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脆弱拟杆菌Pif1解旋酶的表达纯化与晶体生长 被引量：2
1
作者 曹汝菲 李泽轩 +4 位作者 许欢 张莎 张敏敏 戴枫 段晓雷 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期180-190,共11页
获得可用于X射线衍射的B.f Pif1单晶以用于探究B.f Pif1结构与功能。构建原核表达载体pET15b-SUMO-B.f Pif1,并进行B.f Pif1重组蛋白的诱导表达;经镍柱亲和层析、SUMO酶切、DEAE交换层析与S200凝胶过滤层析等一系列纯化;并利用Stopped-f... 获得可用于X射线衍射的B.f Pif1单晶以用于探究B.f Pif1结构与功能。构建原核表达载体pET15b-SUMO-B.f Pif1,并进行B.f Pif1重组蛋白的诱导表达;经镍柱亲和层析、SUMO酶切、DEAE交换层析与S200凝胶过滤层析等一系列纯化;并利用Stopped-flow技术检测纯化蛋白的活性;使用结晶机器人及多种试剂盒进行结晶条件筛选与优化培养,并进行初步的X射线衍射分析。获得高纯度(>98.5%)与高浓度(17 mg/mL)的B.f Pif1蛋白,动力学结果显示其解旋活性良好。结晶实验表明:在0.1 mol/L Bis-Tris乙酸(pH 8.3),0.05 mol/L碳酸氢钠,5%甘油和0.015 mol/L亚精胺条件下培养出形态较好的单晶,其X射线衍射分辨率达到3.5?。成功表达纯化与结晶培养出具有较高分辨率的B.f Pif1蛋白的单晶。 展开更多
关键词 Pif1解旋酶 脆弱拟杆菌 重组表达纯化 蛋白结晶
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PRKDC在肝癌中的表达及其与免疫细胞浸润、预后的相关性分析 被引量：3
2
作者 余春波 李大玉 +1 位作者 范芳 李长福(指导) 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1687-1693,共7页
目的:利用生物信息学方法分析PRKDC在肝癌中的表达及其与肿瘤微环境中免疫细胞浸润、预后的关系。方法:采用Oncomine、UALCAN、HCCDB、HPA、TCGA、Kaplan-Meier、cBioPortal、LinkedOmics、TIMER数据库和R软件包ggstatsplot、IOBR、psyc... 目的:利用生物信息学方法分析PRKDC在肝癌中的表达及其与肿瘤微环境中免疫细胞浸润、预后的关系。方法:采用Oncomine、UALCAN、HCCDB、HPA、TCGA、Kaplan-Meier、cBioPortal、LinkedOmics、TIMER数据库和R软件包ggstatsplot、IOBR、psych(version 2.1.6)研究PRKDC基因在肝癌组织和正常肝组织中的表达差异,分析基因表达、基因突变与肝癌预后的相关性,并对GO、KEGG通路进行GESA富集分析;分析PRKDC表达与免疫检查点、免疫标志基因、肿瘤免疫细胞浸润、肿瘤微环境中免疫细胞和基质细胞浸润的相关性。结果:肝癌组织PRKDC呈显著高表达,高表达的PRKDC显著缩短肝癌患者OS和DSS,PRKDC基因组改变与肝癌患者OS和DFS无显著相关性;PRKDC表达与B细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞、CD4+T细胞和树突状细胞呈显著正相关,与多数免疫检查点、免疫标志基因显著相关,与肝癌肿瘤微环境呈显著负相关。结论:PRKDC可作为肝癌诊断、预后和免疫细胞浸润水平的标志物,与免疫检查点、免疫标志基因、免疫细胞浸润性、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润等相关。 展开更多
关键词 PRKDC 肝癌 免疫浸润 肿瘤微环境 生物信息学
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VANGL2在人hUVEC细胞中初级纤毛装配和解聚的作用 被引量：1
3
作者 郜双林 王俊华 +1 位作者 谢夏丹 生欣 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期820-831,共12页
动脉粥样硬化是心血管疾病的主要发病原因。大量研究显示,动脉粥样硬化的形成与内皮细胞的初级纤毛相关。探讨内皮细胞中的初级纤毛装配和解聚的机制,对于揭示动脉粥样硬化的发病机制具有重要的理论和实践意义。目前,作为平面细胞极化(P... 动脉粥样硬化是心血管疾病的主要发病原因。大量研究显示,动脉粥样硬化的形成与内皮细胞的初级纤毛相关。探讨内皮细胞中的初级纤毛装配和解聚的机制,对于揭示动脉粥样硬化的发病机制具有重要的理论和实践意义。目前,作为平面细胞极化(PCP)信号通路的特有组分VANGL平面细胞极性蛋白2(VANGL2)在内皮细胞中与初级纤毛相关的研究甚少。因此,本研究构建VANGL2的慢病毒稳定干扰和过表达人脐静脉内皮细胞(hUVEC)系。从形态学上对初级纤毛分布的情况进行标记,同时用免疫荧光对VANGL2可能相互作用的蛋白质进行共定位检测,并利用免疫印迹进一步对其下游蛋白质蓬乱蛋白(DVL2)、初级纤毛装配相关蛋白质巴特-比德尔综合征8(BBS8)和纤毛内转运系统88(IFT88)、初级纤毛解聚相关蛋白质运动蛋白家族成员2A(KIF2A)和143位点处丝氨酸磷酸化的蓬乱蛋白(pDVL2)进行检测,用免疫共沉淀检测与VANGL2、下游蛋白质DVL2相互作用的蛋白质。结果表明,免疫荧光标记初级纤毛的荧光图显示,过表达VANGL2后初级纤毛数量显著增多(P<0.05),其长度也较其他组更长,其定位方向更倾向于VANGL2富集的位置,并位于初级纤毛的基部。免疫荧光共定位显示,BBS8、IFT88均与VANGL2共定位,在过表达VANGL2组中均呈极性分布,PLK1也与VANGL2存在共定位情况,但整体上PLK1的表达量较低。免疫印迹结果显示,过表达VANGL2时,其下游蛋白质DVL2上调(P<0.01)。同时,初级纤毛解聚相关蛋白质KIF2A也上调(P<0.01)。此外,与初级纤毛解聚途径激活有关的pDVL2下调(P<0.05),初级纤毛装配相关的蛋白质BBS8、IFT88发生上调(P<0.01)。免疫共沉淀结果显示,VANGL2与DVL2存在相互作用关系,且VANGL2和DVL2均与KIF2A相互作用,但DVL2与KIF2A相互作用的程度较强。综上结果表明,VANGL2可能通过上调DVL2并增加DVL2与KIF2A的相互作用而促进初级纤毛的解聚过程。同时,通过下调pDVL2、上调初级纤毛装配相关蛋白质BBS8和IFT88而增加初级纤毛的装配过程。但在过表达VANGL2组中,初级纤毛装配的过程比解聚占优势,两者最终的平衡决定初级纤毛的发生情况,为进一步研究VANGL2在内皮细胞中初级纤毛装配和解聚的机制研究提供见解。 展开更多
关键词 VANGL平面细胞极性蛋白2 蓬乱蛋白 初级纤毛装配 初级纤毛解聚 平面细胞极化
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