目的研究组蛋白H3K27ac修饰在肠型胃癌的全基因组分布情况,探讨其增强子及相关调控组重塑特征,建立临床预后评估模型。方法收集于2022年1-12月在我院消化内科就诊患者的15例肠型胃癌组织与18例正常胃黏膜组织进行靶向H3K27ac修饰的染色...目的研究组蛋白H3K27ac修饰在肠型胃癌的全基因组分布情况,探讨其增强子及相关调控组重塑特征,建立临床预后评估模型。方法收集于2022年1-12月在我院消化内科就诊患者的15例肠型胃癌组织与18例正常胃黏膜组织进行靶向H3K27ac修饰的染色质靶向捕获(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)测序,采用生物信息学分析,比较两种组织H3K27ac修饰在基因组的分布差异;基于H3K27ac修饰分布特征,鉴定增强子元件,探讨增强子及相关调控组的重塑特征;采用单因素Cox和多因素Cox等回归分析方法,构建增强子相关靶基因的预后预测模型。结果两种组织的H3K27ac修饰的基因组分布特征无明显差异,主要位于增强子区域;与正常胃黏膜相比,肠型胃癌增强子H3K27ac修饰的整体水平更高;共鉴定出8847个在肠型胃癌中活性增加的增强子(获得性增强子),占所有增强子的8.3%,其可能促进胃癌细胞增殖、黏附等恶性行为;联合6个获得性增强子相关靶基因(BHLHE41、CEP97、CHI3L2、NR6A1、SUPT3H和TOMM20)构建的预测模型,能够较好地推测患者总体生存期。结论增强子重塑是肠型胃癌显著的表观遗传学特征之一,增强子可能通过上调MYC、E2F3等基因表达促进癌细胞恶性增殖与黏附行为,并基于增强子靶基因构建预后模型。展开更多
目的描绘胃黏膜肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)(肠化)组织增强子标志H3K27ac修饰的全基因组分布图谱,探讨增强子调控肠化的作用机制。方法于本院收集41例肠化胃黏膜与21例正常胃黏膜进行H3K27ac染色质靶向切割和标签化(Cleavage ...目的描绘胃黏膜肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)(肠化)组织增强子标志H3K27ac修饰的全基因组分布图谱,探讨增强子调控肠化的作用机制。方法于本院收集41例肠化胃黏膜与21例正常胃黏膜进行H3K27ac染色质靶向切割和标签化(Cleavage Under Targets and Tagmentation,CUT&Tag)测序与RNA测序,比较两种组织的H3K27ac修饰数量、信号强度差异,分析增强子重编程特征;探讨增强子相关转录因子调控肠化基因表达的分子机制。结果相比正常胃黏膜,肠化组织的H3K27ac修饰数量、信号强度均显著增加,其重编程区域主要位于增强子;在肠化组织的高变异增强子基因座中,活性升高的增强子占92.4%,后者可能上调大量肠上皮细胞相关基因表达,改变肠化细胞表型和生物学特性;肠化增强子区域富集了CDX2等14个转录因子的结合基序,它们在肠化组织表达上调,组成转录因子调控网络,可能在增强子激活肠化相关基因表达中发挥重要作用。结论本研究采用表观组、转录组测序及整合分析,发现全基因组增强子重塑是肠化的一个重要表观修饰特征,增强子可能通过招募CDX2等转录因子形成调控网络,协同上调肠化相关基因表达。展开更多
目的绘制胃黏膜肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)(简称肠化)组织中沉默子(组蛋白H3K27me3修饰为标记)的全基因组分布图谱,揭示肠化发生的表观调控新机制。方法在陆军特色医学中心消化内科收集22例人正常胃窦黏膜及39例人胃窦肠化黏...目的绘制胃黏膜肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)(简称肠化)组织中沉默子(组蛋白H3K27me3修饰为标记)的全基因组分布图谱,揭示肠化发生的表观调控新机制。方法在陆军特色医学中心消化内科收集22例人正常胃窦黏膜及39例人胃窦肠化黏膜,采用低起始量细胞的染色质靶向捕获(Cleavage Under Targets and Tagmentation,CUT&Tag)测序技术检测基因组H3K27me3修饰情况,RNA测序检测转录组特征。利用Ngsplot、ChIPseeker、MAnorm2、ggbiplot、edgeR、Homer等工具分析沉默子信号及其对肠化组织基因表达调控作用。结果H3K27me3的CUT&Tag测序数据质量较好,正常胃黏膜和肠化组织H3K27me3修饰的全基因组分布特征无明显差异。肠化组织沉默子信号强度显著降低(P<0.05)。主成分分析发现,肠化组织的全局性沉默子特征与正常组织差异明显,表现为沉默子重塑。整合分析转录组数据发现,沉默子重塑可能是CDX1等肠化标志性基因表达增加、肠化相关信号通路激活的重要原因之一。沉默子信号丢失可能招募ATOH1(P<0.01)和ONECUT2(P<0.01)等转录因子形成网络,它们在肠化组织高表达,调控CDX1等肠化关键基因表达,影响营养物质代谢等细胞生物学过程。结论表观组、转录组学测序数据整合分析表明沉默子重塑是胃黏膜肠化的一种显著表观遗传特征,沉默子丢失区域可能招募ATOH1及ONECUT2等转录因子形成网络,调控肠化关键基因表达与肠化细胞的多种物质代谢过程。展开更多
