目的应用高通量蛋白质组学及生物信息学技术分析肺鳞癌表达蛋白质谱,筛选肺癌标志蛋白质,为肺鳞癌发病机制、早期诊断及治疗提供有价值的线索。方法 6例手术后新鲜肺鳞癌组织,通过激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)...目的应用高通量蛋白质组学及生物信息学技术分析肺鳞癌表达蛋白质谱,筛选肺癌标志蛋白质,为肺鳞癌发病机制、早期诊断及治疗提供有价值的线索。方法 6例手术后新鲜肺鳞癌组织,通过激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)分离纯化肿瘤细胞并提取可溶性总蛋白;多维液相色谱-离子阱串联质谱技术(也称鸟枪法蛋白质组学,shot gun proteomics)对蛋白质进行分离、鉴定;进一步通过生物信息学工具预测肺鳞癌细胞表达蛋白质的理化性质、分子功能、生物通路及蛋白质相互作用,并筛选潜在的标志蛋白。结果 LCM共收集了60个帽(cap)的感兴趣细胞,平均每个LCM cap捕获感兴趣细胞数约12000个,其同质性大于95%。可溶性总蛋白经多维液相色谱-离子阱串联质谱共鉴定出860个非冗余蛋白质。蛋白质的理化性质包括分子量、等电点、平均疏水性、跨膜结构域、亚细胞定位、转录后修饰和组织分布等经过在线生物信息学工具分析,并通过统计图直观显示;蛋白质生物学功能基于Gene Ontologyc(GO)软件和Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)生物学通路分析,根据其注解,筛选出3个有价值的蛋白质,即分裂素活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、粘联素A1(annexin A1,ANXA1)、高移动组蛋白B1(high mobility group protein B1,HMGPB1)可以作为肺鳞癌候选的标志蛋白。结论鸟枪法蛋白质组学可大规模分离、鉴定肿瘤细胞表达蛋白质,基于生物信息学筛选的标志蛋白质可能成为肺癌诊断和治疗的分子靶点。展开更多
目的基于网络药理学筛选丹参-红花药对配伍抗缺血性脑卒中的成分靶点、作用靶点,并对大脑中动脉阻塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)大鼠模型进行相关作用靶点的实验验证。方法①通过系统药理学平台(Traditional Chinese Medic...目的基于网络药理学筛选丹参-红花药对配伍抗缺血性脑卒中的成分靶点、作用靶点,并对大脑中动脉阻塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)大鼠模型进行相关作用靶点的实验验证。方法①通过系统药理学平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、基因名片(GeneCards)数据库筛选丹参-红花的有效成分、成分靶点及缺血性脑卒中的相关靶点;运用STRING数据库构建蛋白互作网络图(protein protein interaction network,PPI),并利用生物信息分析软件(Cytoscape3.8.0)构建成分靶点互作网络;利用David在线分析工具对目标基因进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和基因的京都百科全书和基因组(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。②采用改良MCAO法制备缺血性脑卒中大鼠模型,采用免疫组化法、实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)检测各组大鼠脑组织中NLR家族Pyrin域蛋白3(NLRP3)炎症小体和核转录因子-B(NF-kB)p65(NFkBp65)蛋白的阳性表达,探讨丹红配伍抗脑缺血损伤炎症反应的作用机制。结果①丹参-红花药对中筛选出87个有效成分,253个靶点,缺血性脑卒中疾病靶点1448个,药物与疾病相关靶点161个,通过GO分析得出730个生物学过程(biological process,BP),81个细胞组分(cellular component,CC),128个分子功能(molecular function,MF),通过KEGG分析得出127条信号通路。②免疫组化法和Real-time PCR测定结果显示,与假手术组比较,模型组大鼠脑组织中NLRP3炎症小体和NFkBp65蛋白表达明显增加(P<0.01),与模型组比较,丹红配伍组和尼莫地平组NLRP3炎症小体和NFkBp65蛋白表达明显降低(P<0.01)。结论丹红有效组分配伍能够通过NF-κB信号通路下调NLRP3炎症小体的释放,阻断炎症损伤环节,最终达到抗炎损伤的作用。展开更多
