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正常肺上皮细胞致瘤性转化中抑癌基因的全基因组筛选及数据库验证
被引量：
2
1
作者
赵斌瑜
张俊磊
+6 位作者
王加琪
阮艳
张月
刘恋恋
蹇锐
熊加祥
姚忠祥
《陆军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期503-512,共10页
目的利用CRISPR/Cas9敲除文库在人正常肺上皮细胞致瘤性转化过程中进行全基因组筛选,以发现新的人肺癌抑癌基因,并利用临床非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)样本数据库进行初步验证。方法构建稳定表达Cas9蛋白的人正常...
目的利用CRISPR/Cas9敲除文库在人正常肺上皮细胞致瘤性转化过程中进行全基因组筛选,以发现新的人肺癌抑癌基因,并利用临床非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)样本数据库进行初步验证。方法构建稳定表达Cas9蛋白的人正常肺上皮BEAS-2B细胞系,在该细胞中感染含有77441个单链向导RNA(sgRNA)、靶向19114个人类基因的Brunello慢病毒文库,于裸鼠皮下移植。提取全瘤体细胞(Tumor)及移植前细胞(Input)的全基因组DNA,扩增sgRNA序列,建库进行深度测序。通过分析Tumor中sgRNA读数占比及Tumor与Input中sgRNA读数差异倍数的改变,筛选功能缺失后诱导BEAS-2B细胞致瘤性转化的抑癌基因,并利用公共数据平台进行初步验证。结果成功在稳定表达Cas9蛋白的BEAS-2B细胞中进行了文库感染及裸鼠皮下成瘤实验。只有感染文库的细胞在部分接种位点成瘤。测序结果显示Tumor中只检测到少数sgRNA,选取sgRNA的读数占总读数的比例>1%或有2个及以上sgRNA被显著富集的38个基因为有效的人肺癌候选抑癌基因,包括NF2、PTEN等已知抑癌基因及未在肺癌中报道过的候选抑癌基因,如AP2M1、PSENEN等。富集分析发现候选抑癌基因在Notch和Hippo信号等参与癌症发生的关键生物学通路中富集。应用临床NSCLC样本数据库证实38个候选抑癌基因在NSCLC样本中均发生了突变,其中突变率>2%的17个基因中有14个与KRAS或TP53发生共突变,3个突变与预后相关;30个基因在NSCLC样本中的表达水平与正常癌旁组织有明显差异,17个基因的表达水平与患者的预后密切相关。结论利用体内全基因组CRISPR/Cas9技术筛选出38个人肺癌候选抑癌基因,并在临床NSCLC样本数据库中得到了初步验证。
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关键词
致瘤性转化
CRISPR/Cas9
抑癌基因
全基因组筛选
肺癌
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职称材料
膜联蛋白A6促进神经祖细胞定向少突胶质细胞分化发育的机制研究
2
作者
乐一帆
范睿诚
+1 位作者
徐扬
李红丽
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第21期2343-2349,共7页
目的探讨膜联蛋白A6(annexin A6,AnxA6)调控神经祖细胞(neural progenitor cells,NPCs)定向少突胶质细胞(oligodendrocytes,OLs)分化的作用机制。方法构建AnxA6基因敲减(AnxA6敲减组)和过表达(AnxA6过表达组)病毒载体,以空载体作为对照...
目的探讨膜联蛋白A6(annexin A6,AnxA6)调控神经祖细胞(neural progenitor cells,NPCs)定向少突胶质细胞(oligodendrocytes,OLs)分化的作用机制。方法构建AnxA6基因敲减(AnxA6敲减组)和过表达(AnxA6过表达组)病毒载体,以空载体作为对照组。运用qRT-PCR、Western blot、免疫荧光染色、活细胞钙成像等技术,对比检测AnxA6敲减与过表达后,体外培养的NPCs胞内Ca^(2+)的动态变化差异及其对定向分化转录因子Olig2(定向OLs)、Hes1、Ascl1等表达的影响,评估AnxA6对NPCs分化过程的影响。结果与对照组相比,AnxA6敲减组未见明显AnxA6蛋白条带(P<0.05),而AnxA6过表达组阳性蛋白条带光密度值显著升高(P<0.01);NPCs分化1 d后在静息状态下,AnxA6过表达组细胞可见胞内Ca2+自发振荡的频率和振幅均高于对照组和AnxA6敲减组;在NPCs分化3 d的细胞中,可见AnxA6过表达组Olig2 mRNA表达升高,而Hes1、Ascl1 mRNA则表达减少;Olig2荧光阳性细胞的百分率升高,CNPase荧光信号代表的髓鞘分布增大;同时突起形成相关细胞骨架因子Vimentin、Fyn mRNA的表达显著上调(P<0.05)。结论过表达AnxA6不仅能增强NPCs分化早期细胞内Ca^(2+)的动力变化,还促进OLs定向转录因子的表达,加快髓鞘形成。
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关键词
膜联蛋白A6
神经祖细胞
少突胶质细胞
钙离子
细胞分化
髓鞘形成
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职称材料
题名
正常肺上皮细胞致瘤性转化中抑癌基因的全基因组筛选及数据库验证
被引量：
2
1
作者
赵斌瑜
张俊磊
王加琪
阮艳
张月
刘恋恋
蹇锐
熊加祥
姚忠祥
机构
陆军
军医大学
(
第三军医大学
)
基础
医学院
生理学
教研室
陆军
军医大学
(
第三军医大学
)
基础
医学院
组织学
与胚胎学
教研室
陆军
军医大学
(
第三军医大学
)
基础
医学院
