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基于线粒体全基因组的柴达木牛母系遗传多样性、群体结构及系统发育分析
1
作者
魏旭东
刘瑞林
+9 位作者
李瑞哲
张卫忠
王启辉
赵海明
郭卫兴
许正全
尕藏当周
韩赟
雷初朝
马志杰
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第1期1-12,共12页
【目的】从全线粒体基因组水平探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构及与其他黄牛品种间的遗传关系。【方法】采用全基因组重测序技术对60头柴达木牛进行重测序,获取每个个体的线粒体全基因组全序列,并从GenBank下载已公布的我国5个...
【目的】从全线粒体基因组水平探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构及与其他黄牛品种间的遗传关系。【方法】采用全基因组重测序技术对60头柴达木牛进行重测序,获取每个个体的线粒体全基因组全序列,并从GenBank下载已公布的我国5个北方黄牛品种(即蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛和安西牛)和2个国外培育品种(荷斯坦牛和日本和牛)的共129条线粒体全基因组相应序列进行综合分析,以揭示柴达木牛线粒体基因组遗传变异,明确其母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成、母系遗传背景及与我国北方部分地方黄牛品种、国外培育品种间的遗传关系。【结果】①60头柴达木牛线粒体全基因组序列比对分析共发现346个多态位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点295个;根据序列间核苷酸变异共确定37种单倍型(H1~H37)。遗传多样性分析显示,柴达木牛线粒体基因组单倍型多样度为(0.9810±0.0060),核苷酸多样度为(0.0033±0.0002),提示其拥有丰富的母系遗传多样性。②系统发育分析表明,柴达木牛拥有普通牛和瘤牛2大母系支系,且以普通牛T支系为主,拥有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,提示柴达木牛拥有普通牛和瘤牛血统,有两个母系起源。③群体遗传分化分析表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛、日本和牛遗传分化程度均很弱,而与安西牛、荷斯坦牛达到中等遗传分化程度。④聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、安西牛、延边牛聚类关系相对较近,与日本和牛、荷斯坦牛聚类关系较远,其聚类结果与分化程度基本一致。【结论】柴达木牛拥有丰富的母系遗传多样性,由普通牛和瘤牛两个母系支系组成,含有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,推测其有2个母系起源。柴达木牛与蒙古牛亲缘关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、延边牛、安西牛遗传关系较近,而与日本和牛、荷斯坦牛遗传关系较远。
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关键词
柴达木牛
MTDNA
母系起源
群体结构
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题名
基于线粒体全基因组的柴达木牛母系遗传多样性、群体结构及系统发育分析
1
作者
魏旭东
刘瑞林
李瑞哲
张卫忠
王启辉
赵海明
郭卫兴
许正全
尕藏当周
韩赟
雷初朝
马志杰
机构
青海
大学
畜牧
兽医
科学院
青海省
高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室
农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室
青海省
格尔木市
畜牧
兽医站
青海省格尔木市郭勒木德乡畜牧兽医站
青海省
格尔木市
乌图美仁
乡
畜牧
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青海省
都兰县宗加镇
畜牧
兽医站
青海省
乌兰县
畜牧
兽医站
西北农林科技大学动物科技学院
出处
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第1期1-12,共12页
基金
青海省自然科学基金项目(2021-ZJ-914)。
文摘
【目的】从全线粒体基因组水平探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构及与其他黄牛品种间的遗传关系。【方法】采用全基因组重测序技术对60头柴达木牛进行重测序,获取每个个体的线粒体全基因组全序列,并从GenBank下载已公布的我国5个北方黄牛品种(即蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛和安西牛)和2个国外培育品种(荷斯坦牛和日本和牛)的共129条线粒体全基因组相应序列进行综合分析,以揭示柴达木牛线粒体基因组遗传变异,明确其母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成、母系遗传背景及与我国北方部分地方黄牛品种、国外培育品种间的遗传关系。【结果】①60头柴达木牛线粒体全基因组序列比对分析共发现346个多态位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点295个;根据序列间核苷酸变异共确定37种单倍型(H1~H37)。遗传多样性分析显示,柴达木牛线粒体基因组单倍型多样度为(0.9810±0.0060),核苷酸多样度为(0.0033±0.0002),提示其拥有丰富的母系遗传多样性。②系统发育分析表明,柴达木牛拥有普通牛和瘤牛2大母系支系,且以普通牛T支系为主,拥有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,提示柴达木牛拥有普通牛和瘤牛血统,有两个母系起源。③群体遗传分化分析表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛、日本和牛遗传分化程度均很弱,而与安西牛、荷斯坦牛达到中等遗传分化程度。④聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、安西牛、延边牛聚类关系相对较近,与日本和牛、荷斯坦牛聚类关系较远,其聚类结果与分化程度基本一致。【结论】柴达木牛拥有丰富的母系遗传多样性,由普通牛和瘤牛两个母系支系组成,含有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,推测其有2个母系起源。柴达木牛与蒙古牛亲缘关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、延边牛、安西牛遗传关系较近,而与日本和牛、荷斯坦牛遗传关系较远。
关键词
柴达木牛
MTDNA
母系起源
群体结构
Keywords
Qaidam cattle
mtDNA
maternal origin
population structure
分类号
S823.3 [农业科学—畜牧学]
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1
基于线粒体全基因组的柴达木牛母系遗传多样性、群体结构及系统发育分析
魏旭东
刘瑞林
李瑞哲
张卫忠
王启辉
赵海明
郭卫兴
许正全
尕藏当周
韩赟
雷初朝
马志杰
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025
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