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柴达木盆地昆特依盐湖可培养嗜盐细菌多样性研究
被引量：
1
1
作者
马想蓉
马欣
+3 位作者
陈胤勋
龙启福
王嵘
邢江娃
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期285-298,共14页
【目的】探究不同富集时间、培养盐度、稀释梯度、培养基等对氯化物型昆特依高盐盐湖可培养嗜盐细菌多样性的影响,确定嗜盐细菌的最佳分离培养条件,挖掘更多的环境嗜盐细菌资源。【方法】从昆特依盐湖中采集水泥混合样本,选取7种培养基...
【目的】探究不同富集时间、培养盐度、稀释梯度、培养基等对氯化物型昆特依高盐盐湖可培养嗜盐细菌多样性的影响,确定嗜盐细菌的最佳分离培养条件,挖掘更多的环境嗜盐细菌资源。【方法】从昆特依盐湖中采集水泥混合样本,选取7种培养基和10%、18% NaCl两个盐度,采用富集培养法、平板稀释涂布法和平板分区划线法分离嗜盐菌;通过16S rRNA基因测序与BLAST序列比对确定菌株系统分类学地位。同时采用免培养Illumina MiSeq高通量测序技术分析昆特依盐湖细菌群落结构多样性特征。【结果】免培养昆特依盐湖样本中共鉴定到细菌39门64纲101目219科703属,其中假单胞菌门(Pseudomonadota)、厚壁菌门(Bacillota)、拟杆菌门(Bacteroidota)和放线菌门(Actinomycetota)为主要的优势菌门。根据菌落的大小、形态、颜色、光泽度、透明度、质地、隆起状态和边缘特征等,共分离出436株嗜盐菌,隶属于3门3纲6目9科28属77种,其中16株可能为潜在新种。3门为厚壁菌门(Bacillota)、假单胞菌门(Pseudomonadota)和放线菌门(Actinomycetota),且均为免培养测序结果中的优势菌门。在属水平上,芽孢杆菌属(Bacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)、喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus)、枝芽孢菌属(Virgibacillus)和卤水杆菌属(Salicola)为优势菌属。肿块芽孢杆菌属(Tuberibacillus)、越南蔷薇菌属(Rossellomorea)和谷氨酸杆菌属(Glutamicibacter)是首次从盐湖中分离得到。18% NaCl分离得到的菌株数量明显少于10% NaCl,且多样性较低,芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae)是该条件下分出的特有菌科。7种培养基中,1/2 RCA培养基分离效果最好。最佳富集培养时间为0、7和60 d,最佳样品稀释梯度为10^(-2)和10^(-3)。【结论】从昆特依盐湖中共分离出嗜盐细菌3门3纲6目9科28属77种。应用多种培养基,设置不同盐度、富集培养时间和稀释梯度等可显著提升可培养嗜盐菌的多样性。
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关键词
嗜盐细菌
生物多样性
氯化物型盐湖
分离培养基
富集培养
梯度稀释
高通量测序
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职称材料
转录组和代谢组分析盐度对盐单胞菌合成羟基四氢嘧啶的影响
2
作者
张蔓
邢江娃
+1 位作者
朱德锐
李永臻
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期1193-1204,共12页
为了明确不同盐度对Halomonas campaniensis XH26合成羟基四氢嘧啶(5-hydroxyectoine,5-HE)代谢通路和基础代谢的影响,研究采用无NaCl作为对照组,以12%、14%和16%NaCl浓度梯度作为高盐组。利用转录组测序和液质联用技术(LC-MS)分析了H.c...
为了明确不同盐度对Halomonas campaniensis XH26合成羟基四氢嘧啶(5-hydroxyectoine,5-HE)代谢通路和基础代谢的影响,研究采用无NaCl作为对照组,以12%、14%和16%NaCl浓度梯度作为高盐组。利用转录组测序和液质联用技术(LC-MS)分析了H.campaniensis XH26在不同NaCl浓度条件下的差异表达基因和差异代谢物,并利用qPCR对与Ectoine和5-HE合成密切相关的差异基因的表达量进行了相对定量分析验证。结果显示,5-HE合成量在高盐组间随盐梯度先增加后降低,并在14%NaCl浓度时达到最高。转录组结果显示,在186个KEGG代谢通路中,差异表达基因在ABC转运蛋白、双组分系统、鞭毛组装等通路中高度富集。筛选到与5-HE合成代谢相关的7个关键基因表达存在差异,包括lysC、ectA、ectB、ectC、ectD、doeC和doeD。qPCR验证结果与转录组学分析结果基本一致。代谢组分析共发现了1159个差异代谢物,主要富集在氨基酸代谢、辅因子-维生素代谢和碳水化合物等代谢通路。研究还筛选出了显著差异的相容性溶质,包括四氢嘧啶、羟基四氢嘧啶和甜菜碱。研究分析了菌株H.campaniensis XH26的耐盐特性及盐适应机制,初步明确了5-HE产量及合成基因簇表达随盐度变化的规律,为高产5-HE的野生菌的优化和基因工程菌的构建提供了理论基础。
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关键词
转录组学
代谢组学
盐单胞菌
羟基四氢嘧啶
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职称材料
题名
柴达木盆地昆特依盐湖可培养嗜盐细菌多样性研究
被引量：
1
1
作者
马想蓉
马欣
陈胤勋
龙启福
王嵘
邢江娃
机构
青海大学医学部基础医学研究中心
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期285-298,共14页
基金
人社部2021年度高层次留学人才回国资助项目
