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基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
赵莹
赵丹玉
刘超
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期142-153,共12页
目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组...
目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)数据库分析TXNDC11蛋白在肿瘤组织和正常组织间表达的差异;采用基因表达谱交互分析网站(GEPIA)分析TXNDC11表达与泛癌分期之间的关系;采用Kaplan-Meier Plotter在线网站分析TXNDC11表达与泛癌患者生存预后的关系;采用TIMER数据库分析各种肿瘤组织中TXNDC11蛋白表达与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性;采用SangerBox数据库分析TXNDC11蛋白与免疫检查点的关系。结果:ONCOMINE数据库分析,与癌旁正常组织比较,结肠癌(COAD)、胃腺癌(STAD)和肉瘤(SARC)组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显降低(P<0.05),而乳腺癌(BRCA)、食管癌(ESCA)、肾嫌色细胞癌(KICH)和胰腺癌(PAAD)组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显升高(P<0.01)。TIMER数据库分析,BRCA、胆管癌(CHOL)、ESCA、胶质母细胞瘤(GBM)、头颈鳞状细胞癌(HNSC)和前列腺癌(PRAD)组织中TXNDC11蛋白表达水平升高,COAD、肾乳头状细胞癌(KIRP)、肺腺癌(LUAD)、肺鳞状细胞癌(LUSC)、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(PCPG)、直肠腺癌(READ)和甲状腺癌(THCA)组织中TXNDC11呈明显低表达。CPTAC数据库分析,肾透明细胞癌(KIRC)和子宫内膜癌(UCEC)组织中TXNDC11蛋白表达水平明显高于癌旁正常组织(P<0.01),而BRCA、卵巢癌(OV)和COAD组织中TXNDC11蛋白表达水平明显低于癌旁正常组织(P<0.05或P<0.01)。GEPIA数据库分析,TXNDC11表达水平与LUAD、卵巢浆液性囊腺癌、THCA和UCEC患者的临床病理分期有密切关联(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库分析,膀胱尿路上皮癌(BLCA)(HR=0.71,P=0.024)、BRCA(HR=0.68,P=0.021)、ESCA(HR=0.39,P=0.0051)、HNSC(HR=0.72,P=0.026)、KIRC(HR=0.41,P=0.0026)、LUAD(HR=0.53,P<0.01)、READ(HR=0.34,P=0.014)、SARC(HR=0.61,P=0.016)、胸腺癌(THYM)(HR=0.14,P=0.0042)、THCA(HR=0.35,P=0.043)和UCEC(HR=0.36,P<0.01)组织中TXNDC11的高表达与肿瘤患者的良好预后有关联。TIMER数据库分析,TXNDC11表达与22种肿瘤组织中B细胞浸润水平有相关性(P<0.05),TXNDC11表达与16种肿瘤组织中CD4+T淋巴细胞浸润水平、25种肿瘤组织中CD8+T淋巴细胞浸润水平、22种肿瘤组织中中性粒细胞浸润水平、22种肿瘤组织中巨噬细胞浸润水平和23种肿瘤组织中树突状细胞浸润水平有明显相关性(P<0.05);TXNDC11表达与COAD、LUSC、HNSC、SARC和皮肤黑色素瘤(SKCM)的免疫细胞具有明显相关性(P<0.01)。SangerBox数据库分析,TXNDC11在多种肿瘤组织中与多个免疫检查点基因表达水平有明显相关性(P<0.05)。结论:泛癌分析中,TXNDC11在多种肿瘤组织中普遍低表达,且TXNDC11与多种肿瘤患者的预后生存有密切关联。TXNDC11可作为一个重要的肿瘤预后预测因子,并在一定程度上调节多种肿瘤的免疫反应。
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关键词
硫氧还蛋白结构域11
泛癌
预后
免疫浸润
免疫检查点
生物信息学
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职称材料
蛋白激酶WEE1在胃癌组织中的表达及其临床意义
被引量：
1
2
作者
李菁
金玉
+3 位作者
李启阳
许英卓
刘超
肖建英
《中国临床解剖学杂志》
CSCD
北大核心
2020年第6期680-684,690,共6页
目的探讨蛋白激酶WEE1在胃癌组织中的表达及其与胃癌临床指标的相关性,并阐述其在胃癌发生发展中的作用。方法使用Oncomine数据库分析WEE1在胃腺癌和胃黏膜组织中的表达差异。选取100例胃腺癌和80例癌旁组织标本,通过免疫组织化学法和...
