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食用豆种质资源表型数据分析系统的设计与构建
被引量：
1
1
作者
王珅
周斌
+9 位作者
范保杰
彭建祥
王彦
谢志春
刘长友
时会影
沈颖超
耿立格
王冰冰
田静
《西北农林科技大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2023年第10期63-70,共8页
【目的】构建食用豆种质资源表型数据分析系统,为食用豆品种改良和基础研究提供丰富的种植资源和研究信息。【方法】借助河北省农林科学院粮油作物研究所保存的食用豆种质资源表型信息,基于B/S模式开发,利用LAMP(Linux+Apache+MySQL+Per...
【目的】构建食用豆种质资源表型数据分析系统,为食用豆品种改良和基础研究提供丰富的种植资源和研究信息。【方法】借助河北省农林科学院粮油作物研究所保存的食用豆种质资源表型信息,基于B/S模式开发,利用LAMP(Linux+Apache+MySQL+Perl/Python)环境,设计并构建了在线食用豆种质资源表型数据分析系统(https://breeding.biobin.com.cn/germ),并展示了该系统的主要功能和使用方法。【结果】构建了由数据层、处理层、表现层构成,可进行表型数据导入、检索与编辑的食用豆种质资源表型数据分析系统,该系统结合相关工具可进行表型相关性、层级聚类、划分聚类、遗传多样性指标等分析,且分析结果可视化。其中,表型鉴定可进行表型相似性与性状相关性分析,分析结果以雷达图或者线性回归图形式展示;表型相似性分析可以快速比较多个材料之间的数据,综合评价多个性状,选择更符合预期的育种材料;性状相关性分析可以分析任意两个性状之间的关联性,得到性状之间的关联程度。【结论】食用豆种质资源表型数据分析系统的构建有效解决了种质资源表型数据信息保存分散、不标准、分析利用困难等问题,实现了资源数字化管理、分析和共享,可用于我国食用豆育种及相关性状分析研究。
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关键词
食用豆
种质资源
表型数据分析系统
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职称材料
应用分子标记技术改进作物品种保护和监管
被引量：
34
2
作者
徐云碧
王冰冰
+2 位作者
张健
张嘉楠
李建生
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期1853-1870,共18页
植物品种保护是植物品种知识产权的重要组成部分。品种特异性、一致性和稳定性(distinctness,uniformity,and stability,DUS)检测和实质性派生品种(essentially derived variety,EDV)评价是植物品种保护中的2个重要概念。DUS-EDV评价经...
植物品种保护是植物品种知识产权的重要组成部分。品种特异性、一致性和稳定性(distinctness,uniformity,and stability,DUS)检测和实质性派生品种(essentially derived variety,EDV)评价是植物品种保护中的2个重要概念。DUS-EDV评价经历了从形态性状和系谱为主过渡到了综合利用形态、系谱和分子标记信息的阶段,并将发展到以分子检测为主的阶段。分子标记的主要类型也从RFLP发展到SSR和SNP。基于靶向测序-液相捕获的芯片技术,具有分析成本低、标记组配灵活、适合用于不同植物的DUS-EDV评价。利用分子标记检测进行DUS-EDV评价有2个重要策略,一是在全基因组范围内进行全局性的比较和分析,二是利用与重要表型有关的功能位点特异性进行局部性、特异性检测。应该针对DUS和EDV分别建立各自的评价标准。DUS可以根据分子标记提供的特殊指纹图谱、单倍型、特有等位基因、特异基因组区段、特异功能标记、最低遗传纯合度、品种内单株间的遗传差异作出判断。EDV的主要评价指标是利用全基因组均匀分布的高密度标记所获得的材料间的遗传相似性,而不是差异的标记数。所采用的分子标记的数量和基因组覆盖率是决定分子检测效率和可靠性的关键。利用少量标记所获得的品种比较具有较大的抽样误差。区别EDV和非EDV品种的相似性指标可因作物物种和所需要的品种保护水平而异。本文回顾了世界各国主要的作物品种保护实践,建议在利用分子标记保护品种知识产权和监管品种中,建立由各方面专家组成的咨询委员会,根据分子检测技术的发展和功能标记的开发,不断完善和加强DUS-EDV评价体系,建立权威的品种保护数据库系统,有序提供查询和比对服务,以鼓励种业创新。
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关键词
植物品种保护
特异性-一致性-稳定性(DUS)
实质性派生品种(EDV)
分子标记
分子检测
遗传相似性
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职称材料
题名
食用豆种质资源表型数据分析系统的设计与构建
被引量：
1
1
作者
王珅
周斌
范保杰
彭建祥
王彦
谢志春
刘长友
时会影
沈颖超
耿立格
王冰冰
田静
机构
河北省农林科学院粮油作物研究所/河北省作物遗传育种试验室
长沙百奥云数据科技有限公司
出处
《西北农林科技大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2023年第10期63-70,共8页
基金
国家重点研发计划项目(2019YFD1000704)
国家食用豆产业技术体系岗位专家科研专项(CARS-08-G03)
+1 种基金
河北省杂粮杂豆种业科技创新团队项目(21326305D)
河北省农林科学院基本科研业务费项目(2021060101)。
