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基于生物信息学分析CCND2在甲状腺乳头状癌中的表达及其对免疫浸润的影响
1
作者 王沁智 宋冰 +4 位作者 郝诗睿 肖志远 金连辉 郑通 柴芳 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期981-988,共8页
目的探讨凋亡相关基因细胞周期蛋白D2(CCND2)在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床病理的联系。方法通过公共数据库TCGA、TIMER 2.0和UALCAN获取CCND2的表达情况;采用ROC曲线对甲状腺乳头状癌(PTC)组织和癌旁组织进行鉴别;使用基因本体... 目的探讨凋亡相关基因细胞周期蛋白D2(CCND2)在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床病理的联系。方法通过公共数据库TCGA、TIMER 2.0和UALCAN获取CCND2的表达情况;采用ROC曲线对甲状腺乳头状癌(PTC)组织和癌旁组织进行鉴别;使用基因本体功能注释(GO)对CCND2相关差异基因(DEGs)进行富集分析;使用TIMER数据库和CIBERSORT数据源分析甲状腺癌中CCND2的肿瘤免疫浸润情况;采用RT-qPCR和Western blot检测人甲状腺正常细胞系Nthy-ori-3-1和人甲状腺乳头状癌细胞系TPC-1、BCPAP中CCND2表达量;采用免疫组织化学SABC法检测PTC及癌旁组织中CCND2表达,并探讨其与临床病理的联系。结果TCGA、TIMER2.0、UALCAN分析显示,与癌旁组织相比,CCND2 mRNA在甲状腺癌中高表达(P<0.001),并且与Stage分期、性别、年龄、病理亚型及区域淋巴结受累情况有关(P<0.05);ROC结果显示,截断值为4.983时,CCND2的灵敏度、特异度和准确度分别为83.6%、94.9%和78.5%;GO分析表明CCND2的差异表达与免疫功能有关;TIMER数据库显示,CCND2表达与B细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞呈正相关(partial.cor>0,P<0.001),而与CD8^(+)T细胞呈负相关(partial.cor<0,P<0.01)。CIBERSORT数据库显示,CCND2表达与B细胞记忆渗透水平、CD4^(+)T细胞记忆激活状态、M2巨噬细胞表达水平、肥大细胞静息状态和肥大细胞激活状态显著相关(P<0.05)。RT-qPCR及Western blot结果显示,CCND2在细胞系TPC-1、BCPAP中的表达量高于Nthy-ori-3-1(P<0.01)。免疫组织化学结果显示,CCND2在PTC中的阳性表达高于癌旁组织(P<0.05)且与肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05)。结论PTC中CCND2表达上调可能与肿瘤进展及免疫细胞浸润密切相关。 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 细胞周期蛋白D2 生物信息学 肿瘤免疫浸润
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微小RNA-186-5p(miR-186-5p)下调TLR3表达抑制高糖诱导的心肌细胞凋亡 被引量：4
2
作者 刘叶 宋冰 +1 位作者 郑魏 胡晶 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第10期877-883,共7页
目的研究高糖处理AC16心肌细胞微小RNA-186-5p(miR-186-5p)、Toll样受体3(TLR3)表达水平的变化及其与心肌细胞凋亡的关系。方法靶基因预测数据库Target Scan7.1预测miR-186-5p可直接作用于TLR3,采用高糖诱导培养的人AC16心肌细胞,建立... 目的研究高糖处理AC16心肌细胞微小RNA-186-5p(miR-186-5p)、Toll样受体3(TLR3)表达水平的变化及其与心肌细胞凋亡的关系。方法靶基因预测数据库Target Scan7.1预测miR-186-5p可直接作用于TLR3,采用高糖诱导培养的人AC16心肌细胞,建立糖尿病心肌病模型。采用实时定量PCR检测心肌细胞miR-186-5p水平,Western blot法检测心肌细胞TLR3表达水平。采用细胞转染过表达或降低miR-186-5p或TLR3水平,通过流式细胞术检测心肌细胞凋亡情况,Western blot法检测心肌细胞裂解型胱天蛋白酶3(c-caspase-3)的蛋白表达,荧光素酶报告基因检测miR-186-5p与TLR3的相互作用。结果生物信息学分析和荧光素酶活性测定证实TLR3为miR-186-5p直接作用的靶基因,高糖处理的心肌细胞miR-186-5p表达下调,过表达miR-186-5p可逆转高糖诱导的细胞凋亡,并降低c-caspase-3蛋白水平。下调TLR3水平抑制高糖诱导的细胞凋亡并降低c-caspase-3蛋白水平。过表达TLR3可以上调miR-186-5p抑制高糖诱导的心肌细胞凋亡水平。TLR3表达水平升高可逆转miR-186-5p抑制HG诱导心肌细胞凋亡的作用。结论miR-186-5p通过下调TLR3表达抑制高糖诱导的心肌细胞凋亡。 展开更多
关键词 微小RNA-186-5p(miR-186-5p) Toll样受体3(TLR3) 心肌细胞 细胞凋亡 高糖
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细胞凋亡相关基因CD44在甲状腺癌组织中的表达及其与肿瘤侵袭和免疫细胞浸润关系的生物信息学分析 被引量：2
3
作者 肖志远 宋冰 +3 位作者 马鑫雨 金连辉 郑通 柴芳 《吉林大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期473-481,共9页
目的:通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因(ARGs)透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌(THCA)组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据... 目的:通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因(ARGs)透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌(THCA)组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获得THCA凋亡相关的差异表达基因(DEGs)表达谱,选取表达上调的CD44基因,分析THCA组织和癌旁组织中CD44 mRNA表达水平;采用受试者工作特征(ROC)曲线对THCA组织与癌旁组织进行鉴别;采用基因本体功能注释(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因集富集分析(GSEA)对DEGs进行功能及通路富集分析;采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,通过Cytoscape软件进行可视化;采用TIMER数据库分析THCA组织中CD44 mRNA表达和TILs浸润丰度之间的相关性;使用R语言分析CD44蛋白表达与免疫检查点的关系。选取110例THCA患者标本,采用免疫组织化学SABC法检测THCA组织及相对应的癌旁组织中CD44蛋白表达情况。结果:TCGA数据库分析,与癌旁组织比较,THCA组织中CD44 mRNA表达水平明显升高(P<0.05);ROC曲线分析,在临界值为6.855时,CD44的灵敏度、特异度和准确性分别为89.71%、75.13%和72.91%;GO和KEGG分析,DEGs主要富集在凋亡相关通路;GSEA分析,DEGs与中性粒细胞脱颗粒反应有关;TIMER数据库分析,THCA组织中CD44 mRNA表达水平与B细胞、巨噬细胞、CD4+T淋巴细胞、树突状细胞和中性粒细胞浸润丰度呈正相关关系(partial. cor>0,P<0.01),与肿瘤纯度和CD8+T淋巴细胞浸润丰度无关(partial. cor≤0,P<0.01);在THCA组织中CD44蛋白表达水平与9个免疫检查点基因呈正相关关系(P<0.01),与1个免疫检查点基因呈负相关关系(P<0.01);免疫组织化学SABC法检测,THCA组织中CD44蛋白阳性表达率高于癌旁组织(P<0.01);THCA组织中CD44蛋白表达与肿瘤直径和淋巴结转移有关(P<0.05),与患者性别、年龄和腺外侵犯无关(P>0.05)。结论:CD44在THCA组织中高表达可能与肿瘤的进展及肿瘤的多种免疫反应有关。 展开更多
关键词 甲状腺肿瘤 生物信息学 透明质酸受体蛋白 肿瘤免疫浸润 免疫检查点
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