目的探讨蛋白激酶WEE1在胃癌组织中的表达及其与胃癌临床指标的相关性,并阐述其在胃癌发生发展中的作用。方法使用Oncomine数据库分析WEE1在胃腺癌和胃黏膜组织中的表达差异。选取100例胃腺癌和80例癌旁组织标本,通过免疫组织化学法和组织芯片技术检测WEE1蛋白在胃癌和癌旁组织中的表达水平。对免疫组织化学结果中染色的比例以及染色程度进行半定量分析,对半定量分析结果与胃癌临床指标进行相关性分析。使用RT-PCR和Western blotting检测WEE1在胃癌和癌旁组织中的mRNA和蛋白表达水平。结果WEE1在100例胃癌患者中的阳性率为86%,高表达86例,低表达14例。通过Oncomine数据库分析,蛋白激酶WEE1在胃腺癌中的表达明显高于胃黏膜组织中的表达(P<0.01)。免疫组化、RT-PCR和Western blotting均显示,WEE1在胃癌组织中的表达明显高于癌旁组织(P<0.01);免疫组化还显示WEE1的表达量随着胃癌组织分期的增加而增加(P<0.01)。结论蛋白激酶WEE1在胃癌组织中高表达,提示其可作为胃癌治疗靶点之一。
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关键词
蛋白激酶WEE1
胃癌
免疫组织化学
组织芯片
免疫印迹
逆转录-聚合酶链反应
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职称材料
题名
基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
赵莹
赵丹玉
刘超
机构
锦州医科大学基础医学院遗传学教研室
辽宁中医药
大学
中西医结合
学院
生物化学与分子生物学
教研室
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第1期142-153,共12页
基金
国家自然科学基金项目(32171153,81803854)
辽宁省教育厅科研基金项目(JYTJCZR2020075)
辽宁省教育厅高等学校创新人才项目(LR2016075,LR2019041)。
文摘
目的:通过生物信息学方法探讨硫氧还蛋白结构域11(TXNDC11)在泛癌预后分析中的作用及与肿瘤免疫细胞浸润的关系,阐明其对肿瘤的预后评估价值。方法:采用ONCOMINE和TIMER数据库综合分析TXNDC11 mRNA和蛋白在肿瘤组织及相对应癌旁正常组织中的表达;采用临床蛋白质组肿瘤分析协作组(CPTAC)数据库分析TXNDC11蛋白在肿瘤组织和正常组织间表达的差异;采用基因表达谱交互分析网站(GEPIA)分析TXNDC11表达与泛癌分期之间的关系;采用Kaplan-Meier Plotter在线网站分析TXNDC11表达与泛癌患者生存预后的关系;采用TIMER数据库分析各种肿瘤组织中TXNDC11蛋白表达与肿瘤免疫浸润细胞之间的相关性;采用SangerBox数据库分析TXNDC11蛋白与免疫检查点的关系。结果:ONCOMINE数据库分析,与癌旁正常组织比较,结肠癌(COAD)、胃腺癌(STAD)和肉瘤(SARC)组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显降低(P<0.05),而乳腺癌(BRCA)、食管癌(ESCA)、肾嫌色细胞癌(KICH)和胰腺癌(PAAD)组织中TXNDC11 mRNA表达水平明显升高(P<0.01)。TIMER数据库分析,BRCA、胆管癌(CHOL)、ESCA、胶质母细胞瘤(GBM)、头颈鳞状细胞癌(HNSC)和前列腺癌(PRAD)组织中TXNDC11蛋白表达水平升高,COAD、肾乳头状细胞癌(KIRP)、肺腺癌(LUAD)、肺鳞状细胞癌(LUSC)、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤(PCPG)、直肠腺癌(READ)和甲状腺癌(THCA)组织中TXNDC11呈明显低表达。CPTAC数据库分析,肾透明细胞癌(KIRC)和子宫内膜癌(UCEC)组织中TXNDC11蛋白表达水平明显高于癌旁正常组织(P<0.01),而BRCA、卵巢癌(OV)和COAD组织中TXNDC11蛋白表达水平明显低于癌旁正常组织(P<0.05或P<0.01)。GEPIA数据库分析,TXNDC11表达水平与LUAD、卵巢浆液性囊腺癌、THCA和UCEC患者的临床病理分期有密切关联(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter数据库分析,膀胱尿路上皮癌(BLCA)(HR=0.71,P=0.024)、BRCA(HR=0.68,P=0.021)、ESCA(HR=0.39,P=0.0051)、HNSC(HR=0.72,P=0.026)、KIRC(HR=0.41,P=0.0026)、LUAD(HR=0.53,P<0.01)、READ(HR=0.34,P=0.014)、SARC(HR=0.61,P=0.016)、胸腺癌(THYM)(HR=0.14,P=0.0042)、THCA(HR=0.35,P=0.043)和UCEC(HR=0.36,P<0.01)组织中TXNDC11的高表达与肿瘤患者的良好预后有关联。