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转录组测序研究内毒素诱导的人视网膜色素上皮细胞炎症反应的机制
被引量：
2
1
作者
余鹏
阳琳
+1 位作者
麦雨欣
雷博
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期192-198,共7页
目的转录组测序探讨内毒素(lipopolysaccharide,LPS)诱导的人视网膜色素上皮细胞(retinal pigment epithelium cells,ARPE-19)炎症反应的机制。方法将ARPE-19细胞分为空白对照组和LPS组,Real-time PCR检测炎症因子IL-6、IL-8和MCP-1的表...
目的转录组测序探讨内毒素(lipopolysaccharide,LPS)诱导的人视网膜色素上皮细胞(retinal pigment epithelium cells,ARPE-19)炎症反应的机制。方法将ARPE-19细胞分为空白对照组和LPS组,Real-time PCR检测炎症因子IL-6、IL-8和MCP-1的表达,Illumina Hiseq 2500用于转录组测序,DESeq2用于差异表达基因分析,采用GOseq R package和Omicsbean软件分别对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析;再将ARPE-19细胞和hRPE细胞分为空白对照组和LPS组,Real-time PCR验证RNA-seq结果中的关键基因。结果 LPS刺激ARPE-19细胞24 h后,炎症因子IL-6、IL-8和MCP-1在mRNA水平的表达显著升高(P <0. 01)。与空白对照组比较,LPS组有2 345个差异表达基因,其中上调的有1 594个,下调的有751个。GO和KEGG富集分析显示LPS激活了免疫相关通路和Toll-样受体、MAPK、HIF-1、TNF、PI3K-Akt、NOD-样受体、mTOR、VEGF信号通路以及转录因子JUN、JUNB、SRF、ATF4和AKT1、SRC基因。结论 LPS诱导的ARPE-19细胞炎症反应可能与PI3K-Akt-mTOR、NOD-样受体、VEGF信号通路及转录因子FOS、JUN、JUNB、SRF和AKT1、SRC基因的激活有关。
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关键词
内毒素
视网膜色素上皮细胞
转录组测序
炎症
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题名
转录组测序研究内毒素诱导的人视网膜色素上皮细胞炎症反应的机制
被引量：
2
1
作者
余鹏
阳琳
麦雨欣
雷博
机构
重庆
医科大学附属第一
医院
眼科
重庆市长寿区人民医院眼科
河南省
人民医院
出处
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第3期192-198,共7页
基金
国家自然基金面上项目(81770949)
河南省科技攻关项目(182102310145)~~
文摘
目的转录组测序探讨内毒素(lipopolysaccharide,LPS)诱导的人视网膜色素上皮细胞(retinal pigment epithelium cells,ARPE-19)炎症反应的机制。方法将ARPE-19细胞分为空白对照组和LPS组,Real-time PCR检测炎症因子IL-6、IL-8和MCP-1的表达,Illumina Hiseq 2500用于转录组测序,DESeq2用于差异表达基因分析,采用GOseq R package和Omicsbean软件分别对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析;再将ARPE-19细胞和hRPE细胞分为空白对照组和LPS组,Real-time PCR验证RNA-seq结果中的关键基因。结果 LPS刺激ARPE-19细胞24 h后,炎症因子IL-6、IL-8和MCP-1在mRNA水平的表达显著升高(P <0. 01)。与空白对照组比较,LPS组有2 345个差异表达基因,其中上调的有1 594个,下调的有751个。GO和KEGG富集分析显示LPS激活了免疫相关通路和Toll-样受体、MAPK、HIF-1、TNF、PI3K-Akt、NOD-样受体、mTOR、VEGF信号通路以及转录因子JUN、JUNB、SRF、ATF4和AKT1、SRC基因。结论 LPS诱导的ARPE-19细胞炎症反应可能与PI3K-Akt-mTOR、NOD-样受体、VEGF信号通路及转录因子FOS、JUN、JUNB、SRF和AKT1、SRC基因的激活有关。
关键词
内毒素
视网膜色素上皮细胞
转录组测序
炎症
Keywords
lipopolysaccharide
retinal pigment epithelia cells
transcriptome sequencing
inflammation
分类号
R363.2 [医药卫生—病理学]
R392.13 [医药卫生—免疫学]
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1
转录组测序研究内毒素诱导的人视网膜色素上皮细胞炎症反应的机制
余鹏
阳琳
麦雨欣
雷博
《第三军医大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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