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热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析
1
作者
苏群
赵家惠
+7 位作者
王虹妍
喇燕菲
方明雅
盛威
石林
唐毓玮
田敏
王凌云
《南方农业学报》
北大核心
2025年第2期407-415,共9页
【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以...
【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以已知基因组大小的玉米为内参植物,采用流式细胞术检测并估算保罗蓝睡莲的基因组大小,并与已公开发表的二倍体睡莲蓝星进行比较,初步判断保罗蓝睡莲的染色体倍型。采用荧光原位杂交法分析保罗蓝睡莲染色体数目、长度等,并结合基于K-mer分析的全基因组Survey测序和生物信息学方法,进一步明确保罗蓝睡莲基因组大小、倍性、杂合率、重复率等信息。【结果】流式细胞术估算保罗蓝睡莲基因组大小为0.82 Gb,对比二倍体蓝星睡莲基因组,可初步判断出其为四倍体。利用基因组DAPI荧光染色及荧光原位杂交进一步证明保罗蓝睡莲基因组为四倍体,具有56条染色体,长度为0.45~1.50μm,核型公式为2n=4x=56。利用BGI测序平台对保罗蓝睡莲进行Survey测序分析,获得原始序列615552560条,有效碱基共92.33 Gb,其中GC含量为39.45%,Q20为97.08%,Q30为91.97%;有效序列(Clean reads)615552500条,有效碱基共89.17 Gb,其中Clean reads中GC含量为39.00%,Q20为97.11%,Q30为92.05%。Survey总测序深度为106.9X,通过K-mer(K=19)分析修正后的保罗蓝睡莲基因组大小为834.12 Mb,杂合率为1.95%,重复率为68.48%。Smudgeplot分析结果也表明保罗蓝睡莲为四倍体,其中以四倍体AAAB出现的频率最高,为0.43。【结论】保罗蓝睡莲基因组属于高杂合高重复的复杂四倍体基因组,推测其基因组结构为AAAB,具有3套同源单倍型基因组,组装难度较高。
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关键词
保罗蓝睡莲
流式细胞术
荧光原位杂交
Survey测序
K-mer分析
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职称材料
菱属品种DUS测试指南的研制
被引量:
1
2
作者
方明雅
石林
+5 位作者
郑寨生
邱英雄
姚祥坦
陈小央
陈海荣
王凌云
《中国种业》
2023年第9期70-77,共8页
DUS测试指南是植物品种特异性(Distinctness)、一致性(Uniformity)和稳定性(Stability)测试的重要标准,是植物品种保护、品种审定、品种登记的工作基础。菱是我国南方地区重要的水生蔬菜,其品种资源丰富,差异明显,但目前尚未制定出菱属...
DUS测试指南是植物品种特异性(Distinctness)、一致性(Uniformity)和稳定性(Stability)测试的重要标准,是植物品种保护、品种审定、品种登记的工作基础。菱是我国南方地区重要的水生蔬菜,其品种资源丰富,差异明显,但目前尚未制定出菱属品种DUS测试指南。本研究共收集了我国201份菱种质资源,参照农业行业标准筛选出24个菱属品种作为标准品种。在4个生长周期的种植试验中,对标准品种的性状进行观察和测试,通过数据采集、分析,最终筛选出34个代表性状用于菱属品种DUS测试指南的研制。本研制中选用和测试的菱属品种质量性状和假质量性状具有显著的品种专一性和特异性,使用中值平均标准差法和最小显著差法(LSD,Least significant difference)分析菱属品种数量性状,结果表明所选择的数量性状真实可靠,能准确地对不同菱属品种数量性状进行分级。本研究为菱属品种DUS测试和品种权实质审查工作提供科学依据。
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关键词
菱属品种
DUS测试
性状分级
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职称材料
基于EST-SSR标记的19份子莲品种资源遗传多样性分析
被引量:
4
3
作者
李怡鹏
石林
+3 位作者
杨梦飞
郑寨生
张尚法
王凌云
《种子》
北大核心
2022年第2期65-69,共5页
应用EST-SSR分子标记技术对19份子莲品种的遗传多样性进行鉴定。从80对多态性EST-SSR引物中进一步筛选出24对稳定扩增、高多态性的引物。所得PIC值最低为0.58(NNFB_83),最高为0.91(NNFB_1491),平均每对引物的PIC值为0.77。19份试验的子...
