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嵌合RNA检测和验证技术
1
作者
王广富
丁咏伟
+1 位作者
唐悦
秦付军
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期797-808,共12页
嵌合RNA(chimeric RNA)是由来自不同基因的外显子片段组成的融合转录本。传统的嵌合RNA检测方法有染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)等,但这些技术的特异性、灵敏性和准确性较差。随着测序技术的发展,二代测序技术展现出强大的数据处...
嵌合RNA(chimeric RNA)是由来自不同基因的外显子片段组成的融合转录本。传统的嵌合RNA检测方法有染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)等,但这些技术的特异性、灵敏性和准确性较差。随着测序技术的发展,二代测序技术展现出强大的数据处理能力,可以通过高通量序列分析来检测嵌合RNA,目前基于高通量测序的检测方法有FusionCatcher、SOAPfuse、EricScript等。目前较为常用的对检测到的嵌合RNA的验证方法有聚合酶链反应(PCR)、核糖核酸酶保护实验(RPA)、琼脂糖凝胶电泳、Sanger测序等。多种检测技术的开发使得越来越多的嵌合RNA被发现,但现有的检测技术各有优劣,主要体现于检测成本、假阳性率、检测时间等方面的差异。本文对嵌合RNA的检测方法、验证方法及各方法的优劣性进行阐述。
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关键词
嵌合RNA
检测技术
验证技术
RNA-SEQ
生物信息学
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职称材料
嵌合RNA的形成机制及生物学意义
被引量:
1
2
作者
陈晨
秦付军
唐悦
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期839-848,共10页
传统观念认为,嵌合RNA只是由染色体重排导致的基因融合,且融合基因及其产物(RNA和蛋白质)曾被认为是癌症的独有特征。然而,随着测序技术的进步和生物信息学软件工具的开发,通过对RNA-Seq数据库分析,越来越多的嵌合RNA被分离和鉴定出来...
传统观念认为,嵌合RNA只是由染色体重排导致的基因融合,且融合基因及其产物(RNA和蛋白质)曾被认为是癌症的独有特征。然而,随着测序技术的进步和生物信息学软件工具的开发,通过对RNA-Seq数据库分析,越来越多的嵌合RNA被分离和鉴定出来。近年的研究表明,嵌合RNA并不是癌症所特有的现象,它广泛存在于人类多种正常组织和细胞中。除了染色体重排之外,嵌合RNA还有多种不同的分子形成机制,包括相邻基因的顺式剪接和反式剪接等。未发生染色体改变的嵌合RNA在转录水平上受到调控,从而呈现出独特的调控模式,其失调可能影响细胞分化并诱导肿瘤的发生。此外,嵌合RNA还发挥特定的生理功能,包括影响正常细胞生长和迁移能力,调控细胞周期及凋亡。通过影响染色体重排从而诱导基因组畸变,亦可作为潜在的竞争性内源RNA,以及影响干细胞的分化等。了解嵌合RNA在组织和细胞发育不同阶段的特异性表达,将有助于发掘潜在的临床诊疗生物标志物。深入且准确地对嵌合RNA的组织学图谱进行研究,可能实现从崭新的视角对特定细胞类型进行嵌合RNA治疗。越来越多的实验数据表明,嵌合RNA广泛存在于癌症和正常组织中,且具有重要的生理功能,其表达水平和模式也是高等动物拓展基因组功能的方式之一.
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关键词
染色体重排
嵌合RNA
顺式剪接
反式剪接
相邻基因顺式剪接
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职称材料
嵌合RNA在肿瘤中的生物学意义
3
作者
吕文倩
唐悦
秦付军
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期1087-1097,共11页
嵌合RNA(chimeric RNA)是来自不同基因的外显子片段通过一定的染色体重排或转录剪接机制形成的融合转录本,具有编码新RNA和/或蛋白质的潜能。嵌合RNA广泛存在于肿瘤和正常组织中,但不同的组织、细胞甚至分化的不同时间点都可能有其独特...