教学实验中心
陆军
军医大学
(
第三军医大学
)第一附属医院眼科
出处
《陆军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第6期503-512,共10页
基金
国家自然科学基金面上项目(32071014)
文摘
目的利用CRISPR/Cas9敲除文库在人正常肺上皮细胞致瘤性转化过程中进行全基因组筛选,以发现新的人肺癌抑癌基因,并利用临床非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)样本数据库进行初步验证。方法构建稳定表达Cas9蛋白的人正常肺上皮BEAS-2B细胞系,在该细胞中感染含有77441个单链向导RNA(sgRNA)、靶向19114个人类基因的Brunello慢病毒文库,于裸鼠皮下移植。提取全瘤体细胞(Tumor)及移植前细胞(Input)的全基因组DNA,扩增sgRNA序列,建库进行深度测序。通过分析Tumor中sgRNA读数占比及Tumor与Input中sgRNA读数差异倍数的改变,筛选功能缺失后诱导BEAS-2B细胞致瘤性转化的抑癌基因,并利用公共数据平台进行初步验证。结果成功在稳定表达Cas9蛋白的BEAS-2B细胞中进行了文库感染及裸鼠皮下成瘤实验。只有感染文库的细胞在部分接种位点成瘤。测序结果显示Tumor中只检测到少数sgRNA,选取sgRNA的读数占总读数的比例>1%或有2个及以上sgRNA被显著富集的38个基因为有效的人肺癌候选抑癌基因,包括NF2、PTEN等已知抑癌基因及未在肺癌中报道过的候选抑癌基因,如AP2M1、PSENEN等。富集分析发现候选抑癌基因在Notch和Hippo信号等参与癌症发生的关键生物学通路中富集。应用临床NSCLC样本数据库证实38个候选抑癌基因在NSCLC样本中均发生了突变,其中突变率>2%的17个基因中有14个与KRAS或TP53发生共突变,3个突变与预后相关;30个基因在NSCLC样本中的表达水平与正常癌旁组织有明显差异,17个基因的表达水平与患者的预后密切相关。结论利用体内全基因组CRISPR/Cas9技术筛选出38个人肺癌候选抑癌基因,并在临床NSCLC样本数据库中得到了初步验证。
关键词
致瘤性转化
CRISPR/Cas9
抑癌基因
全基因组筛选
肺癌
Keywords
neoplastic transformation
CRISPR/Cas9
tumor suppressor genes
genome-wide screening
lung cancer
分类号
R734.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
膜联蛋白A6促进神经祖细胞定向少突胶质细胞分化发育的机制研究
2
作者
乐一帆
范睿诚
徐扬
李红丽
机构
陆军
军医大学
(
第三军医大学
)
基础
医学院
组织学
与胚胎学
教研室
陆军
军医大学
(
第三军医大学
)第二附属医院妇产科
陆军
军医大学
(
第三军医大学
)
基础
医学院
教学实验中心
出处
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第21期2343-2349,共7页
基金
国家自然科学基金面上项目(31471148)。
文摘
目的探讨膜联蛋白A6(annexin A6,AnxA6)调控神经祖细胞(neural progenitor cells,NPCs)定向少突胶质细胞(oligodendrocytes,OLs)分化的作用机制。方法构建AnxA6基因敲减(AnxA6敲减组)和过表达(AnxA6过表达组)病毒载体,以空载体作为对照组。运用qRT-PCR、Western blot、免疫荧光染色、活细胞钙成像等技术,对比检测AnxA6敲减与过表达后,体外培养的NPCs胞内Ca^(2+)的动态变化差异及其对定向分化转录因子Olig2(定向OLs)、Hes1、Ascl1等表达的影响,评估AnxA6对NPCs分化过程的影响。结果与对照组相比,AnxA6敲减组未见明显AnxA6蛋白条带(P<0.05),而AnxA6过表达组阳性蛋白条带光密度值显著升高(P<0.01);NPCs分化1 d后在静息状态下,AnxA6过表达组细胞可见胞内Ca2+自发振荡的频率和振幅均高于对照组和AnxA6敲减组;在NPCs分化3 d的细胞中,可见AnxA6过表达组Olig2 mRNA表达升高,而Hes1、Ascl1 mRNA则表达减少;Olig2荧光阳性细胞的百分率升高,CNPase荧光信号代表的髓鞘分布增大;同时突起形成相关细胞骨架因子Vimentin、Fyn mRNA的表达显著上调(P<0.05)。结论过表达AnxA6不仅能增强NPCs分化早期细胞内Ca^(2+)的动力变化,还促进OLs定向转录因子的表达,加快髓鞘形成。
关键词
膜联蛋白A6
神经祖细胞
少突胶质细胞
钙离子
细胞分化
髓鞘形成
Keywords
annexinA6
neural progenitor cells
oligodendrocytes
Ca^(2+)
cell differentiation
myelination
分类号
R322.85 [医药卫生—人体解剖和组织胚胎学]
R329-33 [医药卫生—人体解剖和组织胚胎学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
正常肺上皮细胞致瘤性转化中抑癌基因的全基因组筛选及数据库验证
赵斌瑜
张俊磊
王加琪
阮艳
张月
刘恋恋
蹇锐
熊加祥
姚忠祥
《陆军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
膜联蛋白A6促进神经祖细胞定向少突胶质细胞分化发育的机制研究
乐一帆
范睿诚
徐扬
李红丽
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
0
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