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人DMP1结构及功能的生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
黄燕
裴晋红
+5 位作者
李钰娜
栗学清
武翠玲
郑军
王博
宋丽华
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期1263-1268,共6页
目的预测分析人DMP1的结构与功能,为进一步探讨DMP1作用机制提供借鉴。方法生物信息学方法分析DMP1蛋白的理化性质、亚细胞定位、跨膜区和信号肽、二级结构、三级结构,潜在磷酸化及糖基化位点、蛋白相互作用网络、5’非翻译区潜在转录...
目的预测分析人DMP1的结构与功能,为进一步探讨DMP1作用机制提供借鉴。方法生物信息学方法分析DMP1蛋白的理化性质、亚细胞定位、跨膜区和信号肽、二级结构、三级结构,潜在磷酸化及糖基化位点、蛋白相互作用网络、5’非翻译区潜在转录因子结合位点和DMP1分子的进化保守性等指标。结果人DMP1蛋白是酸性亲水蛋白;信号肽切割位点位于第16与17位氨基酸之间,无跨膜区;主要二级结构形式为无规卷曲;磷酸化位点123个,O-糖基化位点118个、N-糖基化位点8个;DMP1具有利于蛋白间相互作用的结构特点,5’非翻译区存在多种转录因子潜在结合位点,人体各类组织均有表达,且具有在多种亚细胞结构中定位的特征。结论疏松的结构特征、表达的广泛性、丰富的修饰位点及多种转录因子结合位点均提示DMP1具有更为复杂的生物学功能。
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关键词
DMP1
生物信息学
结构
功能
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职称材料
Runx2在白藜芦醇诱导的小鼠BMSCs中的表达及生物信息学分析
2
作者
黄燕
霍静
+3 位作者
裴晋红
栗学清
汪军梅
宋丽华
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期1006-1012,共7页
为探讨成骨分化的主要调节因子Runt相关转录因子2(Runt-related transcription factor 2,Runx2)在白藜芦醇(resveratrol,RSVL)诱导小鼠骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cell,BMSCs)向成骨细胞分化中的作用,以及以Runx2...
为探讨成骨分化的主要调节因子Runt相关转录因子2(Runt-related transcription factor 2,Runx2)在白藜芦醇(resveratrol,RSVL)诱导小鼠骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cell,BMSCs)向成骨细胞分化中的作用,以及以Runx2为研究起点,通过生物信息学分析方法以表明白藜芦醇诱导BMSCs向成骨分化的可能机制。本研究用不同浓度的RSVL(10-9mol/L-10-7mol/L)作用小鼠骨髓间充质干细胞8 d。实时逆转录-聚合酶链反应及Western印记法检测Runx2的mRNA和蛋白质表达水平。生物信息学方法分析及预测鼠Runx2蛋白的性质及特征。结果表明,与对照组相比,10-9mol/L、10-8mol/L、10-7mol/L白藜芦醇诱导Runx2的mRNA表达水平分别增加6%(P> 0. 05)、30%(P<0. 01)、49%(P<0. 01);与对照组相比,10-9mol/L、10-8mol/L、10-7mol/L白藜芦醇诱导Runx2蛋白表达水平分别增加12%(P> 0. 05)、72%(P <0. 01)、94%(P <0. 01)。由此可见,白藜芦醇可显著上调BMSCs中Runx2的mRNA和蛋白质表达水平(P<0. 01),且10-7mol/L的白藜芦醇诱导作用最强。生物信息学预测得知,Runx2属于碱性不稳定蛋白质;二级结构中无规卷曲占主导;存在102个潜在的磷酸化位点、97个潜在O-糖基化位点和8个N-糖基化位点;Runx2具有利于蛋白质间相互作用的结构特点;P1启动子区潜在的转录因子结合位点共28处。疏松的结构特征、丰富的修饰位点及多种转录因子结合位点为探讨白藜芦醇诱导BMSCs的分子机制提供参考。
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关键词
Runt相关转录因子2
白藜芦醇
骨髓间充质干细胞
成骨分化
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职称材料
题名
人DMP1结构及功能的生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
黄燕
裴晋红
李钰娜
栗学清
武翠玲
郑军
王博
宋丽华
机构
长治
医学院
基础医学
部
生物
化学
教研室
长治
医学院
药学系
不详
出处
