目的从生物信息学角度了解空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18的跨膜结构、B细胞抗原表位及其抗原性、基因序列保守性等特征,并鉴定空肠弯曲菌主要外膜蛋白优势B细胞抗原表位,为后续抗体检测和疫苗研究提供实验依据。方法使用NCBI/Blast,TMHMM...目的从生物信息学角度了解空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18的跨膜结构、B细胞抗原表位及其抗原性、基因序列保守性等特征,并鉴定空肠弯曲菌主要外膜蛋白优势B细胞抗原表位,为后续抗体检测和疫苗研究提供实验依据。方法使用NCBI/Blast,TMHMM Server V2.0,DNA Star等生物信息学分析软件对空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18进行蛋白跨膜结构预测、线性B细胞抗原表位及其抗原性分析、并对不同空肠弯曲菌OMP18蛋白的氨基酸序列同源性进行比较。采用空肠弯曲菌全菌抗体IgG为一抗,基于ELISA技术对优势线性B细胞抗原表位进行筛选鉴定。结果生物信息学预测结果表明外膜蛋白OMP18定位于空肠弯曲菌外膜且不存在跨膜结构。蛋白序列保守存在于各空肠弯曲菌株中,序列同源性达95%以上。同时,我们发现该外膜蛋白中存在3个明显的B细胞线性表位,且具有很强的抗原性。ELISA检测鉴定结果表明3个B细胞抗原表位都能有效识别空肠弯曲菌全菌抗体。结论空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18保守存在于细菌表面,存在3个重要的B细胞线性抗原表位,可用于后续的抗体检测和疫苗开发研究。展开更多
目的利用生物信息学预测分析空肠弯曲菌AhpC的跨膜结构、信号肽及B细胞抗原表位,并分析空肠弯曲菌AhpC优势B细胞抗原表位的抗原性,为后续疫苗研究提供依据。方法使用TMHMM Server V2.0、SignalP 4.1、IEDB等生物信息学分析软件对空肠弯...目的利用生物信息学预测分析空肠弯曲菌AhpC的跨膜结构、信号肽及B细胞抗原表位,并分析空肠弯曲菌AhpC优势B细胞抗原表位的抗原性,为后续疫苗研究提供依据。方法使用TMHMM Server V2.0、SignalP 4.1、IEDB等生物信息学分析软件对空肠弯曲菌AhpC进行蛋白跨膜结构预测、信号肽及线性B细胞抗原表位进行预测分析。分别以原核表达的空肠弯曲菌AhpC蛋白和化学合成的表位肽为抗原,空肠弯曲菌AhpC抗体为一抗,通过ELISA及Dot blot对优势线性B细胞抗原表位的抗原性进行分析及筛选。结果生物信息学预测结果表明AhpC定位于空肠弯曲菌外膜,无跨膜结构,无信号肽,同时该蛋白中存在7个的B细胞线性表位。经Dot blot和ELISA检测发现其中AhpC4-16表位具有较强的抗原性,为优势表位。结论空肠弯曲菌AhpC保守存在于细菌表面,存在1个优势的B细胞线性抗原表位(AhpC4-16),可用于后续的疫苗开发研究。展开更多
目的确定不同梅毒螺旋体TpN47基因序列的差异性及其跨膜结构,建立基于TpN47基因检测梅毒螺旋体的荧光定量PCR方法。方法通过使用NCBI/Blast,Pfam,TMHMM Server v.2.0等网络资源分析梅毒螺旋体TpN47基因编码蛋白的保守功能结构域和跨膜...目的确定不同梅毒螺旋体TpN47基因序列的差异性及其跨膜结构,建立基于TpN47基因检测梅毒螺旋体的荧光定量PCR方法。方法通过使用NCBI/Blast,Pfam,TMHMM Server v.2.0等网络资源分析梅毒螺旋体TpN47基因编码蛋白的保守功能结构域和跨膜区域。