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犬瘟热病毒原液TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立
1
作者
魏斌
田一男
+8 位作者
李平
石梅
曹雪峰
肖启程
涂蕊
但佳明
杨亭玉
彭广能
钟志军
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2017年第11期1819-1826,共8页
为建立一种不提取病毒RNA,直接采用Taq Man荧光定量RT-PCR检测样本上清液中犬瘟热病毒的方法。通过扩增CDV的NP基因部分片段构建重组质粒,建立Taq Man荧光定量PCR方法,对所建立的方法进行特异性、敏感性、重复性检测;比较了提取核酸后...
为建立一种不提取病毒RNA,直接采用Taq Man荧光定量RT-PCR检测样本上清液中犬瘟热病毒的方法。通过扩增CDV的NP基因部分片段构建重组质粒,建立Taq Man荧光定量PCR方法,对所建立的方法进行特异性、敏感性、重复性检测;比较了提取核酸后进行荧光定量RT-PCR与不提取核酸对原液进行荧光定量RT-PCR检测的结果,最后对疑似CDV病料进行检测。结果显示,建立的CDV质粒Taq Man荧光定量PCR检测灵敏度比普通PCR灵敏度高1 000倍。将核酸提取液和病毒原液稀释后用该研究建立的方法进行检测,最小检测稀释倍数分别为10~7和10~5,表明提取核酸后样本中的有效c DNA浓度比直接使用病毒原液检测高100倍。特异性和重复性检测结果表明,该方法特异性良好且重复性较高。对97份临床病料进行检测,建立的方法共检出60份阳性,阳性检出率高于普通RT-PCR和胶体金快速检测试纸板,提取核酸法与原液法的一致率为100%。标准曲线分析表明,当病毒含量高于10~2拷贝·μL^(-1)时,与普通RT-PCR以及胶体金快速检测试纸板相比,CDV原液Taq Man荧光定量RT-PCR检测技术阳性检出率更高、准确性更好,值得临床推广应用。
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关键词
犬瘟热病毒
病毒原液
TAQ
Man荧光定量RT-PCR
特异性
重复性
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职称材料
西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染情况调查及多位点基因序列分析
2
作者
田一男
魏斌
+8 位作者
李平
黄祥明
李威
涂蕊
但佳明
袁莉
杨亭玉
彭广能
钟志军
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2018年第3期366-370,共5页
为了解西南部分地区非人灵长类贾第虫的感染情况及其集聚体和基因亚型分布,收集了西南地区部分动物园、养殖场以及试验动物养殖基地的207份猕猴、长臂猿、金丝猴和食蟹猴新鲜粪便,采用饱和蔗糖漂浮法处理样品,提取DNA,经巢式PCR扩增β-g...
为了解西南部分地区非人灵长类贾第虫的感染情况及其集聚体和基因亚型分布,收集了西南地区部分动物园、养殖场以及试验动物养殖基地的207份猕猴、长臂猿、金丝猴和食蟹猴新鲜粪便,采用饱和蔗糖漂浮法处理样品,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin(bg)、tpi和gdh基因,扩增产物经测序后进行分子生物学分析。结果表明:西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染率为7.73%(16/207),16份阳性样品均为集聚体B(assemblage B)。感染的品种包括猕猴、长臂猿及食蟹猴。长臂猿感染率最高(38.89%),不同品种非人灵长类贾第虫感染率差异极显著(P<0.01)。所有阳性样品均成功扩增出bg、tpi和gdh三个基因的特异性产物。多位点基因序列分析和种系进化树分析结果显示,bg及tpi基因位点多态性变异明显,gdh位点多态性变异较小。本次调查结果表明,西南部分地区非人灵长类所携带的贾第虫具有人兽共患风险。
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关键词
非人灵长类
贾第虫
BG
TPI
GDH
感染率
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职称材料
题名
犬瘟热病毒原液TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立
1
作者
魏斌
田一男
李平
石梅
曹雪峰
肖启程
涂蕊
但佳明
杨亭玉
彭广能
钟志军
机构
四川
农业
大学动物医学院动物疫病与人类健康四川省重点实验室
邛崃市农业和林业局
