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纳米孔测序技术鉴定陕西省首例马尔尼菲青霉菌感染病例
被引量：
2
1
作者
马琳
刘东立
+3 位作者
毛凌峰
王益群
丁龙
王安礼
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期851-857,共7页
目的对1例严重感染性疾病进行病原学检测,查明感染来源,为临床诊断治疗提供依据。方法调查了解患者流行病学史、临床症状及体征,开展一般实验室检测。提取患者血样核酸,利用基于纳米孔测序的宏基因组分析技术,查询病原线索;利用真菌ITS...
目的对1例严重感染性疾病进行病原学检测,查明感染来源,为临床诊断治疗提供依据。方法调查了解患者流行病学史、临床症状及体征,开展一般实验室检测。提取患者血样核酸,利用基于纳米孔测序的宏基因组分析技术,查询病原线索;利用真菌ITS通用引物、马尔尼菲青霉菌PCR以及利什曼原虫、组织荚膜胞浆菌PCR引物进行鉴别;对患者血样进行真菌双相培养确诊。结果患者曾有不洁同性及异性性交史,常去东南亚地区旅行,临床症状及体征符合HIV感染表现,HIV初筛及确证实验为阳性,利什曼原虫抗体阴性。利用纳米孔测序仪MinION实际测序时间3.5 h,共获得84000条Reads,序列长度均值7088.7 base,最长为87471 base,最短为562 base,总数据量为495 Mb。将basecalling所获数据上传EPI2Me,以WIMP workflow分析,有63617条为人类基因组数据,13条马尔尼菲青霉菌序列;真菌ITS扩增测序结果鉴定为马尔尼菲青霉菌,马尔尼菲青霉菌PCR结果阳性,组织荚膜胞浆菌PCR阴性;真菌双相培养在25℃为霉菌样菌落,37℃为酵母样菌落,经鉴定均为马尔尼菲青霉菌。结论该患者为中国陕西省首次报道的HIV合并马尔尼菲青霉菌感染病例,基于纳米孔测序的宏基因组分析技术可做为临床疑难感染性疾病快速诊断的一种指示方法。
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关键词
感染性疾病
纳米孔测序
马尔尼菲青霉菌
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职称材料
题名
纳米孔测序技术鉴定陕西省首例马尔尼菲青霉菌感染病例
被引量：
2
1
作者
马琳
刘东立
毛凌峰
王益群
丁龙
王安礼
机构
陕西省
疾病预防控制中心
杭州宝诚生物技术有限公司
陕西省韩城市王峰卫生院
西安市第八医院感染一科
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第9期851-857,共7页
基金
陕西省科技资源开放共享平台项目(No.2016FWPT-12)。
文摘
目的对1例严重感染性疾病进行病原学检测,查明感染来源,为临床诊断治疗提供依据。方法调查了解患者流行病学史、临床症状及体征,开展一般实验室检测。提取患者血样核酸,利用基于纳米孔测序的宏基因组分析技术,查询病原线索;利用真菌ITS通用引物、马尔尼菲青霉菌PCR以及利什曼原虫、组织荚膜胞浆菌PCR引物进行鉴别;对患者血样进行真菌双相培养确诊。结果患者曾有不洁同性及异性性交史,常去东南亚地区旅行,临床症状及体征符合HIV感染表现,HIV初筛及确证实验为阳性,利什曼原虫抗体阴性。利用纳米孔测序仪MinION实际测序时间3.5 h,共获得84000条Reads,序列长度均值7088.7 base,最长为87471 base,最短为562 base,总数据量为495 Mb。将basecalling所获数据上传EPI2Me,以WIMP workflow分析,有63617条为人类基因组数据,13条马尔尼菲青霉菌序列;真菌ITS扩增测序结果鉴定为马尔尼菲青霉菌,马尔尼菲青霉菌PCR结果阳性,组织荚膜胞浆菌PCR阴性;真菌双相培养在25℃为霉菌样菌落,37℃为酵母样菌落,经鉴定均为马尔尼菲青霉菌。结论该患者为中国陕西省首次报道的HIV合并马尔尼菲青霉菌感染病例,基于纳米孔测序的宏基因组分析技术可做为临床疑难感染性疾病快速诊断的一种指示方法。
关键词
感染性疾病
纳米孔测序
马尔尼菲青霉菌
Keywords
infectious diseases
nanopore sequencing
Penicillium marneffei
分类号
R379 [医药卫生—病原生物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
纳米孔测序技术鉴定陕西省首例马尔尼菲青霉菌感染病例
马琳
刘东立
毛凌峰
王益群
丁龙
王安礼
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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