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基于生物信息学分析探索种植体周围炎的免疫特征基因及其对免疫细胞的调控机制
被引量：
1
1
作者
朱星宇
唐菡
+1 位作者
陈陶
季平
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期436-443,共8页
目的:基于生物信息学分析探究种植体周围炎(peri-implantitis)疾病发展中明显浸润的免疫细胞及关键的免疫相关基因。方法:整合美国国家生物技术信息中心基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中的GSE106090、GSE33774及GSE57631...
目的:基于生物信息学分析探究种植体周围炎(peri-implantitis)疾病发展中明显浸润的免疫细胞及关键的免疫相关基因。方法:整合美国国家生物技术信息中心基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中的GSE106090、GSE33774及GSE57631数据集,通过单样本基因集富集分析(single-sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)评估种植体周围炎及健康牙龈组织中的免疫细胞浸润分数,并利用套索算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)筛选关键的免疫基因。结果:整合3个数据集并去批次效应后,使用“ClusterProfiler”包实现种植体周围炎的基因本体论(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库的富集分析,以识别在种植体周围炎中主要上调和下调的信号通路及生物学过程。本研究进一步将差异基因与ImmPort数据库中获得的免疫相关基因取交集,通过LASSO回归筛选变量后,成功鉴定关键的疾病免疫特征性基因,包括趋化因子CC配体18(C-C motif chemokine ligand 18,CCL18)、白细胞介素-1β(interleukin 1 beta,IL-1β)、补体C3(complement C3,C3)、白细胞介素-6(interleukin 6,IL6)、利钠肽受体-3(natriuretic peptide receptor 3,NPR3)、肽酶抑制因子-3(peptidase inhibitor 3,PI3)、白细胞免疫球蛋白样受体-B3(leukocyte immunoglobulin like receptor B3,LILRB3)、富亮氨酸重复序列G蛋白偶联受体-4(leucine rich repeat containing G proteincoupled receptor 4,LGR4)。随后,本研究进行与ssGSEA免疫浸润分数的相关性分析,这些基因与种植体周围软组织内明显增加的23种免疫细胞呈现出不同程度的相关性。通过GO和KEGG数据库的富集分析,发现IL1B、IL6、CCL18、C3、LGR4、PI3、LILRB3等基因主要参与体液免疫、适应性免疫、白细胞迁移以及皮肤表皮发育等生物过程,而NPR3主要与白细胞增殖和体液水平调节等生物过程相关。结论:通过运用生物信息学的方法对免疫相关差异基因进行筛选,本研究成功识别出8个关键的免疫特征性基因,参与了种植体周围炎免疫应答及炎症响应的多个环节,并对种植体周围炎疾病背景具有较高敏感性。这些免疫特征性基因的识别为深入理解种植体周围炎的发病机制以及开发新的治疗策略提供重要的分子靶标。
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关键词
种植体周围炎
生物信息
免疫
机器学习
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职称材料
替牙期活动扩弓对恒牙牙根发育及牙根吸收的研究
2
作者
吴婧琪
王云霁
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期1175-1180,共6页
目的:使用锥形束计算机体层成像(cone beam computed tomography,CBCT)和Exam Vision研究替牙期活动扩弓对恒牙牙根发育及牙根吸收的影响。方法:选取重庆医科大学附属口腔医院正畸科替牙期活动扩弓矫治病例17例作为试验组(平均年龄为10...
