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题名高糖环境对胰岛β细胞系转录组表达谱的影响
被引量：2
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作者
李向前
王丽娜
张梦军
陈晓玲
王莉
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机构
陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院全军免疫学研究所
陆军军医大学(第三军医大学)药学与检验医学系药物分析学教研室
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出处
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第7期584-592,共9页
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基金
国家自然科学基金面上项目(81871301)。
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文摘
目的研究高浓度葡萄糖刺激因素对1型糖尿病(type 1 diabetes, T1D)模型小鼠来源的胰岛β细胞系全转录组表达谱的影响,探讨高糖环境因素参与T1D发病的可能机制。方法将处于对数生长期的非肥胖糖尿病(non-obese diabetic, NOD)小鼠来源的胰岛β细胞系NIT-1细胞分为对照组(NIT1)和高糖处理组(HG),采用RNA-Seq技术进行全转录组测序,获取差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),并对DEGs进行GO注释以及KEGG Pathway富集性分析。结果 NIT1组和HG组之间共检测到DEGs 5 548个;其中HG组上调DEGs 2 701个,下调DEGs 2 847个,其中上调DEGs显著富集在内质网应激、内质网蛋白加工处理、泛素化介导的蛋白质降解、自噬、凋亡等途径;下调基因主要富集在核糖体、代谢、生物合成、细胞周期、DNA复制等途径。HG组部分关键T1D自身抗原的mRNA表达显著增加。结论高糖诱导胰岛β细胞系全转录组显著变化,表现出胰岛β细胞自身抗原的表达及抗原加工、处理能力增强,提示高糖因素可能与诱导β细胞自身免疫反应及T1D的发生、发展有关。
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关键词
1型糖尿病
高糖
胰岛Β细胞
转录组
自身抗原
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Keywords
diabetes mellitus
type 1
high glucose
isletβcells
transcriptome
auto-antigen
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分类号
R322.57
[医药卫生—人体解剖和组织胚胎学]
R363.13
[医药卫生—病理学]
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题名单细胞表观遗传测序技术最新进展
被引量：2
- 2
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作者
倪兵
高维武
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机构
陆军军医大学(第三军医大学)高原军事医学系病理生理学教研室
陆军军医大学(第三军医大学)基础医学院全军免疫学研究所
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出处
《陆军军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期74-78,共5页
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基金
中国科协青年人才托举工程项目(2019QNRC001)
陆军军医大学科技创新能力提升专项(2019XYY05,2020XQN02)。
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文摘
单细胞测序技术是目前解码组织、器官、细胞、分子异质性的重要热门工具,其主要基于二代测序技术,根据其检测对象可分为单细胞基因组学测序技术、单细胞表观组学测序技术、单细胞转录组学测序技术,以及可同时解析多个组学的单细胞多组学测序技术。表观遗传学是连接基因组学和细胞表型的重要调控环节,其可通过染色质的可及性、DNA和组蛋白的修饰、核小体的排列、染色质的三维构象等发挥转录调控等作用。目前,已开发了多种检测不同表观层面的单细胞测序新技术,绘制了多种组织、器官、细胞的多个表观层面异质性的图谱,初步阐述了细胞转录异质性的表观决定机制。未来的新技术和新算法,以及单细胞测序技术在生命科学和医学疾病中的应用,将有望深度解码组织、器官、细胞、分子的异质性以及异质性的调控机制。
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关键词
单细胞测序
表观组学
转录组学
二代测序
异质性
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Keywords
single-cell sequencing
epigenome
transcriptome
next-generation sequencing
heterogeneity
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分类号
R394-33
[医药卫生—医学遗传学]
R394.2
[医药卫生—医学遗传学]
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