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食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析
被引量：
4
1
作者
李雨濛
马佳康
+5 位作者
任凯凯
李南
王健
孙金旗
张亚丽
马军
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2019年第7期715-719,共5页
目的食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确。文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性。方法下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管...
目的食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确。文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性。方法下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管鳞癌和腺癌相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对重要miRNA进行靶基因预测及GO、KEGG分析,利用生存分析显示食管鳞癌和腺癌共有差异基因。结果ceRNA网络显示:PVT1、LINC00524、miR-204、miR-383、HOXC8、NTRK2等在食管鳞癌和腺癌中均起重要调控作用。miR-204-5p经miRWalk共预测到13227个调控靶基因,在targetscan,miRDB数据库共筛选出232个靶基因。GO功能分析显示38个富集,主要参与细胞-基质粘附的调节、细胞膜投射形态发生、β-连环蛋白结合等过程。KEGG分析显示4个相关通路:Hedgehog信号通路、寿命调节通路、雌激素信号通路、松弛素信号通路。生存分析结果显示,食管鳞癌中与患者生存相关的差异lncRNA包括LINC00261、MLIP-IT1、LINC00504,差异miRNA包括hsa-mir-338,未发现与生存相关的mRNA。食管腺癌中与生存相关的差异lncRNA包括CYP1B1-AS1、HOTAIR,差异mRNA包括IL11、NTRK2、ANGPT2、PBK。食管鳞癌和腺癌共有的差异lncRNA上调占15.4%(150个),下调占26.8%(158个);miRNA上调占24.2%(22个),下调占27.6%(8个);mRNA上调占20.5%(234个),下调占23.7%(418个)。结论食管鳞癌和腺癌存在明显的分子差异,lncRNA、miRNA及mRNA有望为食管癌的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。
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关键词
食管鳞癌
食管腺癌
转录组
分子特征
ceRNA网络
生存分析
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职称材料
ADAMTS9-AS1-SEMA3G通路对胰腺癌组织中免疫细胞的影响
被引量：
1
2
作者
马佳康
任凯凯
+3 位作者
蔺小艳
侯明宇
周博
马军
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2020年第2期169-173,共5页
目的影响胰腺癌中免疫细胞浸润的机制尚未明确。文章旨在研究胰腺癌中影响免疫浸润相关的lncRNA-mRNA调控通路。方法利用TCGA以及GEO基因表达数据筛选共同的差异lncRNAs,并对筛选出的差异lncRNAs进行生存分析、靶基因预测、GO、KEGG富...
目的影响胰腺癌中免疫细胞浸润的机制尚未明确。文章旨在研究胰腺癌中影响免疫浸润相关的lncRNA-mRNA调控通路。方法利用TCGA以及GEO基因表达数据筛选共同的差异lncRNAs,并对筛选出的差异lncRNAs进行生存分析、靶基因预测、GO、KEGG富集分析、免疫浸润分析以及基因集富集分析(GSEA),找到免疫浸润相关通路。结果 ADAMTS9-AS1高表达的胰腺癌患者较低表达患者有更高的生存率(P=0.010)。ADAMTS9-AS1相关性较强的差异mRNA,GO富集结果共筛选到356个条目,结果与免疫相关,如白细胞-细胞黏附、肿瘤坏死因子超家族细胞因子产生的调控等;KEGG结果共筛选到9个通路,分别为金黄色葡萄球菌感染、细胞周期、补体和凝血级联、卵母细胞减数分裂、孕酮介导的卵母细胞成熟、破骨细胞分化、类风湿关节炎、百日咳以及人T细胞白血病病毒1感染。对照IMMPORT数据库中2498个肿瘤免疫相关基因,发现SEMA3G为免疫相关基因,且与ADAMTS9-AS1相关性最高(r=0.657,P<0.05)。ADAMTS9-AS1及SEMA3G的表达与免疫细胞浸润呈正相关(P<0.05)。GSEA富集分析结果显示ADAMTS9-AS1也可能与柠檬酸盐循环、脂肪酸代谢、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、溶酶体、过氧化物酶体、丙酸盐代谢、蛋白酶体、丙酮酸盐代谢、核糖体、缬氨酸-亮氨酸和异亮氨酸降解通路相关。结论 ADAMTS9-AS1-SEMA3G与胰腺癌的预后和免疫浸润水平相关,可为后续的基因验证实验和免疫研究提供理论依据。
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关键词
胰腺癌
长链非编码RNA
免疫浸润
通路
生存
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职称材料
题名
食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析
被引量：
4
1
作者
李雨濛
马佳康
任凯凯
李南
王健
孙金旗
张亚丽
马军
机构
郑州大学
第二
附属
医院
肿瘤科
郑州大学
第二
附属
医院
检验科
郑州大学第二附属医院消化疾病研究所
出处
