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基于四交群体的连锁图谱构建(英文)
1
作者
蒋蓓蓓
余世洲
+2 位作者
肖炳光
楼向阳
徐海明
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期387-396,共10页
目前,遗传连锁图谱构建主要基于两纯系亲本交配的衍生群体,存在遗传多样性不足等局限,不适合于烟草等基因组多样性较低的物种,因为往往没有足够的多态性标记可用于图谱的构图,稀疏的标记图谱很难有效用于标记辅助选择及基因定位.本研究...
目前,遗传连锁图谱构建主要基于两纯系亲本交配的衍生群体,存在遗传多样性不足等局限,不适合于烟草等基因组多样性较低的物种,因为往往没有足够的多态性标记可用于图谱的构图,稀疏的标记图谱很难有效用于标记辅助选择及基因定位.本研究提出了基于四交群体的遗传图谱构建方法,通过计算机模拟验证了该方法的可行性和有效性,研制了配套的计算机分析程序.该方法的主要步骤及特点如下:1)基于最大似然法估计成对标记间的遗传距离;2)基于标记距离矩阵进行聚类分析,将标记分成不同的类群(连锁群);3)对每一连锁群,先确定连锁群两端的标记,再通过3标记间遗传距离的比较,将其他标记逐步插入到合适的排列位置,最终确定整个连锁群的标记顺序.蒙特卡洛模拟证实了该方法可行、有效,且适用于其他2个自交系亲本交配的衍生群体.
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关键词
四交群体
遗传距离
遗传图谱
连锁分析
蒙特卡洛模拟
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职称材料
题名
基于四交群体的连锁图谱构建(英文)
1
作者
蒋蓓蓓
余世洲
肖炳光
楼向阳
徐海明
机构
浙江
大学
农业与
生物
技术学院
生物
信息学研究所
云南省烟草农业科学研究院
阿拉巴马大学伯明翰分校生物统计系
浙江
大学
空气污染与健康研究中心
出处
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期387-396,共10页
基金
Supported by the National Natural Science Foundation of China(No.31271608)
the Yunnan Provincial Tobacco Company Project(No.08A05)
+1 种基金
the CNTC Science and Technology Project(No.110200701023)
the National Institutes of Health(No.DA025095)
文摘
目前,遗传连锁图谱构建主要基于两纯系亲本交配的衍生群体,存在遗传多样性不足等局限,不适合于烟草等基因组多样性较低的物种,因为往往没有足够的多态性标记可用于图谱的构图,稀疏的标记图谱很难有效用于标记辅助选择及基因定位.本研究提出了基于四交群体的遗传图谱构建方法,通过计算机模拟验证了该方法的可行性和有效性,研制了配套的计算机分析程序.该方法的主要步骤及特点如下:1)基于最大似然法估计成对标记间的遗传距离;2)基于标记距离矩阵进行聚类分析,将标记分成不同的类群(连锁群);3)对每一连锁群,先确定连锁群两端的标记,再通过3标记间遗传距离的比较,将其他标记逐步插入到合适的排列位置,最终确定整个连锁群的标记顺序.蒙特卡洛模拟证实了该方法可行、有效,且适用于其他2个自交系亲本交配的衍生群体.
关键词
四交群体
遗传距离
遗传图谱
连锁分析
蒙特卡洛模拟
Keywords
four-way cross population
genetic distance
genetic map
linkage analysis
Monte Carlo simulation
分类号
Q348 [生物学—遗传学]
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题名
作者
出处
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被引量
操作
1
基于四交群体的连锁图谱构建(英文)
蒋蓓蓓
余世洲
肖炳光
楼向阳
徐海明
《浙江大学学报（农业与生命科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2014
0
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