应用EST-SSR分子标记技术对19份子莲品种的遗传多样性进行鉴定。从80对多态性EST-SSR引物中进一步筛选出24对稳定扩增、高多态性的引物。所得PIC值最低为0.58(NNFB_83),最高为0.91(NNFB_1491),平均每对引物的PIC值为0.77。19份试验的子莲品种的遗传相似系数(GS)范围为0.42~0.94,在相似系数为0.55处时,供试材料被分为四大类群,与传统分类研究结果基本一致。
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关键词
子莲
EST-SSR
遗传多样性
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职称材料
长花期赏食兼用型子莲品种‘秋实’的选育
被引量:
1
4
作者
方明雅
田敏
+1 位作者
石林
王凌云
《农业科技通讯》
2023年第1期219-221,共3页
‘秋实’是金华市农业科学研究院以‘太空3号’(N.nucifera.‘Space 3’)、‘建选35号’(N.nucifera.‘Jx35’)、‘红花莲’(N.nucifera)3个品种作父母本进行多代杂交、回交育种手段选育出的具有长花期、高结实率的赏食兼用型子莲新品...
‘秋实’是金华市农业科学研究院以‘太空3号’(N.nucifera.‘Space 3’)、‘建选35号’(N.nucifera.‘Jx35’)、‘红花莲’(N.nucifera)3个品种作父母本进行多代杂交、回交育种手段选育出的具有长花期、高结实率的赏食兼用型子莲新品种。于2016-2019年进行人工杂交育种和品种比较试验,2020年正式命名并完成品种登录工作。该品种在种植过程中表现出高产、稳产、花期长、抗性强、性状稳定的特点,且与现今的莲品种农艺性状差异明显,具有推广利用价值。
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关键词
子莲
秋实
长花期
选育
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职称材料
题名
热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析
1
作者
苏群
赵家惠
王虹妍
喇燕菲
方明雅
盛威
石林
唐毓玮
田敏
王凌云
机构
广西
农业
科学
院花卉
研究
所
金华市农业科学研究院/浙江省特色水生蔬菜育种与栽培重点实验室
广西亚热带作物
研究
所
云南省
农业
科学
院花卉
研究
所/国家观赏园艺工程技术
研究
中心
出处
《南方农业学报》
北大核心
2025年第2期407-415,共9页
基金
广西自然科学基金项目(2023GXNSFAA026279,2023GXNSFBA026347)
广西农业科学院科技发展基金和基本科研业务专项(桂农科2025YP105,桂农科2024YP133)。
文摘
【目的】研究热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小等特征,为开展睡莲全基因组图谱绘制、重要性状功能基因挖掘及加快热带胎生睡莲分子育种进程提供参考依据。【方法】以保罗蓝睡莲2~3 cm长的幼嫩根尖和3~5 cm长幼嫩未展开的叶片为试验材料,以已知基因组大小的玉米为内参植物,采用流式细胞术检测并估算保罗蓝睡莲的基因组大小,并与已公开发表的二倍体睡莲蓝星进行比较,初步判断保罗蓝睡莲的染色体倍型。采用荧光原位杂交法分析保罗蓝睡莲染色体数目、长度等,并结合基于K-mer分析的全基因组Survey测序和生物信息学方法,进一步明确保罗蓝睡莲基因组大小、倍性、杂合率、重复率等信息。【结果】流式细胞术估算保罗蓝睡莲基因组大小为0.82 Gb,对比二倍体蓝星睡莲基因组,可初步判断出其为四倍体。利用基因组DAPI荧光染色及荧光原位杂交进一步证明保罗蓝睡莲基因组为四倍体,具有56条染色体,长度为0.45~1.50μm,核型公式为2n=4x=56。利用BGI测序平台对保罗蓝睡莲进行Survey测序分析,获得原始序列615552560条,有效碱基共92.33 Gb,其中GC含量为39.45%,Q20为97.08%,Q30为91.97%;有效序列(Clean reads)615552500条,有效碱基共89.17 Gb,其中Clean reads中GC含量为39.00%,Q20为97.11%,Q30为92.05%。Survey总测序深度为106.9X,通过K-mer(K=19)分析修正后的保罗蓝睡莲基因组大小为834.12 Mb,杂合率为1.95%,重复率为68.48%。Smudgeplot分析结果也表明保罗蓝睡莲为四倍体,其中以四倍体AAAB出现的频率最高,为0.43。【结论】保罗蓝睡莲基因组属于高杂合高重复的复杂四倍体基因组,推测其基因组结构为AAAB,具有3套同源单倍型基因组,组装难度较高。
关键词
保罗蓝睡莲
流式细胞术
荧光原位杂交
Survey测序
K-mer分析
Keywords
Nymphaea‘Paul Stetson’
flow cytometry
fluorescence in situ hybridization(FISH)
Survey sequen-cing
K-mer analysis
分类号