文摘
【目的】构建食用豆种质资源表型数据分析系统,为食用豆品种改良和基础研究提供丰富的种植资源和研究信息。【方法】借助河北省农林科学院粮油作物研究所保存的食用豆种质资源表型信息,基于B/S模式开发,利用LAMP(Linux+Apache+MySQL+Perl/Python)环境,设计并构建了在线食用豆种质资源表型数据分析系统(https://breeding.biobin.com.cn/germ),并展示了该系统的主要功能和使用方法。【结果】构建了由数据层、处理层、表现层构成,可进行表型数据导入、检索与编辑的食用豆种质资源表型数据分析系统,该系统结合相关工具可进行表型相关性、层级聚类、划分聚类、遗传多样性指标等分析,且分析结果可视化。其中,表型鉴定可进行表型相似性与性状相关性分析,分析结果以雷达图或者线性回归图形式展示;表型相似性分析可以快速比较多个材料之间的数据,综合评价多个性状,选择更符合预期的育种材料;性状相关性分析可以分析任意两个性状之间的关联性,得到性状之间的关联程度。【结论】食用豆种质资源表型数据分析系统的构建有效解决了种质资源表型数据信息保存分散、不标准、分析利用困难等问题,实现了资源数字化管理、分析和共享,可用于我国食用豆育种及相关性状分析研究。
关键词
食用豆
种质资源
表型数据分析系统
Keywords
food legumes
germplasm resources
phenotype data analysis system
分类号
S520.24 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
应用分子标记技术改进作物品种保护和监管
被引量：
34
2
作者
徐云碧
王冰冰
张健
张嘉楠
李建生
机构
中国农业科学院作物科学研究所
长沙百奥云数据科技有限公司
先正达集团中国
石家庄博瑞迪生物技术
有限公司
中国农业大学国家玉米改良中心
国际玉米小麦改良中心
出处
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期1853-1870,共18页
基金
国家重点研发计划项目(2016YFD0101803)
石家庄市科技孵化计划项目(191540089A)
+4 种基金
河北省创新能力提升计划项目新型研发机构建设专项(19962911D)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(Y2020PT20)
中国农业科学院农业科技创新计划(CAAS-XTCX2016009),中国农业科学院作物科学研究所中央非公益类基础研究项目
比尔盖茨基金会
CGIAR MAIZE项目资助。
文摘
植物品种保护是植物品种知识产权的重要组成部分。品种特异性、一致性和稳定性(distinctness,uniformity,and stability,DUS)检测和实质性派生品种(essentially derived variety,EDV)评价是植物品种保护中的2个重要概念。DUS-EDV评价经历了从形态性状和系谱为主过渡到了综合利用形态、系谱和分子标记信息的阶段,并将发展到以分子检测为主的阶段。分子标记的主要类型也从RFLP发展到SSR和SNP。基于靶向测序-液相捕获的芯片技术,具有分析成本低、标记组配灵活、适合用于不同植物的DUS-EDV评价。利用分子标记检测进行DUS-EDV评价有2个重要策略,一是在全基因组范围内进行全局性的比较和分析,二是利用与重要表型有关的功能位点特异性进行局部性、特异性检测。应该针对DUS和EDV分别建立各自的评价标准。DUS可以根据分子标记提供的特殊指纹图谱、单倍型、特有等位基因、特异基因组区段、特异功能标记、最低遗传纯合度、品种内单株间的遗传差异作出判断。EDV的主要评价指标是利用全基因组均匀分布的高密度标记所获得的材料间的遗传相似性,而不是差异的标记数。所采用的分子标记的数量和基因组覆盖率是决定分子检测效率和可靠性的关键。利用少量标记所获得的品种比较具有较大的抽样误差。区别EDV和非EDV品种的相似性指标可因作物物种和所需要的品种保护水平而异。本文回顾了世界各国主要的作物品种保护实践,建议在利用分子标记保护品种知识产权和监管品种中,建立由各方面专家组成的咨询委员会,根据分子检测技术的发展和功能标记的开发,不断完善和加强DUS-EDV评价体系,建立权威的品种保护数据库系统,有序提供查询和比对服务,以鼓励种业创新。
关键词
植物品种保护
特异性-一致性-稳定性(DUS)
实质性派生品种(EDV)
分子标记
分子检测
遗传相似性
Keywords
plant variety protection
distinctness-uniformity-stability(DUS)
essentially derived variety(EDV)
molecular marker
molecular diagnostics
genetic similarity
分类号
S325 [农业科学—作物遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
食用豆种质资源表型数据分析系统的设计与构建
王珅
周斌
范保杰
彭建祥
王彦
谢志春
刘长友
时会影
沈颖超
耿立格
王冰冰
田静
《西北农林科技大学学报（自然科学版）》
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
应用分子标记技术改进作物品种保护和监管
徐云碧
王冰冰
张健
张嘉楠
李建生
《作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
34
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职称材料
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