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一种新的基于A-I RNA编辑预测乳腺癌预后模型的建立和验证 被引量:1
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作者 李健 刘阳 +1 位作者 闫霞 王颜 《中国现代普通外科进展》 CAS 2024年第5期359-363,共5页
目的:开发一种基于腺苷到肌苷的脱氨基(A-to-I RNA编辑,ATIRE)的预后模型用于改善乳腺癌的个体化治疗。方法:首先使用单变量Cox回归分析来获得训练集中与总生存(OS)相关的ATIRE位点,然后进行最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归算法来确... 目的:开发一种基于腺苷到肌苷的脱氨基(A-to-I RNA编辑,ATIRE)的预后模型用于改善乳腺癌的个体化治疗。方法:首先使用单变量Cox回归分析来获得训练集中与总生存(OS)相关的ATIRE位点,然后进行最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归算法来确定最佳预后ATIRE位点,进行多因素Cox比例风险回归分析建立风险模型,纳入ATIRE风险评分和临床病理学特征变量构建预后列线图,绘制校准曲线并计算一致性指数以评价模型的预测概率与实际的一致性,通过决策曲线分析(DCA)评价该模型的临床收益价值。结果:确定18个预后位点用来构建预后模型,并生成ATIRE风险评分。高风险评分患者的中位生存时间显著缩短,列线图在预测乳腺癌的OS概率方面表现良好。校准曲线表现出优异的一致性,决策曲线显示其具有更高的净收益。结论:分析ATIRE事件在预测乳腺癌生存中的作用,基于AITRE的预后模型可以帮助临床医师更好进行临床决策。 展开更多
关键词 乳腺癌 A-to-I RNA编辑 总生存 列线图
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TICRR基因与乳腺癌发生及预后关系的研究 被引量:1
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作者 李健 王颜 +1 位作者 梁雷 刘阳 《中国现代普通外科进展》 CAS 2022年第12期933-937,共5页
目的:评价TopBP1相互作用检查点和复制调节器(TICRR)基因在乳腺癌发生和预后中的作用。方法:基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌的测序和临床数据,使用Wilcoxon秩和检验确定TICRR在肿瘤组织和正常组织中的表达。使用基因集富集分... 目的:评价TopBP1相互作用检查点和复制调节器(TICRR)基因在乳腺癌发生和预后中的作用。方法:基于肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中的乳腺癌的测序和临床数据,使用Wilcoxon秩和检验确定TICRR在肿瘤组织和正常组织中的表达。使用基因集富集分析(GSEA)方法评估TICRR的生物学功能。应用Logistic分析研究TICRR表达与乳腺癌临床病理特征的相关性。采用Cox回归分析、Kaplan-Meier分析和列线图确定TICRR对乳腺癌患者临床结局的预测价值。结果:TICRR在乳腺癌组织中表达显著升高(P<0.001)。GSEA分析结果表明,TICRR表达增加主要通过促进细胞周期循环、同源重组等通路来促进肿瘤细胞增。乳腺癌组织中TICRR的高表达与年龄、临床分期、雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)、人表皮生长因子2(HER2)表达有关。Logistics回归分析发现TICRR表达与T分期、HER2表达呈正相关,与ER和PR表达呈负相关。Cox回归分析显示,TICRR基因表达是乳腺癌总生存率(HR:1.881,P=0.036)的独立风险因素,在无疾病进展生存期(PFI)单因素分析中是危险因素(P<0.05)。结论:TICRR基因表达增加可能通过调节细胞周期、代谢等相关通路促进乳腺癌发生,检测TICRR基因表达对评价乳腺癌预后有较高的预测价值。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 TopBP1相互作用检查点和复制调节器 预后 列线图
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预测乳腺癌患者预后的坏死性凋亡相关基因模型的构建和验证 被引量:1
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作者 李健 梁雷 +1 位作者 王颜 刘阳 《中国现代普通外科进展》 CAS 2023年第10期781-786,共6页
目的:构建乳腺癌坏死性凋亡相关基因的预后风险模型并验证。方法:下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合集(GEO)的坏死性凋亡相关基因(NRGs)表达和临床数据,经过LASSO和Cox回归分析,确定基于8个NRGs(HSP90AA1,IFNAR1,IFNG,IRF9,MAPK9,... 目的:构建乳腺癌坏死性凋亡相关基因的预后风险模型并验证。方法:下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合集(GEO)的坏死性凋亡相关基因(NRGs)表达和临床数据,经过LASSO和Cox回归分析,确定基于8个NRGs(HSP90AA1,IFNAR1,IFNG,IRF9,MAPK9,SHARPIN,GLUL和JAK1)的乳腺癌预后风险模型。根据风险评分中位值将患者分为高低两组进行基因集富集分析(GSEA),生存和列线图分析验证预后模型的预测价值。结果:与低风险组相比,高风险组个体的预后较差,风险评分是乳腺癌独立的预后因素。GSEA分析表明,高风险组主要通过DNA复制、氧化磷酸化等通路促进肿瘤发生发展。校准曲线表明所构建列线图的效能较好。结论:包含8个NRGs的预后风险模型可能是乳腺癌的预后标志物和有前景的治疗靶点,可能更好为临床乳腺癌患者提供个体化治疗。 展开更多
关键词 乳腺癌 坏死性凋亡 TCGA 预后列线图
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一种基于m7G RNA修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型的构建和验证
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作者 李健 刘阳 +1 位作者 刘飞 王颜 《中国现代普通外科进展》 CAS 2023年第12期933-938,共6页
目的:建立并验证一种基于N7甲基鸟苷(m7G)RNA甲基化修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型。方法:检测31种m7G RNA甲基化相关的关键调控因子在乳腺癌组织中的表达模式。下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中的乳腺癌患者的m... 目的:建立并验证一种基于N7甲基鸟苷(m7G)RNA甲基化修饰相关基因的乳腺癌预后预测模型。方法:检测31种m7G RNA甲基化相关的关键调控因子在乳腺癌组织中的表达模式。下载癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合数据库(GEO)中的乳腺癌患者的m RNA基因表达和临床预后数据。通过单变量Cox回归分析评估每个m7G相关基因对生存的预后价值。应用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归方法,构建基于m7G甲基化调节基因的乳腺癌预后风险模型。通过基因集富集分析(GSEA)阐述BC高危人群的主要作用机制。基于m7G建立预后列线图,分别在TCGA和GEO队列中进行验证。结果:构建基于7个m7G甲基化调节基因的预后风险模型。高危组总生存率(OS)明显低于低危组(P<0.001)。GSEA分析表明,在高危人群中“细胞周期”是最重要的致癌通路。利用训练集TCGA队列的风险评分及临床特征,构建了预后列线图,校准曲线和决策曲线分析(DCA)表明其一致性和预测效能很好,并于GEO队列中进行了验证。结论:基于m7G相关基因的预后模型对乳腺癌的预后具有预测作用,可用于指导乳腺癌患者的个体化治疗。 展开更多
关键词 乳腺癌 m7G RNA甲基化修饰 预后列线图 癌症基因组图谱 基因表达综合数据库
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