绵阳市经开区动物疫病预防控制中心
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2017年第11期1819-1826,共8页
基金
国家重点研发计划(2016YFD0501009)
国家自然科学基金项目(31000548)
成都大熊猫繁育研究基金会项目(CPF2015-4)
文摘
为建立一种不提取病毒RNA,直接采用Taq Man荧光定量RT-PCR检测样本上清液中犬瘟热病毒的方法。通过扩增CDV的NP基因部分片段构建重组质粒,建立Taq Man荧光定量PCR方法,对所建立的方法进行特异性、敏感性、重复性检测;比较了提取核酸后进行荧光定量RT-PCR与不提取核酸对原液进行荧光定量RT-PCR检测的结果,最后对疑似CDV病料进行检测。结果显示,建立的CDV质粒Taq Man荧光定量PCR检测灵敏度比普通PCR灵敏度高1 000倍。将核酸提取液和病毒原液稀释后用该研究建立的方法进行检测,最小检测稀释倍数分别为10~7和10~5,表明提取核酸后样本中的有效c DNA浓度比直接使用病毒原液检测高100倍。特异性和重复性检测结果表明,该方法特异性良好且重复性较高。对97份临床病料进行检测,建立的方法共检出60份阳性,阳性检出率高于普通RT-PCR和胶体金快速检测试纸板,提取核酸法与原液法的一致率为100%。标准曲线分析表明,当病毒含量高于10~2拷贝·μL^(-1)时,与普通RT-PCR以及胶体金快速检测试纸板相比,CDV原液Taq Man荧光定量RT-PCR检测技术阳性检出率更高、准确性更好,值得临床推广应用。
关键词
犬瘟热病毒
病毒原液
TAQ
Man荧光定量RT-PCR
特异性
重复性
Keywords
canine distemper virus
viral stock
Taq Man quantitative RT-PCR
specificity
reproducibility
分类号
S855.3 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染情况调查及多位点基因序列分析
2
作者
田一男
魏斌
李平
黄祥明
李威
涂蕊
但佳明
袁莉
杨亭玉
彭广能
钟志军
机构
四川
农业
大学动物医学院
邛崃市农业和林业局
成都大熊猫繁育研究基地
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2018年第3期366-370,共5页
基金
国家重点研发计划(2016YFD0501009)
成都大熊猫繁育研究基金会项目(CPF2015-4)
文摘
为了解西南部分地区非人灵长类贾第虫的感染情况及其集聚体和基因亚型分布,收集了西南地区部分动物园、养殖场以及试验动物养殖基地的207份猕猴、长臂猿、金丝猴和食蟹猴新鲜粪便,采用饱和蔗糖漂浮法处理样品,提取DNA,经巢式PCR扩增β-giardin(bg)、tpi和gdh基因,扩增产物经测序后进行分子生物学分析。结果表明:西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染率为7.73%(16/207),16份阳性样品均为集聚体B(assemblage B)。感染的品种包括猕猴、长臂猿及食蟹猴。长臂猿感染率最高(38.89%),不同品种非人灵长类贾第虫感染率差异极显著(P<0.01)。所有阳性样品均成功扩增出bg、tpi和gdh三个基因的特异性产物。多位点基因序列分析和种系进化树分析结果显示,bg及tpi基因位点多态性变异明显,gdh位点多态性变异较小。本次调查结果表明,西南部分地区非人灵长类所携带的贾第虫具有人兽共患风险。
关键词
非人灵长类
贾第虫
BG
TPI
GDH
感染率
Keywords
non-human primates
Giardia duodenalis
bg
tpi
gdh
infection rate
分类号
S855.99 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
犬瘟热病毒原液TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立
魏斌
田一男
李平
石梅
曹雪峰
肖启程
涂蕊
但佳明
杨亭玉
彭广能
钟志军
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2017
0
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职称材料
2
西南部分地区圈养非人灵长类贾第虫感染情况调查及多位点基因序列分析
田一男
魏斌
李平
黄祥明
李威
涂蕊
但佳明
袁莉
杨亭玉
彭广能
钟志军
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2018
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