TIMER数据库分析,TXNDC11表达与22种肿瘤组织中B细胞浸润水平有相关性(P<0.05),TXNDC11表达与16种肿瘤组织中CD4+T淋巴细胞浸润水平、25种肿瘤组织中CD8+T淋巴细胞浸润水平、22种肿瘤组织中中性粒细胞浸润水平、22种肿瘤组织中巨噬细胞浸润水平和23种肿瘤组织中树突状细胞浸润水平有明显相关性(P<0.05);TXNDC11表达与COAD、LUSC、HNSC、SARC和皮肤黑色素瘤(SKCM)的免疫细胞具有明显相关性(P<0.01)。SangerBox数据库分析,TXNDC11在多种肿瘤组织中与多个免疫检查点基因表达水平有明显相关性(P<0.05)。结论:泛癌分析中,TXNDC11在多种肿瘤组织中普遍低表达,且TXNDC11与多种肿瘤患者的预后生存有密切关联。TXNDC11可作为一个重要的肿瘤预后预测因子,并在一定程度上调节多种肿瘤的免疫反应。
关键词
硫氧还蛋白结构域11
泛癌
预后
免疫浸润
免疫检查点
生物信息学
Keywords
Thioredoxin Domain Containing 11
Pan-cancer prognosis
Immune infiltration
Immune checkpoint
Bioinformatics analysis
分类号
R730 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
蛋白激酶WEE1在胃癌组织中的表达及其临床意义
被引量：
1
2
作者
李菁
金玉
李启阳
许英卓
刘超
肖建英
机构
锦州
医科
大学
基础
医学院
生物化学与分子生物学
教研室
锦州医科大学基础医学院遗传学教研室
出处
《中国临床解剖学杂志》
CSCD
北大核心
2020年第6期680-684,690,共6页
基金
国家自然资金资助课题(81270698,31371173,81401199)
辽宁省科技厅科学技术计划项目资助课题(2015020697)
辽宁省教育厅高等学校创新人才项目资助课题(LR2016075)。
文摘
目的探讨蛋白激酶WEE1在胃癌组织中的表达及其与胃癌临床指标的相关性,并阐述其在胃癌发生发展中的作用。方法使用Oncomine数据库分析WEE1在胃腺癌和胃黏膜组织中的表达差异。选取100例胃腺癌和80例癌旁组织标本,通过免疫组织化学法和组织芯片技术检测WEE1蛋白在胃癌和癌旁组织中的表达水平。对免疫组织化学结果中染色的比例以及染色程度进行半定量分析,对半定量分析结果与胃癌临床指标进行相关性分析。使用RT-PCR和Western blotting检测WEE1在胃癌和癌旁组织中的mRNA和蛋白表达水平。结果WEE1在100例胃癌患者中的阳性率为86%,高表达86例,低表达14例。通过Oncomine数据库分析,蛋白激酶WEE1在胃腺癌中的表达明显高于胃黏膜组织中的表达(P<0.01)。免疫组化、RT-PCR和Western blotting均显示,WEE1在胃癌组织中的表达明显高于癌旁组织(P<0.01);免疫组化还显示WEE1的表达量随着胃癌组织分期的增加而增加(P<0.01)。结论蛋白激酶WEE1在胃癌组织中高表达,提示其可作为胃癌治疗靶点之一。
关键词
蛋白激酶WEE1
胃癌
免疫组织化学
组织芯片
免疫印迹
逆转录-聚合酶链反应
Keywords
Protein kinase WEE1
Gastric cancer
Immunohistochemistry
Tissue microarray
Western blotting
RT-PCR
分类号
R735.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于TXNDC11基因对泛癌的预后评估价值及其免疫调节作用的生物信息学分析
赵莹
赵丹玉
刘超
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
蛋白激酶WEE1在胃癌组织中的表达及其临床意义
李菁
金玉
李启阳
许英卓
刘超
肖建英
《中国临床解剖学杂志》
CSCD
北大核心
2020
1
在线阅读
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职称材料
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