文摘目的研究组蛋白H3K27ac修饰在肠型胃癌的全基因组分布情况,探讨其增强子及相关调控组重塑特征,建立临床预后评估模型。方法收集于2022年1-12月在我院消化内科就诊患者的15例肠型胃癌组织与18例正常胃黏膜组织进行靶向H3K27ac修饰的染色质靶向捕获(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)测序,采用生物信息学分析,比较两种组织H3K27ac修饰在基因组的分布差异;基于H3K27ac修饰分布特征,鉴定增强子元件,探讨增强子及相关调控组的重塑特征;采用单因素Cox和多因素Cox等回归分析方法,构建增强子相关靶基因的预后预测模型。结果两种组织的H3K27ac修饰的基因组分布特征无明显差异,主要位于增强子区域;与正常胃黏膜相比,肠型胃癌增强子H3K27ac修饰的整体水平更高;共鉴定出8847个在肠型胃癌中活性增加的增强子(获得性增强子),占所有增强子的8.3%,其可能促进胃癌细胞增殖、黏附等恶性行为;联合6个获得性增强子相关靶基因(BHLHE41、CEP97、CHI3L2、NR6A1、SUPT3H和TOMM20)构建的预测模型,能够较好地推测患者总体生存期。结论增强子重塑是肠型胃癌显著的表观遗传学特征之一,增强子可能通过上调MYC、E2F3等基因表达促进癌细胞恶性增殖与黏附行为,并基于增强子靶基因构建预后模型。
文摘目的描绘胃黏膜肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)(肠化)组织增强子标志H3K27ac修饰的全基因组分布图谱,探讨增强子调控肠化的作用机制。方法于本院收集41例肠化胃黏膜与21例正常胃黏膜进行H3K27ac染色质靶向切割和标签化(Cleavage Under Targets and Tagmentation,CUT&Tag)测序与RNA测序,比较两种组织的H3K27ac修饰数量、信号强度差异,分析增强子重编程特征;探讨增强子相关转录因子调控肠化基因表达的分子机制。结果相比正常胃黏膜,肠化组织的H3K27ac修饰数量、信号强度均显著增加,其重编程区域主要位于增强子;在肠化组织的高变异增强子基因座中,活性升高的增强子占92.4%,后者可能上调大量肠上皮细胞相关基因表达,改变肠化细胞表型和生物学特性;肠化增强子区域富集了CDX2等14个转录因子的结合基序,它们在肠化组织表达上调,组成转录因子调控网络,可能在增强子激活肠化相关基因表达中发挥重要作用。结论本研究采用表观组、转录组测序及整合分析,发现全基因组增强子重塑是肠化的一个重要表观修饰特征,增强子可能通过招募CDX2等转录因子形成调控网络,协同上调肠化相关基因表达。
文摘目的绘制胃黏膜肠上皮化生(intestinal metaplasia,IM)(简称肠化)组织中沉默子(组蛋白H3K27me3修饰为标记)的全基因组分布图谱,揭示肠化发生的表观调控新机制。方法在陆军特色医学中心消化内科收集22例人正常胃窦黏膜及39例人胃窦肠化黏膜,采用低起始量细胞的染色质靶向捕获(Cleavage Under Targets and Tagmentation,CUT&Tag)测序技术检测基因组H3K27me3修饰情况,RNA测序检测转录组特征。利用Ngsplot、ChIPseeker、MAnorm2、ggbiplot、edgeR、Homer等工具分析沉默子信号及其对肠化组织基因表达调控作用。结果H3K27me3的CUT&Tag测序数据质量较好,正常胃黏膜和肠化组织H3K27me3修饰的全基因组分布特征无明显差异。肠化组织沉默子信号强度显著降低(P<0.05)。主成分分析发现,肠化组织的全局性沉默子特征与正常组织差异明显,表现为沉默子重塑。整合分析转录组数据发现,沉默子重塑可能是CDX1等肠化标志性基因表达增加、肠化相关信号通路激活的重要原因之一。沉默子信号丢失可能招募ATOH1(P<0.01)和ONECUT2(P<0.01)等转录因子形成网络,它们在肠化组织高表达,调控CDX1等肠化关键基因表达,影响营养物质代谢等细胞生物学过程。结论表观组、转录组学测序数据整合分析表明沉默子重塑是胃黏膜肠化的一种显著表观遗传特征,沉默子丢失区域可能招募ATOH1及ONECUT2等转录因子形成网络,调控肠化关键基因表达与肠化细胞的多种物质代谢过程。
