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子宫内膜异位症差异基因筛选及潜在靶标生长停滞特异蛋白6的表达验证 被引量:3
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作者 刘畅 刘太行 +5 位作者 何帆 池余刚 杨博萍 肖仕全 丁裕斌 李方方 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期917-926,共10页
生长停滞特异性蛋白6(growth arrest specific protein 6,GAS6)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,其信号转导参与细胞增殖、黏附与迁移,但它在子宫内膜异位症(endometriosis, EMs)的相关功能及分子机制尚不明确。本研究从GEO数据库检索并... 生长停滞特异性蛋白6(growth arrest specific protein 6,GAS6)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,其信号转导参与细胞增殖、黏附与迁移,但它在子宫内膜异位症(endometriosis, EMs)的相关功能及分子机制尚不明确。本研究从GEO数据库检索并下载子宫内膜异位症相关转录物组数据集,并对其进行GEO在线分析,筛选差异表达基因并进行GO聚类和KEGG通路富集分析。利用10例无内异症且无明确疾病妇女的在位子宫内膜,以及11例卵巢巧克力囊肿病人异位子宫内膜,对3个以上数据集共有的差异基因的mRNA水平进行实时荧光定量PCR验证。在子宫内膜异位症临床样本中,采用免疫组化、实时荧光定量PCR验证关键调控因子GAS6及上皮间充质转化(epithelial mesenchymal transition, EMT)标记基因的表达水平,并利用免疫荧光对GAS6和E-钙黏着蛋白(E-cadherin)进行共标。研究发现:从4个转录物组数据集中共筛选出47个差异表达基因,其主要富集于细胞迁移等过程以及MAPK、PI3K-AKT、紧密连接等相关信号通路。3个以上数据集所共有的9个差异基因在子宫内膜异位症病人中的mRNA水平均符合生物信息学分析的结果。GAS6在子宫内膜异位症病人异位内膜中的表达水平高于对照组(P<0.05),并且子宫内膜异位症病人的内膜组织中存在EMT现象,EMT的标志物E-钙黏着蛋白表达水平下调(P<0.05)、波形蛋白(vimentin)表达水平上调(P<0.01)。在GAS6高表达的子宫内膜异位症患者异位子宫内膜腺上皮细胞中,E-cadherin显示低表达,提示GAS6可能在子宫内膜异位症中介导EMT过程。综上所述,本研究初步揭示GAS6在子宫内膜异位症病人中高表达,及其可能介导EMT过程参与子宫内膜异位症的发生与发展,为子宫内膜异位症的临床治疗提供潜在靶标。 展开更多
关键词 子宫内膜异位症 差异基因 生长停滞特异性蛋白6 上皮间充质转化
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基于生物信息学技术挖掘番茄红素对前列腺癌细胞的作用靶点 被引量:3
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作者 肖仕全 王利 +2 位作者 刘太行 俞炽阳 付利娟 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期878-884,共7页
目的:前列腺癌是泌尿系统中发病率最高的肿瘤,番茄和其他含番茄红素的食物对预防前列腺癌和减缓其发展进程有效,但是番茄红素作用于前列腺癌的机制尚不明确。本研究利用生物信息学方法深入挖掘番茄红素作用于前列腺癌的潜在靶点,有利于... 目的:前列腺癌是泌尿系统中发病率最高的肿瘤,番茄和其他含番茄红素的食物对预防前列腺癌和减缓其发展进程有效,但是番茄红素作用于前列腺癌的机制尚不明确。本研究利用生物信息学方法深入挖掘番茄红素作用于前列腺癌的潜在靶点,有利于进一步阐明其在前列腺保护中的分子机制以及潜在的其它应用。方法:从GEO数据库检索并下载番茄红素补充和安慰剂对照的列腺癌患者前后的癌组织表达组基因芯片数据集,并利用加权基因共表达网络分析,构建基因共表达模块,并对性状高关联模块进行GO及KEGG聚类分析和节点基因筛选。结果:利用数据集GSE27140中114例样本,共构建了16个共表达模块,其中2个模块与性状关联度较高,参与上皮细胞-间充质细胞转变、姐妹染色单体分离、细胞衰老等信号通路。进一步对模块基因连通性分析发现2个节点基因。结论:本研究筛选出番茄红素治疗前列腺癌的潜在作用靶点,为阐明番茄红素的作用机制提供了有意义的线索。 展开更多
关键词 前列腺癌 番茄红素 加权基因共表达网络分析 生物信息
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