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题名舟山近海环境DNA保存方法的建立及优化
被引量：9
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作者
陈治
陈建威
王晓艳
高天翔
刘岩
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机构
海南热带海洋学院水产与生命学院
青岛华大基因研究院
浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心
浙江海洋大学水产学院
中国水产科学研究院南海水产研究所
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出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第5期1098-1107,共10页
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基金
国家自然科学基金项目,41776171号,41806180号
国家自然科学基金委2018年度东海春季共享航次,NORC2018-02号
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文摘
近年来,环境DNA(environmental DNA,eDNA)技术开始被广泛应用于水生生物多样性研究。本文通过绝对定量和高通量测序技术对舟山近海高浊度水样eDNA的保存方法进行了建立和优化。研究结果如下:(1)“酒精+低温”保存法的eDNA获得量是“酒精+常温”保存法的0.78 1.06(7d)、0.89 1.80(15d)、1.05 2.75(30d)和2.69(60d)倍;(2)酒精保存法(低温、常温)存在eDNA富集物渗漏及滤膜黏附现象;(3)短期内冷冻保存样品的eDNA获得量是酒精保存样品获得量的1.25 1.59倍(7d)和1.07 1.20倍(15d);(4)酒精保存法的eDNA降解速率慢于冷冻保存法,长期内酒精保存样品的eDNA获得量是冷冻保存样品获得量的1.99 2.10倍(30d)和2.84 7.64倍(60d);(5)二次富集(过滤)能显著提高eDNA获得量,富集组eDNA浓度是未富集组浓度的1.60 4.95倍(“酒精+低温”)和1.21 2.04倍(“酒精+常温”);(6)“酒精+低温”保存的样品在高通量测序总丰度、各鱼种分丰度、物种多样性指数等多个方面优于冷冻保存样品;(7)微生物(micro-organism)的eDNA降解速率慢于大生物(macro-organism),不同界(Kingdom)的eDNA最优保存方法可能并不相同。本研究首次建立了舟山近海高浊度水样eDNA最适保存方法,为相似水域的eDNA保存提供了借鉴参考。
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关键词
舟山近海
eDNA保存
“酒精+低温”
二次过滤
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Keywords
coastal waters of Zhoushan
preservation method of eDNA
cold alcohol
secondary filtration
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分类号
S931.4
[农业科学—渔业资源]
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题名基于高通量测序技术的海洋鱼类定性和定量分析
被引量：2
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作者
张浩博
陈建威
徐大有
高天翔
王晓艳
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机构
浙江海洋大学国家海洋设施养殖工程技术研究中心
青岛华大基因研究院
浙江海洋大学水产学院
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出处
《浙江海洋大学学报（自然科学版）》
CAS
2022年第1期45-55,共11页
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基金
国家自然科学基金(41806180,41776171)。
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文摘
近年来,高通量测序技术以其对生物物种鉴别具有高效、简便、客观等特点,在水生生物多样性评估等相关领域中得到广泛应用。虽然大量证据表明高通量测序与传统水生生物调查结果在生物多样性和相对数量上均具有相关性,但采用高通量测序技术进行生物量评估的准确性尚不明确。本研究以5种常见海水鱼类——大黄鱼、花鲈、黑鲷、褐菖鲉和眼斑拟石首鱼为研究对象,将5种鱼类的肌肉组织和DNA分别按不同比例混合,液氮速冻后干冰寄送至青岛华大基因研究院,以12S MiFish-U-F/R为通用引物,进行高通量测序和检测分析,初步探讨高通量测序技术的定量分析可行性。研究结果显示5种海水鱼类均被检出,且未检出其它鱼种;从相关系数和拟合趋势来看,鱼类的丰度变化与其DNA或肌肉比例的变化一致。结果表明高通量测序技术适用于海水鱼类生物量评估研究。
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关键词
高通量测序
海水鱼类
高通量条形码
物种鉴定
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Keywords
high-throughput sequencing
marine fish
metabarcoding
species identification
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分类号
S932
[农业科学—渔业资源]
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