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植物位点特异性甲基化研究的引物设计及PCR体系优化
被引量：
2
1
作者
王鹤潼
宋婕
+7 位作者
崔伟娜
曹霞
何蕾
贾春云
惠秀娟
台培东
成智博
刘宛
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期1686-1693,共8页
通过设计大量引物,探索在植物甲基化引物设计中长、短引物的设计方法及其相应的PCR条件,同时比较不同Taq酶对甲基化率影响。结果表明：17~30 bp短引物适合使用Touch-down程序PCR,但特异性差、成功率低;31~50 bp长引物使用55℃退火60℃...
通过设计大量引物,探索在植物甲基化引物设计中长、短引物的设计方法及其相应的PCR条件,同时比较不同Taq酶对甲基化率影响。结果表明：17~30 bp短引物适合使用Touch-down程序PCR,但特异性差、成功率低;31~50 bp长引物使用55℃退火60℃延伸的PCR条件成功率最高,其中反向引物的长度及Tm小于正向引物较佳;高保真酶因其3′→5′外切酶活性不宜用于甲基化研究,而Epi TaqTMHS在PCR结果中表现最佳。
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关键词
植物甲基化
引物设计
Taq酶
PCR条件
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职称材料
Cd胁迫诱导拟南芥幼苗DNA损伤分析
被引量：
6
2
作者
宋婕
王鹤潼
+9 位作者
崔伟娜
孙梨宗
曹霞
何蕾
姜丽思
成智博
惠秀娟
台培东
杨悦锁
刘宛
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期635-642,共8页
以拟南芥为供试植物,通过基于随机引物扩增多态性(RAPD)法的DNA损伤分析,酶联免疫吸附(ELISA)法的DNA甲基化分析以及Real-time PCR的DNA损伤修复与细胞周期相关基因的表达分析,研究了Cd(0、0.125、0.25、1.0、2.5 mg·L^(-1))胁迫5 ...
以拟南芥为供试植物,通过基于随机引物扩增多态性(RAPD)法的DNA损伤分析,酶联免疫吸附(ELISA)法的DNA甲基化分析以及Real-time PCR的DNA损伤修复与细胞周期相关基因的表达分析,研究了Cd(0、0.125、0.25、1.0、2.5 mg·L^(-1))胁迫5 d的拟南芥幼苗DNA损伤、DNA损伤修复系统以及细胞周期对胁迫的响应。结果显示,随Cd浓度的增加DNA损伤加剧,全基因组甲基化水平较对照组显著增加(P<0.01或P<0.05),细胞周期调控基因PCNA1、PCNA2,错配修复(MMR)基因MLH1、MSH_2、MSH6,非同源末端连接(NHEJ)标志基因KU70、MRE11、GR1,同源重组(HR)标志基因RAD51、BRCA1的表达均与Cd胁迫浓度呈明显的倒U型剂量效应关系,DNA修复系统对Cd胁迫的敏感性依次为MMR>HR>NHEJ。该结果表明:轻度Cd胁迫主要引起DNA错配损伤,并且该损伤易修复;随着Cd胁迫的增强,会引起DNA断裂与染色体损伤,损伤较难修复。另外,对Cd胁迫响应最敏感的MSH6、MLH1基因可作为表征Cd胁迫对于拟南芥遗传毒性效应的有效生物标记物。
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关键词
CD
DNA损伤修复
DNA修复
细胞周期
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职称材料
题名
植物位点特异性甲基化研究的引物设计及PCR体系优化
被引量：
2
1
作者
王鹤潼
宋婕
崔伟娜
曹霞
何蕾
贾春云
惠秀娟
台培东
成智博
刘宛
机构
中国
科学
院沈阳应用生态
研究
所污染生态与环境工程重点实验室
辽宁何氏医学院
辽宁大学
上海应用技术学院
沈阳
农业
大学
通辽市农业科学研究院蔬菜所
出处
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第9期1686-1693,共8页
基金
国家自然科学基金项目(21347007
41272255
+1 种基金
41472237)
国家科技重大专项(2012ZX7505-001)
文摘
通过设计大量引物,探索在植物甲基化引物设计中长、短引物的设计方法及其相应的PCR条件,同时比较不同Taq酶对甲基化率影响。结果表明：17~30 bp短引物适合使用Touch-down程序PCR,但特异性差、成功率低;31~50 bp长引物使用55℃退火60℃延伸的PCR条件成功率最高,其中反向引物的长度及Tm小于正向引物较佳;高保真酶因其3′→5′外切酶活性不宜用于甲基化研究,而Epi TaqTMHS在PCR结果中表现最佳。
关键词
植物甲基化
引物设计
Taq酶
PCR条件
Keywords
plant methylation
primer design
Taq polymerase
PCR condition
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
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职称材料
题名
Cd胁迫诱导拟南芥幼苗DNA损伤分析
被引量：
6
2
作者
宋婕
王鹤潼
崔伟娜
孙梨宗
曹霞
何蕾
姜丽思
成智博
惠秀娟
台培东
杨悦锁
刘宛
机构
辽宁大学环境学院
中国
科学
院沈阳应用生态
研究
所污染生态与环境工程重点实验室
辽宁何氏医学院
上海应用技术学院
沈阳
农业
大学
通辽市农业科学研究院蔬菜所
沈阳大学区域污染环境生态修复教育部重点实验室
出处
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第4期635-642,共8页
基金
国家自然科学基金项目(21677151
41673232
+1 种基金
41472237)
国家重点研发计划课题(2016YFD0800305)~~
文摘
以拟南芥为供试植物,通过基于随机引物扩增多态性(RAPD)法的DNA损伤分析,酶联免疫吸附(ELISA)法的DNA甲基化分析以及Real-time PCR的DNA损伤修复与细胞周期相关基因的表达分析,研究了Cd(0、0.125、0.25、1.0、2.5 mg·L^(-1))胁迫5 d的拟南芥幼苗DNA损伤、DNA损伤修复系统以及细胞周期对胁迫的响应。结果显示,随Cd浓度的增加DNA损伤加剧,全基因组甲基化水平较对照组显著增加(P<0.01或P<0.05),细胞周期调控基因PCNA1、PCNA2,错配修复(MMR)基因MLH1、MSH_2、MSH6,非同源末端连接(NHEJ)标志基因KU70、MRE11、GR1,同源重组(HR)标志基因RAD51、BRCA1的表达均与Cd胁迫浓度呈明显的倒U型剂量效应关系,DNA修复系统对Cd胁迫的敏感性依次为MMR>HR>NHEJ。该结果表明:轻度Cd胁迫主要引起DNA错配损伤,并且该损伤易修复;随着Cd胁迫的增强,会引起DNA断裂与染色体损伤,损伤较难修复。另外,对Cd胁迫响应最敏感的MSH6、MLH1基因可作为表征Cd胁迫对于拟南芥遗传毒性效应的有效生物标记物。
关键词
CD
DNA损伤修复
DNA修复
细胞周期
Keywords
Cd
DNA damage
DNA repair
cell cycle
分类号
X171.5 [环境科学与工程—环境科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
植物位点特异性甲基化研究的引物设计及PCR体系优化
王鹤潼
宋婕
崔伟娜
曹霞
何蕾
贾春云
惠秀娟
台培东
成智博
刘宛
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
Cd胁迫诱导拟南芥幼苗DNA损伤分析
宋婕
王鹤潼
崔伟娜
孙梨宗
曹霞
何蕾
姜丽思
成智博
惠秀娟
台培东
杨悦锁
刘宛
《农业环境科学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2017
6
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