)和负相关蓝绿色模块(cor=―0.93,P=0.001)。对上述模块内基因进行KEGG富集分析,并行基于全转录组的GSEA分析,发现趋化因子信号通路(P<0.001)和凋亡信号通路(P=0.003)在两种分析中均明显富集。对两模块中的差异基因通过STRING数据库构建PPI网络图,通过内置插件计算得到每个模块中的前10个关键基因,即蓝色模块中的PTPRC、CD40、IL10、IRF8、CCR1、CD80、TLR8、CLEC7A、CD83和CD274;蓝绿色模块中的TNF、ICAM1、TNFRSF4、HAVCR2、CD276、CCL4、CD33、IL1RN、NCF1和FGR。免疫浸润分析发现,M1型巨噬细胞(P=0.029)和M2型巨噬细胞(P=0.001)等固有免疫细胞的比例在LTBI组和健康对照组间存在明显差异。结论:经结核特异性抗原刺激后的PBMC转录组在LTBI人群和健康人群间存在明显差异,这些差异基因主要聚集于凋亡信号通路和趋化因子信号通路,其中巨噬细胞介导的免疫应答在其中发挥了重要作用,揭示了固有免疫应答在LTBI中的重要作用。
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关键词
分枝杆菌
结核
分枝杆菌感染
转录因子
生物学标记
免疫
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职称材料
题名
结核分枝杆菌潜伏感染者外周血单个核细胞转录组学研究
被引量：
1
1
作者
尚雪恬
董静
黄麦玲
孙琦
贾红彦
张蓝月
刘秋月
姚明旭
王颖超
姬秀秀
杜博平
邢爱英
潘丽萍
机构
首都医科大学
附属
北京
胸科医院
耐药
结核病
研究
北京市
重点实验室
/北京市
结核病
胸部
肿瘤
研究所
首都医科大学
附属
北京
胸科医院
结核
科
/北京市
结核病
胸部
肿瘤
研究所
首都医科大学附属北京胸科医院重症医学科/北京市结核病胸部肿瘤研究所
出处
《中国防痨杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期449-460,共12页
基金
国家自然科学基金(82172279,82100011)
北京市自然科学基金(L234055)。
文摘
目的:通过对比分析结核分枝杆菌潜伏感染(latent tuberculosis infection,LTBI)者和健康人的外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMC)经结核特异性抗原刺激后的转录组,寻找LTBI人群中结核抗原特异的免疫应答重要基因及可能发挥功能的信号通路,绘制LTBI基因表达谱。方法:应用微阵列芯片检测2009年12月在首都医科大学附属北京胸科医院招募的4例LTBI者(LTBI组)和4名健康人(健康对照组)经结核抗原刺激后的PBMC转录组,并对部分差异基因进行qPCR检测以验证芯片数据。应用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选与LTBI最相关模块,并对模块中的基因分别进行基因本体论(geneontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encylopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。通过基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)从全转录组水平筛选信号通路。通过免疫浸润分析寻找与LTBI相关的免疫细胞。通过STRING数据库蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析绘制两模块中差异基因相互作用网络图。结果:LTBI组与健康对照组间共发现393个差异表达基因(差异倍数>2或<0.5,P<0.05),LTBI中112个表达下调,281个表达上调。针对10个差异基因的实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测证实基因表达趋势与芯片数据一致,即CAMK1G、IL2、SPINK1、SUCNR1、HCAR3、IL18BP、CHI3L1、TNF均上调;RASGRP2、TPM2均下调。通过WGCNA分析确定与LTBI最相关的正相关蓝色模块(cor=0.88,P=0.004)和负相关蓝绿色模块(cor=―0.93,P=0.001)。对上述模块内基因进行KEGG富集分析,并行基于全转录组的GSEA分析,发现趋化因子信号通路(P<0.001)和凋亡信号通路(P=0.003)在两种分析中均明显富集。对两模块中的差异基因通过STRING数据库构建PPI网络图,通过内置插件计算得到每个模块中的前10个关键基因,即蓝色模块中的PTPRC、CD40、IL10、IRF8、CCR1、CD80、TLR8、CLEC7A、CD83和CD274;蓝绿色模块中的TNF、ICAM1、TNFRSF4、HAVCR2、CD276、CCL4、CD33、IL1RN、NCF1和FGR。免疫浸润分析发现,M1型巨噬细胞(P=0.029)和M2型巨噬细胞(P=0.001)等固有免疫细胞的比例在LTBI组和健康对照组间存在明显差异。结论:经结核特异性抗原刺激后的PBMC转录组在LTBI人群和健康人群间存在明显差异,这些差异基因主要聚集于凋亡信号通路和趋化因子信号通路,其中巨噬细胞介导的免疫应答在其中发挥了重要作用,揭示了固有免疫应答在LTBI中的重要作用。
关键词
分枝杆菌
结核
分枝杆菌感染
转录因子
生物学标记
免疫
Keywords
Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium infections
Transcription factors
Biological markers
Immunity
分类号
R52 [医药卫生—内科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
结核分枝杆菌潜伏感染者外周血单个核细胞转录组学研究
尚雪恬
董静
黄麦玲
孙琦
贾红彦
张蓝月
刘秋月
姚明旭
王颖超
姬秀秀
杜博平
邢爱英
潘丽萍
《中国防痨杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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