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题名慢性乙型肝炎环状RNA表达谱的鉴定与分析
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作者
周明纱
范捷
刘兴
谌丽娟
罗佳
李山
周莉
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机构
重庆医科大学公共卫生学院流行病学教研室
重庆市九龙坡区疾病预防控制中心免疫规划管理科
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出处
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期1193-1200,共8页
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基金
重庆市渝中区自然科学基金资助项目(编号:20210139)
重庆医科大学未来医学青年创新计划资助项目(编号:W0177)
重庆市自然科学基金资助项目(编号:CSTB2024NSCQMSX0169)。
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文摘
目的:分析慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)患者与健康对照人群的外周血单核细胞(peripheral blood mononuclear cells,PBMCs)中环状RNA(circular RNA,circRNA)表达谱,筛选验证差异表达的circRNA,并研究差异表达circRNA的特征、通路及下游基因。方法:利用高通量芯片技术鉴定CHB患者和健康对照组中异常表达circRNA。随后对差异circRNA来源基因进行基因本体论和京都基因百科全书富集分析。基于竞争性内源RNA理论,利用多个数据库预测差异circRNA结合的微小RNA(microRNA,miRNA)和miRNA靶mRNA,并构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络。最后利用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)对芯片结果进行验证。结果:与健康对照组相比,CHB患者PBMCs中存在321个表达上调和549个表达下调的circRNAs。大多数差异表达circRNAs来源于外显子剪切,主要分布于1号和2号染色体。生物信息学分析表明差异circRNAs的来源基因主要参与免疫、炎症反应及疾病相关通路。circRNA-miRNA-mRNA调控网络包括11个circRNAs、17个miRNAs和212个mRNAs。qRT-PCR结果显示circRNA表达趋势与芯片结果一致。与健康对照组比较,hsa_circ_0018744表达在CHB患者组中明显上调(F=4.382,P<0.01),hsa_circ_0085744表达明显下调(F=4.906,P<0.01)。结论:与健康对照组相比,CHB患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs。进一步功能分析表明,这些差异表达circRNAs可以通过某些通路参与CHB发生发展。
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关键词
慢性乙型肝炎
环状RNA
高通量芯片
实时荧光定量PCR
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Keywords
chronic hepatitis B
circular RNA
high-throughput microarray
quantitative real-time PCR
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分类号
R183.9
[医药卫生—流行病学]
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