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MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
1
作者
张咏雅
李晓华
+1 位作者
赵雪茹
李雪
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期408-416,共9页
目的探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓...
目的探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。结果共筛选出DEGs 100个,DMGs 7441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因CSPG 5和RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组GSPG5、RBP1、ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义(t=7.885、7.613、7.345,均P<0.01)。结论RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。CSPG 5和RBP 1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
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关键词
增生性玻璃体视网膜病变
视网膜色素上皮细胞
MECP2
m6A
MeRIP-seq
上皮-间充质转化
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职称材料
题名
MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
1
作者
张咏雅
李晓华
赵雪茹
李雪
机构
郑州大学人民医院眼科、河南省人民医院眼科、河南省立眼科医院、河南省眼科与视觉科学重点实验室、河南省医学科学院眼科研究所
出处
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第5期408-416,共9页
基金
国家自然科学基金面上项目(81770952)。
文摘
目的探讨重组人甲基CpG结合蛋白2(MeCP2)处理的视网膜色素上皮(RPE)细胞中mRNA和N6-甲基腺嘌呤(m6A)改变及其机制。方法将传代ARPE-19细胞贴壁培养后分为正常对照组和MeCP2组,正常对照组细胞采用正常培养液培养,MeCP2组细胞于含终质量浓度20 ng/ml重组人MeCP2蛋白培养液中,连续培养72 h。提取细胞内总RNA进行转录组测序(RNA-seq)和甲基化免疫共沉淀测序(MeRIP-seq)分析。采用edgeR软件包根据P<0.05筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs)。采用基因本体论(GO)富集分析对差异基因进行生物学功能描述,采用京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行通路富集分析。筛选出DEGs与DMGs交集的基因,采用实时荧光定量PCR技术检测各组差异基因mRNA表达水平。结果共筛选出DEGs 100个,DMGs 7441个,富集分析发现DEGs与细胞外基质(ECM)-受体相互作用、细胞分裂、细胞周期和磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路等相关,DMGs与微管细胞骨架、血管生成、表皮生长因子受体(ErbB)信号通路、晚期糖基化终末产物(AGEs)-糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、Notch信号通路和转化生长因子β(TGF-β)信号通路等相关。DEGs中24个基因表达增加,76个基因表达减少;DMGs中5个基因含有高甲基化峰,7439个基因含有低甲基化峰,注释峰后,正常对照组有7626个基因发生m6A甲基化,MeCP2组有8006个基因发生m6A甲基化,2个组间有7360个交集基因。正常对照组和MeCP2组的m6A甲基化富集于转录本的CDS、内含子和3'-非翻译区(3'UTR)区域,其甲基化比例分别为23.62%/22.27%、48.53%/48.35%和23.66%/25.28%。联合分析发现2个上皮-间充质转化(EMT)相关基因CSPG 5和RBP1的mRNA和m6A水平均降低。荧光定量PCR结果显示,MeCP2组GSPG5、RBP1、ZNF484 mRNA相对表达量均明显低于正常对照组,差异均有统计学意义(t=7.885、7.613、7.345,均P<0.01)。结论RPE细胞中MeCP2对EMT的调控机制与m6A甲基化修饰相关。CSPG 5和RBP 1基因可能是m6A甲基化的靶基因,参与MeCP2调控的EMT过程。
关键词
增生性玻璃体视网膜病变
视网膜色素上皮细胞
MECP2
m6A
MeRIP-seq
上皮-间充质转化
Keywords
Proliferative vitreoretinopathy
Retinal pigment epithelial cells
MeCP2
m6A
MeRIP-seq
Epithelial-mesenchymal transition
分类号
R774.1 [医药卫生—眼科]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
MeCP2诱导的视网膜色素上皮细胞转录组和m6A的改变
张咏雅
李晓华
赵雪茹
李雪
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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