目的:使用锥形束计算机体层成像(cone beam computed tomography,CBCT)和Exam Vision研究替牙期活动扩弓对恒牙牙根发育及牙根吸收的影响。方法:选取重庆医科大学附属口腔医院正畸科替牙期活动扩弓矫治病例17例作为试验组(平均年龄为10岁),功能矫治但未进行活动扩弓病例20例作为对照组(平均年龄为10岁)。所有患者矫治前后均拍摄CBCT。使用Exam Vision分别测量试验组和对照组矫治前后上颌中切牙和上颌第一磨牙根尖孔宽度和牙根长度,利用SPSS 26.0进行统计学分析,研究2组矫治前后的差异。结果:根尖孔宽度:右上颌中切牙牙根试验组(0.52±0.35)mm,对照组(0.98±0.78)mm;左上颌中切牙牙根试验组(0.47±0.39)mm,对照组(1.09±0.93)mm;右上颌第一磨牙腭根试验组(0.43±0.28)mm,对照组(0.61±0.34)mm;左上颌第一磨牙腭根试验组(0.59±0.24)mm,对照组(0.59±0.40)mm;试验组根尖孔闭合程度较对照组低。牙根长度:右上颌中切牙牙根试验组(0.48±0.77)mm,对照组(0.83±1.35)mm;左上颌中切牙牙根试验组(0.31±0.84)mm,对照组(0.78±1.16)mm;右上颌第一磨牙近中根试验组(0.37±0.72)mm,对照组(0.42±0.79)mm;右上颌第一磨牙远中根试验组(0.10±0.92)mm,对照组(0.70±1.09)mm;右上颌第一磨牙腭根试验组(0.43±0.96)mm,对照组(0.70±1.12)mm;左右上颌中切牙和右上颌第一磨牙牙根长度增长量对照组大于试验组。左上颌第一磨牙近中根试验组(0.59±0.79)mm,对照组(0.28±0.68)mm;左上颌第一磨牙远中根试验组(0.43±0.70)mm,对照组(0.40±1.06)mm;左上颌第一磨牙腭根试验组(0.62±0.84),对照组(0.61±0.97)mm;左上颌第一磨牙的牙根长度增长量试验组大于对照组。以根尖孔闭合情况分组的牙根长度:右上颌第一磨牙腭根闭合组(0.40±0.97)mm,未闭合组(-0.06±0.72)mm,牙根长度增长量闭合组大于未闭合组。左上颌第一磨牙腭根闭合组(0.20±0.59)mm,未闭合组(0.78±0.91)mm,牙根长度增长量未闭合组大于闭合组。结论:替牙期使用活动扩弓改善上颌横向发育不足不会对恒牙牙根发育和牙根吸收造成明显影响。提示正畸医生对于上颌横向发育不足的儿童可以酌情采用活动扩弓进行改善。
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关键词
活动扩弓
替牙期
牙根发育
牙根吸收
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职称材料
题名
基于生物信息学分析探索种植体周围炎的免疫特征基因及其对免疫细胞的调控机制
被引量：
1
1
作者
朱星宇
唐菡
陈陶
季平
机构
重庆医科大学附属口腔医院、口腔疾病研究重庆市重点实验室、重庆市高校市级口腔生物医学工程重点实验室
出处
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期436-443,共8页
基金
重庆英才计划“包干制”资助项目(编号:cstc2021ycjhbgzxm0336)。
文摘
目的:基于生物信息学分析探究种植体周围炎(peri-implantitis)疾病发展中明显浸润的免疫细胞及关键的免疫相关基因。方法:整合美国国家生物技术信息中心基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中的GSE106090、GSE33774及GSE57631数据集,通过单样本基因集富集分析(single-sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)评估种植体周围炎及健康牙龈组织中的免疫细胞浸润分数,并利用套索算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)筛选关键的免疫基因。结果:整合3个数据集并去批次效应后,使用“ClusterProfiler”包实现种植体周围炎的基因本体论(gene ontology,GO)及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库的富集分析,以识别在种植体周围炎中主要上调和下调的信号通路及生物学过程。本研究进一步将差异基因与ImmPort数据库中获得的免疫相关基因取交集,通过LASSO回归筛选变量后,成功鉴定关键的疾病免疫特征性基因,包括趋化因子CC配体18(C-C motif chemokine ligand 18,CCL18)、白细胞介素-1β(interleukin 1 beta,IL-1β)、补体C3(complement C3,C3)、白细胞介素-6(interleukin 6,IL6)、利钠肽受体-3(natriuretic peptide receptor 3,NPR3)、肽酶抑制因子-3(peptidase inhibitor 3,PI3)、白细胞免疫球蛋白样受体-B3(leukocyte immunoglobulin like receptor B3,LILRB3)、富亮氨酸重复序列G蛋白偶联受体-4(leucine rich repeat containing G proteincoupled receptor 4,LGR4)。