根据参考序列设计引物,采用PCR技术从梅毒螺旋体基因组DNA中扩增TpN47基因,将其连接入克隆载体pMD18-T进行测序,并用DNASTAR软件比较不同梅毒螺旋体菌株TpN47基因的核苷酸序列。根据梅毒螺旋体TpN47基因保守区域设计引物,建立基于该目的基因的荧光定量分析PCR检测方法并分析其灵敏度、特异性和稳定性。同时,采用基于TpN47基因的荧光定量PCR对梅毒螺旋体感染患者血液样本进行检测。结果研究表明,梅毒螺旋体TpN47基因为梅毒螺旋体外膜蛋白编码基因,其产物定位于外膜表面。不同梅毒螺旋体菌株中TpN47基因的核苷酸序列保守,相似度达99%以上。基于TpN47基因的荧光定量PCR方法可有效地检测梅毒螺旋体感染患者血清及泌尿道分泌物样本中的梅毒螺旋体。结论 TpN47基因为梅毒螺旋体外膜蛋白编码基因,建立的基于TpN47基因的荧光定量PCR方法具有快速、敏感、稳定等优点,适用于梅毒螺旋体临床实验室诊断。展开更多
文摘目的从生物信息学角度了解空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18的跨膜结构、B细胞抗原表位及其抗原性、基因序列保守性等特征,并鉴定空肠弯曲菌主要外膜蛋白优势B细胞抗原表位,为后续抗体检测和疫苗研究提供实验依据。方法使用NCBI/Blast,TMHMM Server V2.0,DNA Star等生物信息学分析软件对空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18进行蛋白跨膜结构预测、线性B细胞抗原表位及其抗原性分析、并对不同空肠弯曲菌OMP18蛋白的氨基酸序列同源性进行比较。采用空肠弯曲菌全菌抗体IgG为一抗,基于ELISA技术对优势线性B细胞抗原表位进行筛选鉴定。结果生物信息学预测结果表明外膜蛋白OMP18定位于空肠弯曲菌外膜且不存在跨膜结构。蛋白序列保守存在于各空肠弯曲菌株中,序列同源性达95%以上。同时,我们发现该外膜蛋白中存在3个明显的B细胞线性表位,且具有很强的抗原性。ELISA检测鉴定结果表明3个B细胞抗原表位都能有效识别空肠弯曲菌全菌抗体。结论空肠弯曲菌主要外膜蛋白OMP18保守存在于细菌表面,存在3个重要的B细胞线性抗原表位,可用于后续的抗体检测和疫苗开发研究。
文摘目的确定不同梅毒螺旋体TpN47基因序列的差异性及其跨膜结构,建立基于TpN47基因检测梅毒螺旋体的荧光定量PCR方法。方法通过使用NCBI/Blast,Pfam,TMHMM Server v.2.0等网络资源分析梅毒螺旋体TpN47基因编码蛋白的保守功能结构域和跨膜区域。根据参考序列设计引物,采用PCR技术从梅毒螺旋体基因组DNA中扩增TpN47基因,将其连接入克隆载体pMD18-T进行测序,并用DNASTAR软件比较不同梅毒螺旋体菌株TpN47基因的核苷酸序列。根据梅毒螺旋体TpN47基因保守区域设计引物,建立基于该目的基因的荧光定量分析PCR检测方法并分析其灵敏度、特异性和稳定性。同时,采用基于TpN47基因的荧光定量PCR对梅毒螺旋体感染患者血液样本进行检测。结果研究表明,梅毒螺旋体TpN47基因为梅毒螺旋体外膜蛋白编码基因,其产物定位于外膜表面。不同梅毒螺旋体菌株中TpN47基因的核苷酸序列保守,相似度达99%以上。基于TpN47基因的荧光定量PCR方法可有效地检测梅毒螺旋体感染患者血清及泌尿道分泌物样本中的梅毒螺旋体。结论 TpN47基因为梅毒螺旋体外膜蛋白编码基因,建立的基于TpN47基因的荧光定量PCR方法具有快速、敏感、稳定等优点,适用于梅毒螺旋体临床实验室诊断。
