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蚕豆自噬基因鉴定及响应干旱胁迫分析
被引量：
3
1
作者
胡杨
刘昌燕
+7 位作者
廖芳丽
李莉
陈宏伟
刘良军
韩雪松
万正煌
卢碧林
沙爱华
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第4期689-696,共8页
【目的】根据转录组测序结果鉴定蚕豆自噬(Augophagy, ATG)基因,分析其对干旱胁迫的响应,为深入研究该类基因在干旱胁迫下的作用机制提供理论参考。【方法】利用蚕豆干旱胁迫转录组测序(RNA-seq)数据,根据swiss-port、NCBI、Ensemble等...
【目的】根据转录组测序结果鉴定蚕豆自噬(Augophagy, ATG)基因,分析其对干旱胁迫的响应,为深入研究该类基因在干旱胁迫下的作用机制提供理论参考。【方法】利用蚕豆干旱胁迫转录组测序(RNA-seq)数据,根据swiss-port、NCBI、Ensemble等数据库的注释,筛选和鉴定蚕豆ATG基因;通过Smart、MEGA-X、MEME等软件进行保守结构域、亚细胞定位预测、系统发育树和motif等进行生物信息学分析。基于转录组数据,分析ATG基因在蚕豆CDAS105(耐旱)和鄂蚕1号(敏感)品种中干旱胁迫下的表达差异。【结果】筛选注释得到12个蚕豆ATG基因,均含有Autophagy结构域。根据C端结构域的不同将其分成5个亚族:ATG3、ATG6、ATG8、ATG18和ATG26。蚕豆ATG基因与拟南芥、玉米、水稻、酵母共同构建的进化树,发现同一C端结构域的基因聚集在一起。亚细胞定位预测结果显示:11个蚕豆ATG基因定位于细胞外,1个ATG蛋白定位于细胞质中。基因结构分析表明,蚕豆ATG家族基因的DNA序列中均无内含子,且均由UTR区和CDS区组成。保守基序分析鉴定出这些蛋白含有20个mortif。基于干旱胁迫转录组数据的ATG基因表达模式分析结果显示,ATG18b、ATG18c和ATG8a在干旱处理16或64 h后在抗旱品种中较敏感品种表达上调,且ATG8a在抗旱品种中随着干旱处理时间的增加表达进一步增强。【结论】从蚕豆中鉴定得到了12个ATG基因,分布于5个亚家族,ATG8a、ATG18b和ATG18c响应干旱胁迫,可以作为潜在的基因资源改良蚕豆种子萌发耐旱能力。
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关键词
蚕豆
ATG家族
干旱胁迫
转录组测序
表达模式
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职称材料
病毒诱导基因沉默技术在豆科植物中的应用
被引量：
6
2
作者
魏正欣
孙虎
+3 位作者
向艳涛
蒋浩中
沙爱华
刘良军
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期497-502,共6页
病毒诱导基因沉默(virus-induced gene silencing,VIGS)是一种基于转录后基因沉默的反向遗传学研究方法,用于快速鉴定基因功能。该技术具有实验周期短、操作简便、低成本、高效率、获得表型快以及高通量等优点,被广泛地应用于植物基因...