S682.32 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
菱属品种DUS测试指南的研制
被引量:
1
2
作者
方明雅
石林
郑寨生
邱英雄
姚祥坦
陈小央
陈海荣
王凌云
机构
浙江省
金华市农业科学研究院/浙江省特色水生蔬菜育种与栽培重点实验室
中国
科学
院武汉植物园
浙江省
嘉兴市
农业
科学研究院
浙江省
种子管理站
农业
农村部植物新品种测试(上海)分中心
出处
《中国种业》
2023年第9期70-77,共8页
基金
中国农业科学院·金华市政府院地合作项目(ydhz2021ky02)。
文摘
DUS测试指南是植物品种特异性(Distinctness)、一致性(Uniformity)和稳定性(Stability)测试的重要标准,是植物品种保护、品种审定、品种登记的工作基础。菱是我国南方地区重要的水生蔬菜,其品种资源丰富,差异明显,但目前尚未制定出菱属品种DUS测试指南。本研究共收集了我国201份菱种质资源,参照农业行业标准筛选出24个菱属品种作为标准品种。在4个生长周期的种植试验中,对标准品种的性状进行观察和测试,通过数据采集、分析,最终筛选出34个代表性状用于菱属品种DUS测试指南的研制。本研制中选用和测试的菱属品种质量性状和假质量性状具有显著的品种专一性和特异性,使用中值平均标准差法和最小显著差法(LSD,Least significant difference)分析菱属品种数量性状,结果表明所选择的数量性状真实可靠,能准确地对不同菱属品种数量性状进行分级。本研究为菱属品种DUS测试和品种权实质审查工作提供科学依据。
关键词
菱属品种
DUS测试
性状分级
分类号
S645.4 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
基于EST-SSR标记的19份子莲品种资源遗传多样性分析
被引量:
4
3
作者
李怡鹏
石林
杨梦飞
郑寨生
张尚法
王凌云
机构
金华市农业科学研究院/浙江省特色水生蔬菜育种与栽培重点实验室
出处
《种子》
北大核心
2022年第2期65-69,共5页
基金
金华市科技计划重点项目“特色睡莲科园艺作物引种驯化与金华湿地资源融合应用”(2019-2-002)。
文摘
应用EST-SSR分子标记技术对19份子莲品种的遗传多样性进行鉴定。从80对多态性EST-SSR引物中进一步筛选出24对稳定扩增、高多态性的引物。所得PIC值最低为0.58(NNFB_83),最高为0.91(NNFB_1491),平均每对引物的PIC值为0.77。19份试验的子莲品种的遗传相似系数(GS)范围为0.42~0.94,在相似系数为0.55处时,供试材料被分为四大类群,与传统分类研究结果基本一致。
关键词
子莲
EST-SSR
遗传多样性
Keywords
lotus seed
EST-SSR
genetic diversity
分类号
S645.1 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
长花期赏食兼用型子莲品种‘秋实’的选育
被引量:
1
4
作者
方明雅
田敏
石林
王凌云
机构
金华市农业科学研究院/浙江省特色水生蔬菜育种与栽培重点实验室
云南省
农业
科学研究院
花卉
研究
所
出处
《农业科技通讯》
2023年第1期219-221,共3页
文摘
‘秋实’是金华市农业科学研究院以‘太空3号’(N.nucifera.‘Space 3’)、‘建选35号’(N.nucifera.‘Jx35’)、‘红花莲’(N.nucifera)3个品种作父母本进行多代杂交、回交育种手段选育出的具有长花期、高结实率的赏食兼用型子莲新品种。于2016-2019年进行人工杂交育种和品种比较试验,2020年正式命名并完成品种登录工作。该品种在种植过程中表现出高产、稳产、花期长、抗性强、性状稳定的特点,且与现今的莲品种农艺性状差异明显,具有推广利用价值。
关键词
子莲
秋实
长花期
选育
分类号
S682.32 [农业科学—观赏园艺]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
热带胎生睡莲保罗蓝基因组大小及Survey测序分析
苏群
赵家惠
王虹妍
喇燕菲
方明雅
盛威
石林
唐毓玮
田敏
王凌云
《南方农业学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
菱属品种DUS测试指南的研制
方明雅
石林
郑寨生
邱英雄
姚祥坦
陈小央
陈海荣
王凌云
《中国种业》
2023
1
在线阅读
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职称材料
3
基于EST-SSR标记的19份子莲品种资源遗传多样性分析
李怡鹏
石林
杨梦飞
郑寨生
张尚法
王凌云
《种子》
北大核心
2022
4
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职称材料
4
长花期赏食兼用型子莲品种‘秋实’的选育
方明雅
田敏
石林
王凌云
《农业科技通讯》
2023
1
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职称材料
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