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人血清白蛋白与氯氰菊酯相互作用的分子模拟研究 被引量:2
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作者 邓培渊 王辉 +2 位作者 袁洪哲 王广军 李长看 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期11-17,共7页
运用分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等分子模拟方法,研究了人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)与氯氰菊酯的结合模式。结果表明:氯氰菊酯与HSA结合形成了稳定的复合物,与其氨基酸残基Arg209形成1个氢键,结合... 运用分子对接、分子动力学、结合自由能计算和丙氨酸扫描等分子模拟方法,研究了人血清白蛋白(human serum albumin,HSA)与氯氰菊酯的结合模式。结果表明:氯氰菊酯与HSA结合形成了稳定的复合物,与其氨基酸残基Arg209形成1个氢键,结合自由能为–83.43 kJ/mol,其中范德华力是结合的主要驱动力,极性溶剂化能是主要抑制力。丙氨酸突变扫描结果显示,氨基酸残基Lys199的ΔΔG_(bind)值为16.78 kJ/mol,是HSA和氯氰菊酯结合的关键氨基酸。该研究结果为阐明氯氰菊酯在人体内的代谢机制提供了理论参考。 展开更多
关键词 人血清白蛋白 氯氰菊酯 分子动力学 分子力学泊松-波尔兹曼表面积法(MM-PBSA) 丙氨酸突变扫描
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防腐剂苯甲酸与人血清白蛋白相互作用 被引量:5
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作者 邓培渊 袁伟 +2 位作者 李长看 陈龙欣 杨莹莹 《应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期1014-1021,共8页
为研究食品防腐剂苯甲酸在人体内的转运和降解机制,在人体血液的生理条件下运用荧光光谱法和分子对接、分子动力学模拟和丙氨酸突变扫描等方法研究了苯甲酸与人血清白蛋白(Human Serum Albumin,HSA)相互作用机理。结果表明:苯甲酸和HSA... 为研究食品防腐剂苯甲酸在人体内的转运和降解机制,在人体血液的生理条件下运用荧光光谱法和分子对接、分子动力学模拟和丙氨酸突变扫描等方法研究了苯甲酸与人血清白蛋白(Human Serum Albumin,HSA)相互作用机理。结果表明:苯甲酸和HSA的结合为静态猝灭过程,不同条件下结合常数KA均大于1.0×10^(4 )L/mol,结合位点数约为1,结合位点为Site II;根据Van′t Hoff方程和分子动力学模拟发现两者结合主要促进作用力是静电作用力,抑制力是极性溶剂化能,且是自由能降低的自发反应;分子对接结果显示复合物中苯甲酸与ARG186形成1个氢键,丙氨酸突变扫描计算显示ASP108、GLN425和GLV459是结合的关键氨基酸。 展开更多
关键词 苯甲酸 人血清白蛋白 荧光猝灭 分子对接 分子动力学模拟
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地黄梓醇和乙酰胆碱酯酶作用的分子动力学模拟 被引量:3
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作者 邓培渊 袁伟 +1 位作者 李长看 徐欢欢 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2021年第1期27-31,共5页
梓醇能有效的的改善阿茨海默尔症状,但与乙酰胆碱酯酶(Acetylcholinesterase,AchE)作用的分子机制尚不明晰.本文运用分子动力学模拟、结合自由能的计算和丙氨酸突变扫描的方法研究了两者的结合模式,结果表明:梓醇结合位点为乙酰胆碱酯... 梓醇能有效的的改善阿茨海默尔症状,但与乙酰胆碱酯酶(Acetylcholinesterase,AchE)作用的分子机制尚不明晰.本文运用分子动力学模拟、结合自由能的计算和丙氨酸突变扫描的方法研究了两者的结合模式,结果表明:梓醇结合位点为乙酰胆碱酯酶的催化活性中心,并形成3个氢键,结合自由能为-60.59 k J/mol,结合的主要驱动力是范德华力和静电作用力,主要抑制力是极性溶剂化能,Tyr151和Gln176是两者结合的关键氨基酸.这些研究为开发高效的Ach E梓醇类似物抑制剂提供理论支持. 展开更多
关键词 乙酰胆碱酯酶 梓醇 分子动力学 结合自由能 丙氨酸突变扫描
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