病毒诱导基因沉默(virus-induced gene silencing,VIGS)是一种基于转录后基因沉默的反向遗传学研究方法,用于快速鉴定基因功能。该技术具有实验周期短、操作简便、低成本、高效率、获得表型快以及高通量等优点,被广泛地应用于植物基因功能研究。豆科植物作为人类食品中淀粉、蛋白质、油和蔬菜的重要来源之一,具有重要的经济价值。本文从VIGS的技术原理、VIGS载体的开发和改良、VIGS在豆科植物中的应用等方面进行了综述,分析了VIGS技术在豆科植物中存在的问题,并展望了其应用前景。
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关键词
豆科植物
病毒诱导基因沉默
VIGS载体
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职称材料
题名
蚕豆自噬基因鉴定及响应干旱胁迫分析
被引量：
3
1
作者
胡杨
刘昌燕
廖芳丽
李莉
陈宏伟
刘良军
韩雪松
万正煌
卢碧林
沙爱华
机构
长江大学农学院/主要粮食作物产业化湖北省协同创新中心/湿地生态与农业利用教育部工程研究中心
湖北省
农业
科
学院
粮食作物
研究
所/
粮食作物
种质
创新
与遗传改良
湖北省
重点实验室
荆州市种子管理局
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2021年第4期689-696,共8页
基金
国家重点研发计划资助(2019YFD1001302/2019 YFD1001300)
国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-09)
+1 种基金
国家食用豆产业技术体系建设专项(CARS-08-G13)
湖北省技术创新重大专项(2016ABA087,2018ABA090)。
文摘
【目的】根据转录组测序结果鉴定蚕豆自噬(Augophagy, ATG)基因,分析其对干旱胁迫的响应,为深入研究该类基因在干旱胁迫下的作用机制提供理论参考。【方法】利用蚕豆干旱胁迫转录组测序(RNA-seq)数据,根据swiss-port、NCBI、Ensemble等数据库的注释,筛选和鉴定蚕豆ATG基因;通过Smart、MEGA-X、MEME等软件进行保守结构域、亚细胞定位预测、系统发育树和motif等进行生物信息学分析。基于转录组数据,分析ATG基因在蚕豆CDAS105(耐旱)和鄂蚕1号(敏感)品种中干旱胁迫下的表达差异。【结果】筛选注释得到12个蚕豆ATG基因,均含有Autophagy结构域。根据C端结构域的不同将其分成5个亚族:ATG3、ATG6、ATG8、ATG18和ATG26。蚕豆ATG基因与拟南芥、玉米、水稻、酵母共同构建的进化树,发现同一C端结构域的基因聚集在一起。亚细胞定位预测结果显示:11个蚕豆ATG基因定位于细胞外,1个ATG蛋白定位于细胞质中。基因结构分析表明,蚕豆ATG家族基因的DNA序列中均无内含子,且均由UTR区和CDS区组成。保守基序分析鉴定出这些蛋白含有20个mortif。基于干旱胁迫转录组数据的ATG基因表达模式分析结果显示,ATG18b、ATG18c和ATG8a在干旱处理16或64 h后在抗旱品种中较敏感品种表达上调,且ATG8a在抗旱品种中随着干旱处理时间的增加表达进一步增强。【结论】从蚕豆中鉴定得到了12个ATG基因,分布于5个亚家族,ATG8a、ATG18b和ATG18c响应干旱胁迫,可以作为潜在的基因资源改良蚕豆种子萌发耐旱能力。
关键词
蚕豆
ATG家族
干旱胁迫
转录组测序
表达模式
Keywords
Vica faba L.
Autophagy
Drought stress
Transcriptome sequencing
Expression pattern
分类号
S643.6 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
病毒诱导基因沉默技术在豆科植物中的应用
被引量：
6
2
作者
魏正欣
孙虎
向艳涛
蒋浩中
沙爱华
刘良军
机构
长江大学农学院/主要粮食作物产业化湖北省协同创新中心/湿地生态与农业利用教育部工程研究中心
湖北省
农业
科
学院
粮食作物
研究
所/
粮食作物
种质
创新
与遗传改良
湖北省
重点实验室
出处
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第3期497-502,共6页
文摘
病毒诱导基因沉默(virus-induced gene silencing,VIGS)是一种基于转录后基因沉默的反向遗传学研究方法,用于快速鉴定基因功能。该技术具有实验周期短、操作简便、低成本、高效率、获得表型快以及高通量等优点,被广泛地应用于植物基因功能研究。豆科植物作为人类食品中淀粉、蛋白质、油和蔬菜的重要来源之一,具有重要的经济价值。本文从VIGS的技术原理、VIGS载体的开发和改良、VIGS在豆科植物中的应用等方面进行了综述,分析了VIGS技术在豆科植物中存在的问题,并展望了其应用前景。
关键词
豆科植物
病毒诱导基因沉默
VIGS载体
Keywords
Leguminous plants
virus-induced gene silencing
VIGS vectors
分类号
S565.1 [农业科学—作物学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蚕豆自噬基因鉴定及响应干旱胁迫分析
胡杨
刘昌燕
廖芳丽
李莉
陈宏伟
刘良军
韩雪松
万正煌
卢碧林
沙爱华
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2021
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
病毒诱导基因沉默技术在豆科植物中的应用
魏正欣
孙虎
向艳涛
蒋浩中
沙爱华
刘良军
《中国油料作物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
6
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职称材料
已选择
0
条
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