文摘【目的】系统调查枣长线病毒1(Jujube closterovirus 1,JCV1)在内蒙古自治区鄂尔多斯市达拉特旗的流行情况,分析不同地区JCV1分离物之间的遗传进化关系,为JCV1的检测方法开发和科学防控策略提供理论依据。【方法】以疑似感染病毒的枣树叶片为试验材料,通过NGS测序技术对枣树叶片样品进行高通量测序,采用RT-PCR检测JCV1的发生情况;RT-PCR结合cDNA末端快速扩增技术(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)获得JCV1全基因组序列,利用VectorNTI、MEGA11、SDTV1.2、RDP4、Geneious Pro 4.8.4等生物信息学分析软件,对JCV1分离物全基因组序列进行系统发育分析、序列一致性分析、重组分析及二级结构预测。【结果】通过NGS测序,在表现花叶症状的枣树样品中仅发现JCV1一种病毒,表明该病毒与采样地枣树的花叶症状密切相关;RT-PCR检测结果显示,JCV1在鄂尔多斯达拉特旗枣园中的检出率为52%;获得的JCV1内蒙古地区分离物23IM_ZiJu1的全长基因组序列为14209 nt,编码6个开放阅读框。序列一致性分析表明,23IM_ZiJu1与来自新疆地区JCV1分离物(AKS15-20)的全基因组核苷酸序列一致性及其RdRp、HSP70和CP基因的氨基酸序列一致性均最高,分别为98.7%、99.1%、99.8%和99.7%。基于RdRp、HSP70和CP基因构建的系统发育树将23IM_ZiJu1与新疆地区2个分离物AKS15-20和AKS15-17聚集于同一分支,且23IM_ZiJu1与AKS15-20的亲缘关系最近。重组分析表明,基因组中存在1个显著的重组事件。来自不同地区JCV1分离物的蛋白质二级结构差异主要体现在β-转角、β-折叠和α-螺旋的有无及其长度上。【结论】本研究是继新疆地区后,首次在内蒙古地区检测到JCV1分离物(23IM_ZiJu1),并获得其基因组序列以及与同属其他已知病毒间的进化关系。获得的基因组序列为JCV1的遗传变异研究和防控策略的制定提供重要的参考依据。