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2019年第7期715-719,共5页
文摘
目的食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确。文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性。方法下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管鳞癌和腺癌相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对重要miRNA进行靶基因预测及GO、KEGG分析,利用生存分析显示食管鳞癌和腺癌共有差异基因。结果ceRNA网络显示:PVT1、LINC00524、miR-204、miR-383、HOXC8、NTRK2等在食管鳞癌和腺癌中均起重要调控作用。miR-204-5p经miRWalk共预测到13227个调控靶基因,在targetscan,miRDB数据库共筛选出232个靶基因。GO功能分析显示38个富集,主要参与细胞-基质粘附的调节、细胞膜投射形态发生、β-连环蛋白结合等过程。KEGG分析显示4个相关通路:Hedgehog信号通路、寿命调节通路、雌激素信号通路、松弛素信号通路。生存分析结果显示,食管鳞癌中与患者生存相关的差异lncRNA包括LINC00261、MLIP-IT1、LINC00504,差异miRNA包括hsa-mir-338,未发现与生存相关的mRNA。食管腺癌中与生存相关的差异lncRNA包括CYP1B1-AS1、HOTAIR,差异mRNA包括IL11、NTRK2、ANGPT2、PBK。食管鳞癌和腺癌共有的差异lncRNA上调占15.4%(150个),下调占26.8%(158个);miRNA上调占24.2%(22个),下调占27.6%(8个);mRNA上调占20.5%(234个),下调占23.7%(418个)。结论食管鳞癌和腺癌存在明显的分子差异,lncRNA、miRNA及mRNA有望为食管癌的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。
关键词
食管鳞癌
食管腺癌
转录组
分子特征
ceRNA网络
生存分析
Keywords
esophageal squamous cell carcinoma
esophageal adenocarcinoma
transcriptome
molecular characteristics
ceRNA network
survival analysis
分类号
R735.1 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
ADAMTS9-AS1-SEMA3G通路对胰腺癌组织中免疫细胞的影响
被引量：
1
2
作者
马佳康
任凯凯
蔺小艳
侯明宇
周博
马军
机构
郑州大学
第二
附属
医院
肿瘤科
郑州大学第二附属医院消化疾病研究所
出处
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2020年第2期169-173,共5页
文摘
目的影响胰腺癌中免疫细胞浸润的机制尚未明确。文章旨在研究胰腺癌中影响免疫浸润相关的lncRNA-mRNA调控通路。方法利用TCGA以及GEO基因表达数据筛选共同的差异lncRNAs,并对筛选出的差异lncRNAs进行生存分析、靶基因预测、GO、KEGG富集分析、免疫浸润分析以及基因集富集分析(GSEA),找到免疫浸润相关通路。结果 ADAMTS9-AS1高表达的胰腺癌患者较低表达患者有更高的生存率(P=0.010)。ADAMTS9-AS1相关性较强的差异mRNA,GO富集结果共筛选到356个条目,结果与免疫相关,如白细胞-细胞黏附、肿瘤坏死因子超家族细胞因子产生的调控等;KEGG结果共筛选到9个通路,分别为金黄色葡萄球菌感染、细胞周期、补体和凝血级联、卵母细胞减数分裂、孕酮介导的卵母细胞成熟、破骨细胞分化、类风湿关节炎、百日咳以及人T细胞白血病病毒1感染。对照IMMPORT数据库中2498个肿瘤免疫相关基因,发现SEMA3G为免疫相关基因,且与ADAMTS9-AS1相关性最高(r=0.657,P<0.05)。ADAMTS9-AS1及SEMA3G的表达与免疫细胞浸润呈正相关(P<0.05)。GSEA富集分析结果显示ADAMTS9-AS1也可能与柠檬酸盐循环、脂肪酸代谢、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢、溶酶体、过氧化物酶体、丙酸盐代谢、蛋白酶体、丙酮酸盐代谢、核糖体、缬氨酸-亮氨酸和异亮氨酸降解通路相关。结论 ADAMTS9-AS1-SEMA3G与胰腺癌的预后和免疫浸润水平相关,可为后续的基因验证实验和免疫研究提供理论依据。
关键词
胰腺癌
长链非编码RNA
免疫浸润
通路
生存
Keywords
pancreatic cancer
long non-coding RNAs(lncRNAs)
immune infiltration
pathway
overall survival
分类号
R604 [医药卫生—外科学]
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作者
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被引量
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1
食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析
李雨濛
马佳康
任凯凯
李南
王健
孙金旗
张亚丽
马军
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2019
4
在线阅读
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职称材料
2
ADAMTS9-AS1-SEMA3G通路对胰腺癌组织中免疫细胞的影响
马佳康
任凯凯
蔺小艳
侯明宇
周博
马军
《医学研究生学报》
CAS
北大核心
2020
1
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