嵌合RNA(chimeric RNA)是来自不同基因的外显子片段通过一定的染色体重排或转录剪接机制形成的融合转录本,具有编码新RNA和/或蛋白质的潜能。嵌合RNA广泛存在于肿瘤和正常组织中,但不同的组织、细胞甚至分化的不同时间点都可能有其独特的嵌合RNA表达谱。目前,对嵌合RNA的研究尚处于起步阶段,其相关定义和术语尚不明确,因此,本文将对其进行统一规范。此外,为了从多维度认识“嵌合RNA”,本文将对嵌合RNA的形成机制和分类,以及其在肿瘤发生发展中的作用机制及其在不同肿瘤中的功能和应用进行详细论述。研究表明,嵌合RNA可编码一定的基因产物,在调控细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡等方面发挥重要作用。在肿瘤中,嵌合RNA可编码特异性蛋白质,通过改变细胞表型,或者直接以非编码嵌合RNA的形式影响基因的表达或调控通路,导致癌症的发生。基于此使得嵌合RNA及其编码产物有望成为诊断癌症的重要标志物和药物治疗的有效靶点。近年来,已在不同肿瘤中发现了多种特异性嵌合RNA,它们在疾病的发生和进展中发挥了重要的作用。目前,已有嵌合RNA及其产物作为分子靶标成功应用于临床诊断和治疗,或者评估疾病的预后。本文将着重阐述嵌合RNA在不同肿瘤中的功能和应用,旨在为肿瘤嵌合RNA的研究提供新的参考,并为疾病的诊断和治疗提供新的视角和方向。
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关键词
嵌合RNA
基因融合
相邻基因顺式剪接
生物标志物
治疗靶点
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职称材料
题名
嵌合RNA检测和验证技术
1
作者
王广富
丁咏伟
唐悦
秦付军
机构
郑州大学
基础
医学
院微生物学与免疫学系
郑州大学
医学
科学院
医学
表观遗传学中心
郑州大学
医学
科学院
分子病理中心
郑州大学医学科学院转化医学平台
郑州大学
省部共建食管癌防治国家重点实验室
郑州大学
基础
医学
院病理与病理生理学系
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期797-808,共12页
基金
国家自然科学基金(81972421)
国家自然科学基金(NSFC)-河南联合项目(U2004135)
+1 种基金
郑州大学高层次人才启动项目(32340177),郑州大学教育教学改革研究与实验项目(2022ZZUJGXMLXS-017)资助
河南省高等学校大学生创新创业训练计划(202210459126,202210459161)。
文摘
嵌合RNA(chimeric RNA)是由来自不同基因的外显子片段组成的融合转录本。传统的嵌合RNA检测方法有染色体核型分析、荧光原位杂交(FISH)等,但这些技术的特异性、灵敏性和准确性较差。随着测序技术的发展,二代测序技术展现出强大的数据处理能力,可以通过高通量序列分析来检测嵌合RNA,目前基于高通量测序的检测方法有FusionCatcher、SOAPfuse、EricScript等。目前较为常用的对检测到的嵌合RNA的验证方法有聚合酶链反应(PCR)、核糖核酸酶保护实验(RPA)、琼脂糖凝胶电泳、Sanger测序等。多种检测技术的开发使得越来越多的嵌合RNA被发现,但现有的检测技术各有优劣,主要体现于检测成本、假阳性率、检测时间等方面的差异。本文对嵌合RNA的检测方法、验证方法及各方法的优劣性进行阐述。
关键词
嵌合RNA
检测技术
验证技术
RNA-SEQ
生物信息学
Keywords
chimeric RNA
detection techniques
validation techniques
RNA-Seq
bioinformatics
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
R-1 [医药卫生]
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职称材料
题名
嵌合RNA的形成机制及生物学意义
被引量:
1
2
作者
陈晨
秦付军
唐悦
机构
郑州大学
基础
医学
院微生物学与免疫学系
郑州大学
医学
科学院
分子病理中心
郑州大学医学科学院转化医学平台
郑州大学
省部共建食管癌防治国家重点实验室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期839-848,共10页
基金
河南省重点研发与推广专项(科技攻关)项目(No.202102310097)
国家自然科学基金面上项目(No.81972421)
国家自然科学基金(NSFC)-河南省联合项目(No.U2004135)资助。
文摘
传统观念认为,嵌合RNA只是由染色体重排导致的基因融合,且融合基因及其产物(RNA和蛋白质)曾被认为是癌症的独有特征。然而,随着测序技术的进步和生物信息学软件工具的开发,通过对RNA-Seq数据库分析,越来越多的嵌合RNA被分离和鉴定出来。近年的研究表明,嵌合RNA并不是癌症所特有的现象,它广泛存在于人类多种正常组织和细胞中。除了染色体重排之外,嵌合RNA还有多种不同的分子形成机制,包括相邻基因的顺式剪接和反式剪接等。未发生染色体改变的嵌合RNA在转录水平上受到调控,从而呈现出独特的调控模式,其失调可能影响细胞分化并诱导肿瘤的发生。此外,嵌合RNA还发挥特定的生理功能,包括影响正常细胞生长和迁移能力,调控细胞周期及凋亡。通过影响染色体重排从而诱导基因组畸变,亦可作为潜在的竞争性内源RNA,以及影响干细胞的分化等。了解嵌合RNA在组织和细胞发育不同阶段的特异性表达,将有助于发掘潜在的临床诊疗生物标志物。深入且准确地对嵌合RNA的组织学图谱进行研究,可能实现从崭新的视角对特定细胞类型进行嵌合RNA治疗。越来越多的实验数据表明,嵌合RNA广泛存在于癌症和正常组织中,且具有重要的生理功能,其表达水平和模式也是高等动物拓展基因组功能的方式之一.
