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青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成
被引量：
6
1
作者
白诗睿
马志杰
+5 位作者
李广祯
杨振菲
陈生梅
谢银禄
郭东风
陈立
《中国牛业科学》
2022年第2期33-38,共6页
[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单...
[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰富的母系遗传多样性,由3个母系支系组成,推测其有3个母系起源。
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关键词
格尔木牦牛
MTDNA
D-LOOP区
母系遗传多样性
支系组成
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职称材料
唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析
被引量：
2
2
作者
马玉兰
曹萍
+4 位作者
马志杰
陈生梅
李瑞哲
刘书杰
郭东风
《中国牛业科学》
2022年第6期50-54,共5页
[目的]旨在从分子水平上揭示并探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景。[方法]对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序后,再进行序列比对分析并使用生物信息学软件确定其核苷酸变异位点...
[目的]旨在从分子水平上揭示并探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景。[方法]对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序后,再进行序列比对分析并使用生物信息学软件确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度值大小,并进行系统发育分析。[结果]在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入(缺失)后,共检测到31个多态位点,其中包括5个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,核苷酸多样度和单倍型多样度分别为0.007±0.004和0.821±0.043。唐古拉山牦牛与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏且母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E 5种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支(即I和II),支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。[结论]唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。
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关键词
唐古拉山牦牛
mtDNA
D-loop区
遗传多样性
群体结构
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职称材料
题名
青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成
被引量：
6
1
作者
白诗睿
马志杰
李广祯
杨振菲
陈生梅
谢银禄
郭东风
陈立
机构
青海
大学畜牧
兽医
科学院
青海省
格尔木市
畜牧
兽医站
青海省格尔木市唐古拉山镇兽医站
出处
《中国牛业科学》
2022年第2期33-38,共6页
基金
国家自然科学基金项目(31960656)
中国科学院“西部之光”人才培养引进计划(“西部青年学者”)项目(3-1)。
文摘
[目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰富的母系遗传多样性,由3个母系支系组成,推测其有3个母系起源。
关键词
格尔木牦牛
MTDNA
D-LOOP区
母系遗传多样性
支系组成
Keywords
Golmud yak
mtDNA
D-loop region
maternal genetic diversity
lineage composition
分类号
S823.85 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析
被引量：
2
2
作者
马玉兰
曹萍
马志杰
陈生梅
李瑞哲
刘书杰
郭东风
机构
青海
大学畜牧
兽医
科学院
农业农村部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室
青海省
高原家畜遗传资源保护与创新利用重点实验室
青海省格尔木市唐古拉山镇兽医站
出处
《中国牛业科学》
2022年第6期50-54,共5页
基金
国家自然科学基金项目(31960656)
中国科学院“西部之光”人才培养引进计划(“西部青年学者”)项目(3-1)。
文摘
[目的]旨在从分子水平上揭示并探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景。[方法]对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序后,再进行序列比对分析并使用生物信息学软件确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度值大小,并进行系统发育分析。[结果]在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入(缺失)后,共检测到31个多态位点,其中包括5个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,核苷酸多样度和单倍型多样度分别为0.007±0.004和0.821±0.043。唐古拉山牦牛与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏且母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E 5种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支(即I和II),支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。[结论]唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。
关键词
唐古拉山牦牛
mtDNA
D-loop区
遗传多样性
群体结构
Keywords
Tanggulashan yak
mtDNA D-loop region
genetic diversity
lineage composition
分类号
S823.85 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成
白诗睿
马志杰
李广祯
杨振菲
陈生梅
谢银禄
郭东风
陈立
《中国牛业科学》
2022
6
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职称材料
2
唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析
马玉兰
曹萍
马志杰
陈生梅
李瑞哲
刘书杰
郭东风
《中国牛业科学》
2022
2
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