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基于网络药理学、分子对接和分子动力学探讨犀角地黄汤治疗糖尿病足溃疡的作用机制
1
作者
郑炜
马琳
+3 位作者
刘佳
张瑞华
赵杰
魏伟
《天津师范大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第4期14-22,共9页
为了解犀角地黄汤(RHRD)治疗糖尿病足溃疡(DFU)的分子机制,应用网络药理学和分子动力学模拟方法,通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM和文献检索搜索犀角地黄汤中药成分的活性成分及其靶点,然后从GeneCards、CTD、OMIM、TTD和DrugBank数据库中...
为了解犀角地黄汤(RHRD)治疗糖尿病足溃疡(DFU)的分子机制,应用网络药理学和分子动力学模拟方法,通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM和文献检索搜索犀角地黄汤中药成分的活性成分及其靶点,然后从GeneCards、CTD、OMIM、TTD和DrugBank数据库中检索DFU的疾病靶点.分析药物靶点和疾病靶点的交叉靶点,使用Cytoscape 3.7.1软件构建成分-靶点(CT)网络,在String平台上构建治疗靶点的蛋白质相互作用(PPI)网络,并对关键基因进行筛选.在DAVID数据库中进行GO和KEGG富集分析.用AutoDock进行分子对接以预测RHRD有效成分与核心靶点的结合,随后用Gromacs进行分子动力学模拟,观察靶蛋白中的相互作用和构象变化.以HaCaT细胞为实验材料,通过MTT实验和细胞划痕实验检测高糖条件下RHRD对HaCaT细胞的保护作用.结果显示:(1)共筛选出32种活性成分、419个药物靶点、14036个疾病靶点和384个治疗靶点;(2)通过CT网络和PPI网络分析获得了核心活性成分(槲皮素、山柰酚、梓醇、黄芩素)和核心靶点(TP53、AKT1、HSP90AA1、STAT3、MAPK1),主要涉及脂质与动脉粥样硬化、Th17细胞分化通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路和MAPK信号通路等;(3)分子对接结果表明,RHRD有效成分与核心靶点之间存在很强的结合亲和力,分子动力学模拟证实了RHRD有效成分与这些靶点的稳定结合;(4)MTT实验结果显示RHRD可以保护HaCaT细胞免受高糖诱导的细胞损伤,细胞划痕实验结果显示RHRD能够显著诱导伤口愈合.
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关键词
犀角地黄汤
糖尿病足溃疡
网络药理学
分子动力学模拟
蛋白质相互作用
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职称材料
题名
基于网络药理学、分子对接和分子动力学探讨犀角地黄汤治疗糖尿病足溃疡的作用机制
1
作者
郑炜
马琳
刘佳
张瑞华
赵杰
魏伟
机构
邢台市人民医院烧伤与创面修复科
邢台市
中心
医院
生殖医学
科
河北医
科
大学第三
医院
烧伤与
创面
修复
科
出处
《天津师范大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025年第4期14-22,共9页
基金
河北省卫生厅科研基金项目(20210878)
河北省中医药管理局科研项目(2025330)。
文摘
为了解犀角地黄汤(RHRD)治疗糖尿病足溃疡(DFU)的分子机制,应用网络药理学和分子动力学模拟方法,通过TCMSP数据库、BATMAN-TCM和文献检索搜索犀角地黄汤中药成分的活性成分及其靶点,然后从GeneCards、CTD、OMIM、TTD和DrugBank数据库中检索DFU的疾病靶点.分析药物靶点和疾病靶点的交叉靶点,使用Cytoscape 3.7.1软件构建成分-靶点(CT)网络,在String平台上构建治疗靶点的蛋白质相互作用(PPI)网络,并对关键基因进行筛选.在DAVID数据库中进行GO和KEGG富集分析.用AutoDock进行分子对接以预测RHRD有效成分与核心靶点的结合,随后用Gromacs进行分子动力学模拟,观察靶蛋白中的相互作用和构象变化.以HaCaT细胞为实验材料,通过MTT实验和细胞划痕实验检测高糖条件下RHRD对HaCaT细胞的保护作用.结果显示:(1)共筛选出32种活性成分、419个药物靶点、14036个疾病靶点和384个治疗靶点;(2)通过CT网络和PPI网络分析获得了核心活性成分(槲皮素、山柰酚、梓醇、黄芩素)和核心靶点(TP53、AKT1、HSP90AA1、STAT3、MAPK1),主要涉及脂质与动脉粥样硬化、Th17细胞分化通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路和MAPK信号通路等;(3)分子对接结果表明,RHRD有效成分与核心靶点之间存在很强的结合亲和力,分子动力学模拟证实了RHRD有效成分与这些靶点的稳定结合;(4)MTT实验结果显示RHRD可以保护HaCaT细胞免受高糖诱导的细胞损伤,细胞划痕实验结果显示RHRD能够显著诱导伤口愈合.
关键词
犀角地黄汤
糖尿病足溃疡
网络药理学
分子动力学模拟
蛋白质相互作用
Keywords
rhinoceros horn and rehmannia decoction(RHRD)
diabetic foot ulcer(DFU)
network pharmacology
mole-cular dynamics simulation
protein-protein interaction
分类号
R285 [医药卫生—中药学]
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出处
发文年
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1
基于网络药理学、分子对接和分子动力学探讨犀角地黄汤治疗糖尿病足溃疡的作用机制
郑炜
马琳
刘佳
张瑞华
赵杰
魏伟
《天津师范大学学报(自然科学版)》
北大核心
2025
0
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