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期1263-1268,共6页
基金
山西省卫生计生委科研课题(201602024)
长治医学院科技创新团队项目(CX201413)
长治医学院大学生创新创业训练计划项目(D2017002)
文摘
目的预测分析人DMP1的结构与功能,为进一步探讨DMP1作用机制提供借鉴。方法生物信息学方法分析DMP1蛋白的理化性质、亚细胞定位、跨膜区和信号肽、二级结构、三级结构,潜在磷酸化及糖基化位点、蛋白相互作用网络、5’非翻译区潜在转录因子结合位点和DMP1分子的进化保守性等指标。结果人DMP1蛋白是酸性亲水蛋白;信号肽切割位点位于第16与17位氨基酸之间,无跨膜区;主要二级结构形式为无规卷曲;磷酸化位点123个,O-糖基化位点118个、N-糖基化位点8个;DMP1具有利于蛋白间相互作用的结构特点,5’非翻译区存在多种转录因子潜在结合位点,人体各类组织均有表达,且具有在多种亚细胞结构中定位的特征。结论疏松的结构特征、表达的广泛性、丰富的修饰位点及多种转录因子结合位点均提示DMP1具有更为复杂的生物学功能。
关键词
DMP1
生物信息学
结构
功能
Keywords
DMP1
bioinformatics
structure
function
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
Runx2在白藜芦醇诱导的小鼠BMSCs中的表达及生物信息学分析
2
作者
黄燕
霍静
裴晋红
栗学清
汪军梅
宋丽华
机构
长治
医学院
基础医学
部
生物
化学
教研室
长治医学院基础医学部生物教研室
长治
医学院
药学系
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第9期1006-1012,共7页
基金
山西省卫生和计划生育委员会科研课题(No.201602024)
长治医学院科技创新团队支持项目(No.CX201413)~~
文摘
为探讨成骨分化的主要调节因子Runt相关转录因子2(Runt-related transcription factor 2,Runx2)在白藜芦醇(resveratrol,RSVL)诱导小鼠骨髓间充质干细胞(bone marrow mesenchymal stem cell,BMSCs)向成骨细胞分化中的作用,以及以Runx2为研究起点,通过生物信息学分析方法以表明白藜芦醇诱导BMSCs向成骨分化的可能机制。本研究用不同浓度的RSVL(10-9mol/L-10-7mol/L)作用小鼠骨髓间充质干细胞8 d。实时逆转录-聚合酶链反应及Western印记法检测Runx2的mRNA和蛋白质表达水平。生物信息学方法分析及预测鼠Runx2蛋白的性质及特征。结果表明,与对照组相比,10-9mol/L、10-8mol/L、10-7mol/L白藜芦醇诱导Runx2的mRNA表达水平分别增加6%(P> 0. 05)、30%(P<0. 01)、49%(P<0. 01);与对照组相比,10-9mol/L、10-8mol/L、10-7mol/L白藜芦醇诱导Runx2蛋白表达水平分别增加12%(P> 0. 05)、72%(P <0. 01)、94%(P <0. 01)。由此可见,白藜芦醇可显著上调BMSCs中Runx2的mRNA和蛋白质表达水平(P<0. 01),且10-7mol/L的白藜芦醇诱导作用最强。生物信息学预测得知,Runx2属于碱性不稳定蛋白质;二级结构中无规卷曲占主导;存在102个潜在的磷酸化位点、97个潜在O-糖基化位点和8个N-糖基化位点;Runx2具有利于蛋白质间相互作用的结构特点;P1启动子区潜在的转录因子结合位点共28处。疏松的结构特征、丰富的修饰位点及多种转录因子结合位点为探讨白藜芦醇诱导BMSCs的分子机制提供参考。
关键词
Runt相关转录因子2
白藜芦醇
骨髓间充质干细胞
成骨分化
Keywords
Runt-related transcription factor 2(Runx2)
resveratrol
bone marrow-derived mesenchymal stem cell(BMSCs)
osteogenic differentiation
分类号
R285.5 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
人DMP1结构及功能的生物信息学分析
黄燕
裴晋红
李钰娜
栗学清
武翠玲
郑军
王博
宋丽华
《中国骨质疏松杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2019
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
Runx2在白藜芦醇诱导的小鼠BMSCs中的表达及生物信息学分析
黄燕
霍静
裴晋红
栗学清
汪军梅
宋丽华
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
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