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青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体父系遗传分子评估
1
作者
曹萍
李瑞哲
+7 位作者
陈生梅
薛斌
韩生兰
梅萨
达桑
才加
孙永刚
马志杰
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期3948-3957,共10页
【目的】探究青海省果洛藏族自治州牦牛的父系起源、群体遗传结构、遗传多样性水平以及分化状况。【方法】通过基因组DNA提取、PCR扩增和测序分型,利用5个Y染色体单核苷酸多态性(Y-SNPs)标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个...
【目的】探究青海省果洛藏族自治州牦牛的父系起源、群体遗传结构、遗传多样性水平以及分化状况。【方法】通过基因组DNA提取、PCR扩增和测序分型,利用5个Y染色体单核苷酸多态性(Y-SNPs)标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个Y染色体微卫星(Y-STR)标记(INRA189)对玛多、久治、甘德、班玛4个牦牛群体共144头牦牛个体进行父系遗传分析。通过软件计算单倍型多样度(Hd)和群体间固定分化指数(Fst),评估各牦牛群体的父系遗传多样性水平、群体间遗传分化程度。利用Mega 5.05和Network 10.1软件分别构建UPGMA树状图和网络中介图,探究各牦牛群体间的父系遗传关系和群体结构组成。【结果】青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体中共鉴定出7种Y染色体单倍型。玛多、久治、甘德、班玛牦牛群体分别鉴定出6、4、4、4种单倍型。玛多、班玛牦牛群体中分别检测到2种(H2Y1和H3Y1)和1种(H7Y1)特有单倍型。遗传多样性分析表明,4个牦牛群体的父系遗传多样性较为丰富(Hd=0.506),其中玛多牦牛的单倍型多样度最高(Hd=0.632),甘德牦牛的单倍型多样度最低(Hd=0.324)。遗传分化分析结果显示,除班玛牦牛与甘德、玛多牦牛群体间均呈中等遗传分化外(0.05<Fst<0.15),其他牦牛群体间分化程度均较弱(0<Fst<0.05)。聚类分析结果显示,4个牦牛群体明显地聚为2类,其中久治、玛多牦牛群体最先聚在一起,再与甘德牦牛群体聚为一类,而班玛牦牛群体单独为一类。系统发育分析表明,除班玛牦牛群体由1个父系支系(Y1)组成外,其他3个牦牛群体均由2个父系支系(Y1和Y2)组成。【结论】本研究基于Y染色体分子标记初步揭示了青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体的父系遗传多样性、分化程度和群体遗传结构,4个牦牛群体拥有较为丰富的父系遗传多样性,存在2个父系起源;群体间父系遗传分化程度较弱,但父系遗传结构存在一定差异。研究结果为当地牦牛遗传资源的保种选育和开发利用提供了理论依据。
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关键词
牦牛
遗传多样性
父系起源
群体结构
Y染色体单核苷酸多态性
Y染色体微卫星
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题名
青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体父系遗传分子评估
1
作者
曹萍
李瑞哲
陈生梅
薛斌
韩生兰
梅萨
达桑
才加
孙永刚
马志杰
机构
青海
大学
畜牧
兽医科学院
农业农
村
部青藏高原畜禽遗传育种重点实验室
青海省
药品检验检测院
青海省
果洛藏族自治州
班玛县
畜牧
兽医站
青海省
果洛藏族自治州
久治县索乎日麻乡
畜牧
兽医站
青海省果洛藏族自治州玛多县花石峡镇措柔村拉泽生态畜牧业专业合作社
出处
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期3948-3957,共10页
基金
青海省“昆仑英才·高端创新创业人才”计划项目(领军人才)
第三次全国畜禽遗传资源普查项目。
文摘
【目的】探究青海省果洛藏族自治州牦牛的父系起源、群体遗传结构、遗传多样性水平以及分化状况。【方法】通过基因组DNA提取、PCR扩增和测序分型,利用5个Y染色体单核苷酸多态性(Y-SNPs)标记(SRY4、USP9Y、UTY19、AMELY3和OFD1Y10)和1个Y染色体微卫星(Y-STR)标记(INRA189)对玛多、久治、甘德、班玛4个牦牛群体共144头牦牛个体进行父系遗传分析。通过软件计算单倍型多样度(Hd)和群体间固定分化指数(Fst),评估各牦牛群体的父系遗传多样性水平、群体间遗传分化程度。利用Mega 5.05和Network 10.1软件分别构建UPGMA树状图和网络中介图,探究各牦牛群体间的父系遗传关系和群体结构组成。【结果】青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体中共鉴定出7种Y染色体单倍型。玛多、久治、甘德、班玛牦牛群体分别鉴定出6、4、4、4种单倍型。玛多、班玛牦牛群体中分别检测到2种(H2Y1和H3Y1)和1种(H7Y1)特有单倍型。遗传多样性分析表明,4个牦牛群体的父系遗传多样性较为丰富(Hd=0.506),其中玛多牦牛的单倍型多样度最高(Hd=0.632),甘德牦牛的单倍型多样度最低(Hd=0.324)。遗传分化分析结果显示,除班玛牦牛与甘德、玛多牦牛群体间均呈中等遗传分化外(0.05<Fst<0.15),其他牦牛群体间分化程度均较弱(0<Fst<0.05)。聚类分析结果显示,4个牦牛群体明显地聚为2类,其中久治、玛多牦牛群体最先聚在一起,再与甘德牦牛群体聚为一类,而班玛牦牛群体单独为一类。系统发育分析表明,除班玛牦牛群体由1个父系支系(Y1)组成外,其他3个牦牛群体均由2个父系支系(Y1和Y2)组成。【结论】本研究基于Y染色体分子标记初步揭示了青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体的父系遗传多样性、分化程度和群体遗传结构,4个牦牛群体拥有较为丰富的父系遗传多样性,存在2个父系起源;群体间父系遗传分化程度较弱,但父系遗传结构存在一定差异。研究结果为当地牦牛遗传资源的保种选育和开发利用提供了理论依据。
关键词
牦牛
遗传多样性
父系起源
群体结构
Y染色体单核苷酸多态性
Y染色体微卫星
Keywords
yak
genetic diversity
paternal origin
population structure
Y-SNP
Y-STR
分类号
S823.85 [农业科学—畜牧学]
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作者
出处
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被引量
操作
1
青海省果洛藏族自治州4个牦牛群体父系遗传分子评估
曹萍
李瑞哲
陈生梅
薛斌
韩生兰
梅萨
达桑
才加
孙永刚
马志杰
《中国畜牧兽医》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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