目的通过绘制胃黏膜高级别上皮内瘤变(high-grade intraepithelial neoplasia,HGIN)组织中组蛋白H3K27ac修饰标记的增强子图谱,探究表观调控对HGIN发生发展的影响。方法收集2022年6月至2023年6月来自陆军特色医学中心消化内科的14例正...目的通过绘制胃黏膜高级别上皮内瘤变(high-grade intraepithelial neoplasia,HGIN)组织中组蛋白H3K27ac修饰标记的增强子图谱,探究表观调控对HGIN发生发展的影响。方法收集2022年6月至2023年6月来自陆军特色医学中心消化内科的14例正常胃黏膜组织(Nor组)、31例胃黏膜高级别上皮内瘤变组织(HGIN组)和17例胃癌(gastric cancer,GC)组织(GC组),利用染色质靶向捕获测序(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)技术捕获组蛋白H3K27ac修饰的增强子区域;联合多组学分析筛选HGIN组织特异的活性增强子及其潜在调控的基因;采用免疫组化染色观察目的基因在不同类型临床样本中的表达差异,并通过CRISPR-dCas9基因编辑技术沉默活性增强子,观察目的基因的表达水平,并验证潜在调控关系。结果表观多组学测序数据质量较好,3组样本组间H3K27ac修饰的全基因组分布特征无显著差异,但H3K27ac增强子在HGIN、GC组织中发生明显重塑(P<0.05)。联合转录组数据分析发现,增强子重塑可能上调HGIN组织增殖相关靶基因CD24表达;抑制增强子活性,则CD24表达水平显著降低(P<0.05)。免疫组化结果显示,CD24表达与Ki-67呈正相关(P<0.001)。结论H3K27ac标记的增强子重塑是HGIN的重要表观遗传学特征,H3K27ac标记的活性增强子上调CD24表达,可能促进HGIN增殖。展开更多
目的通过表观遗传组学技术,解析胃印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma of the stomach,SRCC)的H3K27me3沉默子的全基因组特征及其对基因转录的调控作用,以阐明SRCC恶性进展的表观调控机制。方法采集2021年1月至2023年12月陆军特色...目的通过表观遗传组学技术,解析胃印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma of the stomach,SRCC)的H3K27me3沉默子的全基因组特征及其对基因转录的调控作用,以阐明SRCC恶性进展的表观调控机制。方法采集2021年1月至2023年12月陆军特色医学中心消化内科35例胃镜样本(正常胃窦/胃体15例,SRCC 20例)。采用以下多组学分析:染色质可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)检测染色质开放区域;染色质靶向捕获测序(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)捕获H3K27me3沉默子区域;转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)分析转录组。测序于Illumina NovaSeq 6000平台完成(符合深度标准)。通过DESeq2筛选H3K27me3相关差异基因(|Log_(2)FC|>1,FDR<0.05),并通过基因本体论(Gene Oncology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析进行功能富集,Homer鉴定转录因子基序,Cytoscape构建调控网络,并使用免疫组化进行验证,探讨其调控机制。结果SRCC沉默子主要分布于基因组远端基因间区(占37.06%)。与正常组织相比,SRCC中H3K27me3沉默子信号显著降低(95%CI:1.34~2.30,P=0.007),共鉴定出6257个丢失位点(FDR<0.01)。CUT&Tag和RNA-seq整合分析显示,380个因沉默子丢失而上调的基因显著富集于免疫相关通路,如T细胞受体信号通路(OR=4.2,95%CI:2.8~6.3,P=0.002)。免疫组化验证表明,转录因子EHF表达显著升高(P<0.05)。结论SRCC中存在H3K27me3沉默子重塑现象,转录因子EHF可能在SRCC恶性进展中发挥关键作用。展开更多