青海大学青年科研基金(2022-QYY-15)
青海大学医学部中青年科研基金(2022-kyt-1)。
文摘
【目的】探究不同富集时间、培养盐度、稀释梯度、培养基等对氯化物型昆特依高盐盐湖可培养嗜盐细菌多样性的影响,确定嗜盐细菌的最佳分离培养条件,挖掘更多的环境嗜盐细菌资源。【方法】从昆特依盐湖中采集水泥混合样本,选取7种培养基和10%、18% NaCl两个盐度,采用富集培养法、平板稀释涂布法和平板分区划线法分离嗜盐菌;通过16S rRNA基因测序与BLAST序列比对确定菌株系统分类学地位。同时采用免培养Illumina MiSeq高通量测序技术分析昆特依盐湖细菌群落结构多样性特征。【结果】免培养昆特依盐湖样本中共鉴定到细菌39门64纲101目219科703属,其中假单胞菌门(Pseudomonadota)、厚壁菌门(Bacillota)、拟杆菌门(Bacteroidota)和放线菌门(Actinomycetota)为主要的优势菌门。根据菌落的大小、形态、颜色、光泽度、透明度、质地、隆起状态和边缘特征等,共分离出436株嗜盐菌,隶属于3门3纲6目9科28属77种,其中16株可能为潜在新种。3门为厚壁菌门(Bacillota)、假单胞菌门(Pseudomonadota)和放线菌门(Actinomycetota),且均为免培养测序结果中的优势菌门。在属水平上,芽孢杆菌属(Bacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)、喜盐芽孢杆菌属(Halobacillus)、枝芽孢菌属(Virgibacillus)和卤水杆菌属(Salicola)为优势菌属。肿块芽孢杆菌属(Tuberibacillus)、越南蔷薇菌属(Rossellomorea)和谷氨酸杆菌属(Glutamicibacter)是首次从盐湖中分离得到。18% NaCl分离得到的菌株数量明显少于10% NaCl,且多样性较低,芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae)是该条件下分出的特有菌科。7种培养基中,1/2 RCA培养基分离效果最好。最佳富集培养时间为0、7和60 d,最佳样品稀释梯度为10^(-2)和10^(-3)。【结论】从昆特依盐湖中共分离出嗜盐细菌3门3纲6目9科28属77种。应用多种培养基,设置不同盐度、富集培养时间和稀释梯度等可显著提升可培养嗜盐菌的多样性。
关键词
嗜盐细菌
生物多样性
氯化物型盐湖
分离培养基
富集培养
梯度稀释
高通量测序
Keywords
halophilic bacteria
biodiversity
chloride type salt lake
isolation medium
enrichment culture
gradient dilution
high-throughput sequencing
分类号
Q938 [生物学—微生物学]
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职称材料
题名
转录组和代谢组分析盐度对盐单胞菌合成羟基四氢嘧啶的影响
2
作者
张蔓
邢江娃
朱德锐
李永臻
机构
青海大学医学部基础医学研究中心
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第7期1193-1204,共12页
基金
国家自然科学基金地区项目(21967018)资助。
文摘
为了明确不同盐度对Halomonas campaniensis XH26合成羟基四氢嘧啶(5-hydroxyectoine,5-HE)代谢通路和基础代谢的影响,研究采用无NaCl作为对照组,以12%、14%和16%NaCl浓度梯度作为高盐组。利用转录组测序和液质联用技术(LC-MS)分析了H.campaniensis XH26在不同NaCl浓度条件下的差异表达基因和差异代谢物,并利用qPCR对与Ectoine和5-HE合成密切相关的差异基因的表达量进行了相对定量分析验证。结果显示,5-HE合成量在高盐组间随盐梯度先增加后降低,并在14%NaCl浓度时达到最高。转录组结果显示,在186个KEGG代谢通路中,差异表达基因在ABC转运蛋白、双组分系统、鞭毛组装等通路中高度富集。筛选到与5-HE合成代谢相关的7个关键基因表达存在差异,包括lysC、ectA、ectB、ectC、ectD、doeC和doeD。qPCR验证结果与转录组学分析结果基本一致。代谢组分析共发现了1159个差异代谢物,主要富集在氨基酸代谢、辅因子-维生素代谢和碳水化合物等代谢通路。研究还筛选出了显著差异的相容性溶质,包括四氢嘧啶、羟基四氢嘧啶和甜菜碱。研究分析了菌株H.campaniensis XH26的耐盐特性及盐适应机制,初步明确了5-HE产量及合成基因簇表达随盐度变化的规律,为高产5-HE的野生菌的优化和基因工程菌的构建提供了理论基础。
关键词
转录组学
代谢组学
盐单胞菌
羟基四氢嘧啶
Keywords
Transcriptomics
Metabonomics
Halomonas
Hydroxyectoine
分类号
Q938.1 [生物学—微生物学]
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职称材料
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作者
出处
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被引量
操作
1
柴达木盆地昆特依盐湖可培养嗜盐细菌多样性研究
马想蓉
马欣
陈胤勋
龙启福
王嵘
邢江娃
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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职称材料
2
转录组和代谢组分析盐度对盐单胞菌合成羟基四氢嘧啶的影响
张蔓
邢江娃
朱德锐
李永臻
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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