随后,本研究进行与ssGSEA免疫浸润分数的相关性分析,这些基因与种植体周围软组织内明显增加的23种免疫细胞呈现出不同程度的相关性。通过GO和KEGG数据库的富集分析,发现IL1B、IL6、CCL18、C3、LGR4、PI3、LILRB3等基因主要参与体液免疫、适应性免疫、白细胞迁移以及皮肤表皮发育等生物过程,而NPR3主要与白细胞增殖和体液水平调节等生物过程相关。结论:通过运用生物信息学的方法对免疫相关差异基因进行筛选,本研究成功识别出8个关键的免疫特征性基因,参与了种植体周围炎免疫应答及炎症响应的多个环节,并对种植体周围炎疾病背景具有较高敏感性。这些免疫特征性基因的识别为深入理解种植体周围炎的发病机制以及开发新的治疗策略提供重要的分子靶标。
关键词
种植体周围炎
生物信息
免疫
机器学习
Keywords
peri-implantitis
bioinformatics
immunology
machine learning
分类号
R780.2 [医药卫生—口腔医学]
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职称材料
题名
替牙期活动扩弓对恒牙牙根发育及牙根吸收的研究
2
作者
吴婧琪
王云霁
机构
重庆医科大学附属口腔医院、口腔疾病研究重庆市重点实验室、重庆市高校市级口腔生物医学工程重点实验室
出处
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期1175-1180,共6页
基金
重庆市科卫联合医学科研资助项目(编号:2021MSXM114)。
文摘
目的:使用锥形束计算机体层成像(cone beam computed tomography,CBCT)和Exam Vision研究替牙期活动扩弓对恒牙牙根发育及牙根吸收的影响。方法:选取重庆医科大学附属口腔医院正畸科替牙期活动扩弓矫治病例17例作为试验组(平均年龄为10岁),功能矫治但未进行活动扩弓病例20例作为对照组(平均年龄为10岁)。所有患者矫治前后均拍摄CBCT。使用Exam Vision分别测量试验组和对照组矫治前后上颌中切牙和上颌第一磨牙根尖孔宽度和牙根长度,利用SPSS 26.0进行统计学分析,研究2组矫治前后的差异。结果:根尖孔宽度:右上颌中切牙牙根试验组(0.52±0.35)mm,对照组(0.98±0.78)mm;左上颌中切牙牙根试验组(0.47±0.39)mm,对照组(1.09±0.93)mm;右上颌第一磨牙腭根试验组(0.43±0.28)mm,对照组(0.61±0.34)mm;左上颌第一磨牙腭根试验组(0.59±0.24)mm,对照组(0.59±0.40)mm;试验组根尖孔闭合程度较对照组低。牙根长度:右上颌中切牙牙根试验组(0.48±0.77)mm,对照组(0.83±1.35)mm;左上颌中切牙牙根试验组(0.31±0.84)mm,对照组(0.78±1.16)mm;右上颌第一磨牙近中根试验组(0.37±0.72)mm,对照组(0.42±0.79)mm;右上颌第一磨牙远中根试验组(0.10±0.92)mm,对照组(0.70±1.09)mm;右上颌第一磨牙腭根试验组(0.43±0.96)mm,对照组(0.70±1.12)mm;左右上颌中切牙和右上颌第一磨牙牙根长度增长量对照组大于试验组。左上颌第一磨牙近中根试验组(0.59±0.79)mm,对照组(0.28±0.68)mm;左上颌第一磨牙远中根试验组(0.43±0.70)mm,对照组(0.40±1.06)mm;左上颌第一磨牙腭根试验组(0.62±0.84),对照组(0.61±0.97)mm;左上颌第一磨牙的牙根长度增长量试验组大于对照组。以根尖孔闭合情况分组的牙根长度:右上颌第一磨牙腭根闭合组(0.40±0.97)mm,未闭合组(-0.06±0.72)mm,牙根长度增长量闭合组大于未闭合组。左上颌第一磨牙腭根闭合组(0.20±0.59)mm,未闭合组(0.78±0.91)mm,牙根长度增长量未闭合组大于闭合组。结论:替牙期使用活动扩弓改善上颌横向发育不足不会对恒牙牙根发育和牙根吸收造成明显影响。提示正畸医生对于上颌横向发育不足的儿童可以酌情采用活动扩弓进行改善。
关键词
活动扩弓
替牙期
牙根发育
牙根吸收
Keywords
removable maxillary expansion
mixed dentition
root development
root resorption
分类号
R783.5 [医药卫生—口腔医学]
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1
基于生物信息学分析探索种植体周围炎的免疫特征基因及其对免疫细胞的调控机制
朱星宇
唐菡
陈陶
季平
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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职称材料
2
替牙期活动扩弓对恒牙牙根发育及牙根吸收的研究
吴婧琪
王云霁
《重庆医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
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