目的:探讨在子宫内膜癌细胞中重组人程序性细胞死亡蛋白5(recombinant human programmed cell death protein 5,rhPDCD5)对紫杉醇化疗的促进作用。方法:子宫内膜癌KLE细胞培养完成后,通过重组人rh PDCD5(20μg/ml)处理KLE细胞,再分别以0...目的:探讨在子宫内膜癌细胞中重组人程序性细胞死亡蛋白5(recombinant human programmed cell death protein 5,rhPDCD5)对紫杉醇化疗的促进作用。方法:子宫内膜癌KLE细胞培养完成后,通过重组人rh PDCD5(20μg/ml)处理KLE细胞,再分别以0、1.0、5.0、10.0、50μmol/L紫杉醇(paclitaxel,PTX)处理24 h或以10μmol/L PTX处理0、12、24、48 h,提取细胞总RNA及蛋白后,CCK法检测KLE细胞的增殖情况,流式细胞术检测KLE细胞凋亡情况,实时定量PCR检测KLE细胞中PDCD5mRNA的表达量,实时定量PCR或Western blotting测定凋亡相关基因的Bax、Bcl2、caspase-3 mRNA或蛋白水平的变化。结果:PTX对PDCD5表达的促进作用具有剂量依赖性和时间依赖性;PTX的最佳作用浓度为10μmol/L,最佳作用时间为24 h。rh PDCD5明显增强紫杉醇对KLE细胞的抑制作用。CCK实验、流式细胞术及Western blotting检测显示:PTX+rhPDCD5联合处理组KLE细胞的增殖抑制率和凋亡率均较PTX组明显增加、pro-caspase 3的表达量明显增加(均P<0.01)。促进凋亡蛋白Bax和抑制凋亡蛋白Bcl2的比值亦较明显增加(P<0.01)。结论:rhPDCD5可协同PTX抑制子宫内膜癌KLE细胞的增殖、促进细胞的凋亡,可明显增强KLE细胞对PTX的药物敏感性。展开更多
目的:探讨外泌体(EXO)传输Let-7a调控MYC基因在三阴性乳腺癌(TNBC)细胞恶性生物学行为中的作用及其机制。方法:TNBC细胞MDA-MB-231培养完成后,qPCR实验检测TNBC组织和细胞中MYC与Let-7a m RNA的表达水平,WB实验检测MYC与Let-7a蛋白的表...目的:探讨外泌体(EXO)传输Let-7a调控MYC基因在三阴性乳腺癌(TNBC)细胞恶性生物学行为中的作用及其机制。方法:TNBC细胞MDA-MB-231培养完成后,qPCR实验检测TNBC组织和细胞中MYC与Let-7a m RNA的表达水平,WB实验检测MYC与Let-7a蛋白的表达水平。携Let-7a重组慢病毒和敲除MYC的Crisper/Cas-9系统分别转染MDA-MB-231细胞,MTT、Transwell、划痕愈合实验检测MDA-MB-231细胞增殖、侵袭和迁移能力。荧光素酶活性实验验证MYC和Let-7a的作用靶点。分别在野生型和过表达Let-7a的MDA-MB-231细胞中分离EXO,并以透射电镜和WB实验鉴定。qPCR、WB、MTT、Transwell等实验检测两种EXO分别和MDA-MB-231细胞共孵育后Let-7a通过EXO影响MDA-MB-231细胞的生物学功能。结果:Let-7a与MYC在TNBC组织和细胞系中表达呈负相关(P<0.05);MYC促进MDA-MB-231细胞的增殖、迁移与侵袭,Let-7a可以抑制MDA-MB-231细胞的增殖、迁移与侵袭(均P<0.01)。Let-7a通过作用于MYC基因的3’UTR使其沉默,从而减少MYC蛋白的表达(P<0.05)。Let-7a由EXO包裹运输至肿瘤细胞,进而抑制MDA-MB-231细胞的增殖、迁移与侵袭能力(P<0.05)。结论:EXO介导的Let-7a通过作用于MYC基因3’UTR区使得MYC基因沉默,从而抑制MDA-MB-231细胞的增殖、迁移与侵袭。展开更多
文摘目的通过绘制胃黏膜高级别上皮内瘤变(high-grade intraepithelial neoplasia,HGIN)组织中组蛋白H3K27ac修饰标记的增强子图谱,探究表观调控对HGIN发生发展的影响。方法收集2022年6月至2023年6月来自陆军特色医学中心消化内科的14例正常胃黏膜组织(Nor组)、31例胃黏膜高级别上皮内瘤变组织(HGIN组)和17例胃癌(gastric cancer,GC)组织(GC组),利用染色质靶向捕获测序(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)技术捕获组蛋白H3K27ac修饰的增强子区域;联合多组学分析筛选HGIN组织特异的活性增强子及其潜在调控的基因;采用免疫组化染色观察目的基因在不同类型临床样本中的表达差异,并通过CRISPR-dCas9基因编辑技术沉默活性增强子,观察目的基因的表达水平,并验证潜在调控关系。