文摘目的应用高通量蛋白质组学及生物信息学技术分析肺鳞癌表达蛋白质谱,筛选肺癌标志蛋白质,为肺鳞癌发病机制、早期诊断及治疗提供有价值的线索。方法 6例手术后新鲜肺鳞癌组织,通过激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)分离纯化肿瘤细胞并提取可溶性总蛋白;多维液相色谱-离子阱串联质谱技术(也称鸟枪法蛋白质组学,shot gun proteomics)对蛋白质进行分离、鉴定;进一步通过生物信息学工具预测肺鳞癌细胞表达蛋白质的理化性质、分子功能、生物通路及蛋白质相互作用,并筛选潜在的标志蛋白。结果 LCM共收集了60个帽(cap)的感兴趣细胞,平均每个LCM cap捕获感兴趣细胞数约12000个,其同质性大于95%。可溶性总蛋白经多维液相色谱-离子阱串联质谱共鉴定出860个非冗余蛋白质。蛋白质的理化性质包括分子量、等电点、平均疏水性、跨膜结构域、亚细胞定位、转录后修饰和组织分布等经过在线生物信息学工具分析,并通过统计图直观显示;蛋白质生物学功能基于Gene Ontologyc(GO)软件和Kyoto encyclopedia of genes and genomes(KEGG)生物学通路分析,根据其注解,筛选出3个有价值的蛋白质,即分裂素活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)、粘联素A1(annexin A1,ANXA1)、高移动组蛋白B1(high mobility group protein B1,HMGPB1)可以作为肺鳞癌候选的标志蛋白。结论鸟枪法蛋白质组学可大规模分离、鉴定肿瘤细胞表达蛋白质,基于生物信息学筛选的标志蛋白质可能成为肺癌诊断和治疗的分子靶点。
文摘目的基于网络药理学筛选丹参-红花药对配伍抗缺血性脑卒中的成分靶点、作用靶点,并对大脑中动脉阻塞(middle cerebral artery occlusion,MCAO)大鼠模型进行相关作用靶点的实验验证。方法①通过系统药理学平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)、基因名片(GeneCards)数据库筛选丹参-红花的有效成分、成分靶点及缺血性脑卒中的相关靶点;运用STRING数据库构建蛋白互作网络图(protein protein interaction network,PPI),并利用生物信息分析软件(Cytoscape3.8.0)构建成分靶点互作网络;利用David在线分析工具对目标基因进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和基因的京都百科全书和基因组(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。②采用改良MCAO法制备缺血性脑卒中大鼠模型,采用免疫组化法、实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)检测各组大鼠脑组织中NLR家族Pyrin域蛋白3(NLRP3)炎症小体和核转录因子-B(NF-kB)p65(NFkBp65)蛋白的阳性表达,探讨丹红配伍抗脑缺血损伤炎症反应的作用机制。结果①丹参-红花药对中筛选出87个有效成分,253个靶点,缺血性脑卒中疾病靶点1448个,药物与疾病相关靶点161个,通过GO分析得出730个生物学过程(biological process,BP),81个细胞组分(cellular component,CC),128个分子功能(molecular function,MF),通过KEGG分析得出127条信号通路。②免疫组化法和Real-time PCR测定结果显示,与假手术组比较,模型组大鼠脑组织中NLRP3炎症小体和NFkBp65蛋白表达明显增加(P<0.01),与模型组比较,丹红配伍组和尼莫地平组NLRP3炎症小体和NFkBp65蛋白表达明显降低(P<0.01)。结论丹红有效组分配伍能够通过NF-κB信号通路下调NLRP3炎症小体的释放,阻断炎症损伤环节,最终达到抗炎损伤的作用。