关键词
染色体重排
嵌合RNA
顺式剪接
反式剪接
相邻基因顺式剪接
Keywords
chromosome rearrangement
chimeric RNA
cis-splicing
trans-splicing
cis-splicing of adjacent genes(cis-SAGe)
分类号
Q752 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
嵌合RNA在肿瘤中的生物学意义
3
作者
吕文倩
唐悦
秦付军
机构
郑州大学医学科学院转化医学平台
郑州大学
基础
医学
院微生物学与免疫学系
郑州大学
省部共建食管癌防治国家重点实验室
郑州大学
医学
科学院
分子病理中心
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第8期1087-1097,共11页
基金
河南省重点研发与推广专项(科技攻关)项目(No.202102310097)
国家自然基金面上项目(No.81972421)
+1 种基金
国家自然基金(NSFC)-河南联合项目(No.U2004135)
郑州大学高层次人才启动项目(No.32340177)资助。
文摘
嵌合RNA(chimeric RNA)是来自不同基因的外显子片段通过一定的染色体重排或转录剪接机制形成的融合转录本,具有编码新RNA和/或蛋白质的潜能。嵌合RNA广泛存在于肿瘤和正常组织中,但不同的组织、细胞甚至分化的不同时间点都可能有其独特的嵌合RNA表达谱。目前,对嵌合RNA的研究尚处于起步阶段,其相关定义和术语尚不明确,因此,本文将对其进行统一规范。此外,为了从多维度认识“嵌合RNA”,本文将对嵌合RNA的形成机制和分类,以及其在肿瘤发生发展中的作用机制及其在不同肿瘤中的功能和应用进行详细论述。研究表明,嵌合RNA可编码一定的基因产物,在调控细胞的增殖、迁移、侵袭和凋亡等方面发挥重要作用。在肿瘤中,嵌合RNA可编码特异性蛋白质,通过改变细胞表型,或者直接以非编码嵌合RNA的形式影响基因的表达或调控通路,导致癌症的发生。基于此使得嵌合RNA及其编码产物有望成为诊断癌症的重要标志物和药物治疗的有效靶点。近年来,已在不同肿瘤中发现了多种特异性嵌合RNA,它们在疾病的发生和进展中发挥了重要的作用。目前,已有嵌合RNA及其产物作为分子靶标成功应用于临床诊断和治疗,或者评估疾病的预后。本文将着重阐述嵌合RNA在不同肿瘤中的功能和应用,旨在为肿瘤嵌合RNA的研究提供新的参考,并为疾病的诊断和治疗提供新的视角和方向。
关键词
嵌合RNA
基因融合
相邻基因顺式剪接
生物标志物
治疗靶点
Keywords
chimeric RNA
gene fusions
cis-spliced adjacent genes
biomarkers
therapeutic targets
分类号
Q71 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
嵌合RNA检测和验证技术
王广富
丁咏伟
唐悦
秦付军
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
嵌合RNA的形成机制及生物学意义
陈晨
秦付军
唐悦
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
嵌合RNA在肿瘤中的生物学意义
吕文倩
唐悦
秦付军
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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职称材料
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