结果表观多组学测序数据质量较好,3组样本组间H3K27ac修饰的全基因组分布特征无显著差异,但H3K27ac增强子在HGIN、GC组织中发生明显重塑(P<0.05)。联合转录组数据分析发现,增强子重塑可能上调HGIN组织增殖相关靶基因CD24表达;抑制增强子活性,则CD24表达水平显著降低(P<0.05)。免疫组化结果显示,CD24表达与Ki-67呈正相关(P<0.001)。结论H3K27ac标记的增强子重塑是HGIN的重要表观遗传学特征,H3K27ac标记的活性增强子上调CD24表达,可能促进HGIN增殖。
文摘目的通过表观遗传组学技术,解析胃印戒细胞癌(signet-ring cell carcinoma of the stomach,SRCC)的H3K27me3沉默子的全基因组特征及其对基因转录的调控作用,以阐明SRCC恶性进展的表观调控机制。方法采集2021年1月至2023年12月陆军特色医学中心消化内科35例胃镜样本(正常胃窦/胃体15例,SRCC 20例)。采用以下多组学分析:染色质可及性测序(assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing,ATAC-seq)检测染色质开放区域;染色质靶向捕获测序(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)捕获H3K27me3沉默子区域;转录组测序(transcriptome sequencing,RNA-seq)分析转录组。测序于Illumina NovaSeq 6000平台完成(符合深度标准)。通过DESeq2筛选H3K27me3相关差异基因(|Log_(2)FC|>1,FDR<0.05),并通过基因本体论(Gene Oncology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析进行功能富集,Homer鉴定转录因子基序,Cytoscape构建调控网络,并使用免疫组化进行验证,探讨其调控机制。结果SRCC沉默子主要分布于基因组远端基因间区(占37.06%)。与正常组织相比,SRCC中H3K27me3沉默子信号显著降低(95%CI:1.34~2.30,P=0.007),共鉴定出6257个丢失位点(FDR<0.01)。CUT&Tag和RNA-seq整合分析显示,380个因沉默子丢失而上调的基因显著富集于免疫相关通路,如T细胞受体信号通路(OR=4.2,95%CI:2.8~6.3,P=0.002)。免疫组化验证表明,转录因子EHF表达显著升高(P<0.05)。结论SRCC中存在H3K27me3沉默子重塑现象,转录因子EHF可能在SRCC恶性进展中发挥关键作用。
文摘目的:探讨外泌体(EXO)传输Let-7a调控MYC基因在三阴性乳腺癌(TNBC)细胞恶性生物学行为中的作用及其机制。方法:TNBC细胞MDA-MB-231培养完成后,qPCR实验检测TNBC组织和细胞中MYC与Let-7a m RNA的表达水平,WB实验检测MYC与Let-7a蛋白的表达水平。携Let-7a重组慢病毒和敲除MYC的Crisper/Cas-9系统分别转染MDA-MB-231细胞,MTT、Transwell、划痕愈合实验检测MDA-MB-231细胞增殖、侵袭和迁移能力。荧光素酶活性实验验证MYC和Let-7a的作用靶点。分别在野生型和过表达Let-7a的MDA-MB-231细胞中分离EXO,并以透射电镜和WB实验鉴定。qPCR、WB、MTT、Transwell等实验检测两种EXO分别和MDA-MB-231细胞共孵育后Let-7a通过EXO影响MDA-MB-231细胞的生物学功能。结果:Let-7a与MYC在TNBC组织和细胞系中表达呈负相关(P<0.05);MYC促进MDA-MB-231细胞的增殖、迁移与侵袭,Let-7a可以抑制MDA-MB-231细胞的增殖、迁移与侵袭(均P<0.01)。Let-7a通过作用于MYC基因的3’UTR使其沉默,从而减少MYC蛋白的表达(P<0.05)。Let-7a由EXO包裹运输至肿瘤细胞,进而抑制MDA-MB-231细胞的增殖、迁移与侵袭能力(P<0.05)。结论:EXO介导的Let-7a通过作用于MYC基因3’UTR区使得MYC基因沉默,从而抑制MDA-MB-231细胞的增殖、迁移与侵袭。
